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万見
- PDB-7x7p: CryoEM structure of dsDNA-RuvB-RuvA domain3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x7p
タイトルCryoEM structure of dsDNA-RuvB-RuvA domain3 complex
要素
  • (DNA) x 2
  • Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
  • Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
キーワードMOTOR PROTEIN/DNA / Holliday juncition / Homologous recombination / DNA damage repair / ATP hydrolysis / MOTOR PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to chromate / Holliday junction helicase complex / cellular response to selenite ion / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...cellular response to chromate / Holliday junction helicase complex / cellular response to selenite ion / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvB, AAA lid domain / RuvA N terminal domain / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvA, C-terminal domain / RuvB AAA lid domain ...DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvB, AAA lid domain / RuvA N terminal domain / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvA, C-terminal domain / RuvB AAA lid domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / RuvB-like P-loop domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Holliday junction branch migration complex subunit RuvA / Holliday junction branch migration complex subunit RuvB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.02 Å
データ登録者Lin, Z. / Qu, Q. / Zhang, X. / Zhou, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971222 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171194 中国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the RuvAB-Holliday junction intermediate complex from .
著者: Xu Zhang / Zixuan Zhou / Lin Dai / Yulin Chao / Zheng Liu / Mingdong Huang / Qianhui Qu / Zhonghui Lin /
要旨: Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB ...Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB complex to catalyze HJ branch migration. (, Pa) is a ubiquitous opportunistic bacterial pathogen that can cause serious infection in a variety of host species, including vertebrate animals, insects and plants. Here, we describe the cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) structure of the RuvAB-HJ intermediate complex from . The structure shows that two RuvA tetramers sandwich HJ at the junction center and disrupt base pairs at the branch points of RuvB-free HJ arms. Eight RuvB subunits are recruited by the RuvA octameric core and form two open-rings to encircle two opposite HJ arms. Each RuvB subunit individually binds a RuvA domain III. The four RuvB subunits within the ring display distinct subdomain conformations, and two of them engage the central DNA duplex at both strands with their C-terminal β-hairpins. Together with the biochemical analyses, our structure implicates a potential mechanism of RuvB motor assembly onto HJ DNA.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: DNA
K: DNA
M: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
C: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
N: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
O: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
P: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
D: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,43610
ポリマ－172,43610
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 7068.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 7041.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB


分子量: 34675.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ruvB, PA0967 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51426, DNA helicase
#4: タンパク質・ペプチド
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA


分子量: 4905.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: ruvA, PA0966 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51425, DNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RuvB region of the RuvA-RuvB-Holliday junction complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2DNACOMPLEX#1-#21SYNTHETIC
3RuvB-RuvACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21synthetic construct (人工物)32630
32Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 60241 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM4画像取得
4Gctf1.06CTF補正
5CTFFIND4.1.13CTF補正
12cryoSPARC3.1最終オイラー角割当
14cryoSPARC3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20536 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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