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- EMDB-33013: CryoEM structure of RuvA-Holliday junction complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33013
タイトルCryoEM structure of RuvA-Holliday junction complex
マップデータ
試料
  • 複合体: RuvA-Holliday junction complex
    • 複合体: Holliday junction
      • DNA: DNA (26-MER)
      • DNA: DNA (26-MER)
      • DNA: DNA (26-MER)
      • DNA: DNA (26-MER)
    • 複合体: RuvA
      • タンパク質・ペプチド: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
キーワードRuvA / Holliday junction / Homologous recombination / DNA damage repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA repair / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA recombination protein RuvA / Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Lin Z / Qu Q / Zhang X / Zhou Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971222 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171194 中国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the RuvAB-Holliday junction intermediate complex from .
著者: Xu Zhang / Zixuan Zhou / Lin Dai / Yulin Chao / Zheng Liu / Mingdong Huang / Qianhui Qu / Zhonghui Lin /
要旨: Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB ...Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB complex to catalyze HJ branch migration. (, Pa) is a ubiquitous opportunistic bacterial pathogen that can cause serious infection in a variety of host species, including vertebrate animals, insects and plants. Here, we describe the cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) structure of the RuvAB-HJ intermediate complex from . The structure shows that two RuvA tetramers sandwich HJ at the junction center and disrupt base pairs at the branch points of RuvB-free HJ arms. Eight RuvB subunits are recruited by the RuvA octameric core and form two open-rings to encircle two opposite HJ arms. Each RuvB subunit individually binds a RuvA domain III. The four RuvB subunits within the ring display distinct subdomain conformations, and two of them engage the central DNA duplex at both strands with their C-terminal β-hairpins. Together with the biochemical analyses, our structure implicates a potential mechanism of RuvB motor assembly onto HJ DNA.
履歴
登録2022年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33013.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 398.4 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 398.4 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 398.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.9260654 - 4.2261167
平均 (標準偏差)-0.000116294235 (±0.07806878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33013_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33013_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RuvA-Holliday junction complex

全体名称: RuvA-Holliday junction complex
要素
  • 複合体: RuvA-Holliday junction complex
    • 複合体: Holliday junction
      • DNA: DNA (26-MER)
      • DNA: DNA (26-MER)
      • DNA: DNA (26-MER)
      • DNA: DNA (26-MER)
    • 複合体: RuvA
      • タンパク質・ペプチド: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA

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超分子 #1: RuvA-Holliday junction complex

超分子名称: RuvA-Holliday junction complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Holliday junction

超分子名称: Holliday junction / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #3: RuvA

超分子名称: RuvA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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分子 #1: DNA (26-MER)

分子名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.999266 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)

-
分子 #2: DNA (26-MER)

分子名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.972225 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)

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分子 #3: DNA (26-MER)

分子名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.981238 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)

-
分子 #4: DNA (26-MER)

分子名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.972224 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #5: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA

分子名称: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1
分子量理論値: 15.432009 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MIGRLRGTLA EKQPPHLILD VNGVGYEVEV PMTTLYRLPS VGEPVTLHTH LVVREDAHLL YGFAEKRERE LFRELIRLNG VGPKLALAL MSGLEVDELV RCVQAQDTST LVKIPGVGKK TAERLLVELK DRFKAWEN

UniProtKB: Holliday junction branch migration complex subunit RuvA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 260.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 60241 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 143397
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7x5a:
CryoEM structure of RuvA-Holliday junction complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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