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万見
- PDB-7x5m: Tir-dsDNA complex, the initial binding state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x5m
タイトルTir-dsDNA complex, the initial binding state
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*A)-3')
  • Flax rust resistance protein
キーワードHYDROLASE/DNA / plant innate immune receptor / nucleic acids / 2' / 3'cNMP / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of programmed cell death / NADP catabolic process / cGMP biosynthetic process / NAD catabolic process / cAMP biosynthetic process / DNA catabolic process / RNA catabolic process / cAMP binding / ADP binding / defense response ...induction of programmed cell death / NADP catabolic process / cGMP biosynthetic process / NAD catabolic process / cAMP biosynthetic process / DNA catabolic process / RNA catabolic process / cAMP binding / ADP binding / defense response / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / hydrolase activity / signal transduction
類似検索 - 分子機能
Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'- cyclic AMP / DNA / Flax rust resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種DNA molecule (その他)
Linum usitatissimum (アマ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Tan, Y. / Xu, C. / Yu, D. / Song, W. / Wu, B. / Schulze-Lefert, P. / Chai, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)OFIRG シンガポール
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: TIR domains of plant immune receptors are 2',3'-cAMP/cGMP synthetases mediating cell death.
著者: Dongli Yu / Wen Song / Eddie Yong Jun Tan / Li Liu / Yu Cao / Jan Jirschitzka / Ertong Li / Elke Logemann / Chenrui Xu / Shijia Huang / Aolin Jia / Xiaoyu Chang / Zhifu Han / Bin Wu / Paul ...著者: Dongli Yu / Wen Song / Eddie Yong Jun Tan / Li Liu / Yu Cao / Jan Jirschitzka / Ertong Li / Elke Logemann / Chenrui Xu / Shijia Huang / Aolin Jia / Xiaoyu Chang / Zhifu Han / Bin Wu / Paul Schulze-Lefert / Jijie Chai /
要旨: 2',3'-cAMP is a positional isomer of the well-established second messenger 3',5'-cAMP, but little is known about the biology of this noncanonical cyclic nucleotide monophosphate (cNMP). ...2',3'-cAMP is a positional isomer of the well-established second messenger 3',5'-cAMP, but little is known about the biology of this noncanonical cyclic nucleotide monophosphate (cNMP). Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domains of nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) immune receptors have the NADase function necessary but insufficient to activate plant immune responses. Here, we show that plant TIR proteins, besides being NADases, act as 2',3'-cAMP/cGMP synthetases by hydrolyzing RNA/DNA. Structural data show that a TIR domain adopts distinct oligomers with mutually exclusive NADase and synthetase activity. Mutations specifically disrupting the synthetase activity abrogate TIR-mediated cell death in Nicotiana benthamiana (Nb), supporting an important role for these cNMPs in TIR signaling. Furthermore, the Arabidopsis negative regulator of TIR-NLR signaling, NUDT7, displays 2',3'-cAMP/cGMP but not 3',5'-cAMP/cGMP phosphodiesterase activity and suppresses cell death activity of TIRs in Nb. Our study identifies a family of 2',3'-cAMP/cGMP synthetases and establishes a critical role for them in plant immune responses.
履歴
登録2022年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*A)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*A)-3')
B: Flax rust resistance protein
F: Flax rust resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7206
ポリマ－50,0624
非ポリマー6582
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3590 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19880 Å2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*AP*A)-3')


分子量: 1503.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*TP*A)-3')


分子量: 1494.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 Flax rust resistance protein


分子量: 23532.344 Da / 分子数: 2 / Fragment: L7-Tir domain / Mutation: E197G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Linum usitatissimum (アマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XEH4
#4: 化合物 ChemComp-ACK / 2',3'- cyclic AMP / 2′,3′-cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tir-dsDNA, End state complex / タイプ: COMPLEX
詳細: Tir fully digested the bound dsDNA, only ssDNA left.
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 20 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Linum usitatissimum (アマ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: METHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc5_3822: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -49.3 ° / 軸方向距離/サブユニット: 33.43 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91302
詳細: resolution was estimated based on central segment of the helical density
対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0043132
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5094261
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.7031168
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.043442
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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