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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x5g | ||||||
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Title | Nrf2 (A510Y)-MafG heterodimer bound with CsMBE2 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Transcription factor / CNC-bZIP / Stress response | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / non-membrane-bounded organelle / Regulation of HMOX1 expression and activity / integrated stress response signaling / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / non-membrane-bounded organelle / Regulation of HMOX1 expression and activity / integrated stress response signaling / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway / regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of epidermal cell differentiation / cellular response to laminar fluid shear stress / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / mediator complex / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / cellular response to fluid shear stress / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular response to angiotensin / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / adult behavior / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of innate immune response / regulation of embryonic development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / cellular response to glucose starvation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to copper ion / molecular condensate scaffold activity / cell redox homeostasis / transcription coregulator binding / response to ischemia / positive regulation of glucose import / protein-DNA complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Heme signaling / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / Neddylation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / regulation of cell population proliferation / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / Potential therapeutics for SARS / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. ...Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2. Authors: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / ...Authors: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7x5eC ![]() 7x5fC ![]() 3a5tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules AEBF
#1: Protein | Mass: 12071.857 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 13347.570 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules CGDH
#3: DNA chain | Mass: 4905.176 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 4892.194 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 109 molecules ![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-PG4 / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.3 Å3/Da / Density % sol: 71.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion Details: 50 mM Tris-HCl (pH 7.5), 100 mM KCl, 10% polyethylene glycol monomethyl ether 550, 2% (v/v) glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 50434 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 53.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 34.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 2456 / % possible all: 96.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3A5T Resolution: 2.3→33.89 Å / SU ML: 0.3151 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.271 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→33.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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