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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x5f | ||||||
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Title | Nrf2-MafG heterodimer bound with CsMBE2 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Regulation of HMOX1 expression and activity / integrated stress response signaling / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway / regulation of cellular response to oxidative stress ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Regulation of HMOX1 expression and activity / integrated stress response signaling / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway / regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of epidermal cell differentiation / cellular response to laminar fluid shear stress / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / cellular response to fluid shear stress / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular response to angiotensin / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. ...Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2. Authors: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / ...Authors: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 299.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7x5eC ![]() 7x5gC ![]() 3a5tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 12071.857 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 13255.474 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: DNA chain | ![]() Mass: 4905.176 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | ![]() Mass: 4892.194 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.23 Å3/Da / Density % sol: 70.89 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion Details: 50 mM MES monohydrate (pH 5.6), 20 mM KCl, 10 mM MgSO4 heptahydrate, 7%(v/v) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Feb 3, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.6→45.27 Å / Num. obs: 34821 / % possible obs: 99.22 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 65.72 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.18 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.693 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7533 / Num. unique obs: 3266 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 93.78 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3A5T Resolution: 2.6→45.27 Å / SU ML: 0.3575 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.1624 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 89.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→45.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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