+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x5e | ||||||
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Title | Nrf2-MafG heterodimer bound with CsMBE1 | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / CNC-bZIP / Stress response / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Regulation of HMOX1 expression and activity / integrated stress response signaling / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway / regulation of cellular response to oxidative stress ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Regulation of HMOX1 expression and activity / integrated stress response signaling / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of ERAD pathway / regulation of cellular response to oxidative stress / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of epidermal cell differentiation / cellular response to laminar fluid shear stress / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / cellular response to fluid shear stress / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular response to angiotensin / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / adult behavior / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of innate immune response / regulation of embryonic development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / cellular response to glucose starvation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to copper ion / cell redox homeostasis / response to ischemia / transcription coregulator binding / positive regulation of glucose import / protein-DNA complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Heme signaling / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / Neddylation / cellular response to oxidative stress / regulation of cell population proliferation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / response to oxidative stress / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. ...Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2022 Title: Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2. Authors: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / ...Authors: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7x5e.cif.gz | 305.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7x5e.ent.gz | 201.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7x5e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x5e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7x5fC 7x5gC 3a5tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules AEBF
#1: Protein | Mass: 12071.857 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MAFG / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O15525 #2: Protein | Mass: 13255.474 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: NRF2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q16236 |
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-DNA chain , 2 types, 4 molecules CGDH
#3: DNA chain | Mass: 4864.164 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 4931.230 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 2 types, 169 molecules
#5: Chemical | ChemComp-P6G / |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.11 Å3/Da / Density % sol: 70.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion Details: 50 mM MES monohydrate (pH 5.6), 20 mM KCl, 10 mM MgSO4 heptahydrate, 7%(v/v) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 31, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. obs: 50732 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 43.4 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5033 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3A5T Resolution: 2.3→40.85 Å / SU ML: 0.3155 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.3127 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→40.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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