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- PDB-7x5f: Nrf2-MafG heterodimer bound with CsMBE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x5f
タイトルNrf2-MafG heterodimer bound with CsMBE2
要素
  • (Synthetic DNA) x 2
  • Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
  • Transcription factor MafG
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / CNC-bZIP / Stress response / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aflatoxin catabolic process / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / membraneless organelle / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response ...aflatoxin catabolic process / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / membraneless organelle / integrated stress response signaling / Regulation of HMOX1 expression and activity / negative regulation of cellular response to hypoxia / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / positive regulation of ERAD pathway / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of epidermal cell differentiation / cellular response to laminar fluid shear stress / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / mediator complex / cellular response to fluid shear stress / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / cellular response to angiotensin / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of ferroptosis / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / regulation of innate immune response / adult behavior / regulation of embryonic development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to glucose starvation / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cellular response to copper ion / cell redox homeostasis / protein-DNA complex / response to ischemia / transcription coregulator binding / positive regulation of D-glucose import / molecular condensate scaffold activity / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Heme signaling / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / Neddylation / regulation of cell population proliferation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to oxidative stress / Potential therapeutics for SARS / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Maf family / : / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor MafG / Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. ...Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of transcription regulation by CNC family transcription factor, Nrf2.
著者: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / ...著者: Sengoku, T. / Shiina, M. / Suzuki, K. / Hamada, K. / Sato, K. / Uchiyama, A. / Kobayashi, S. / Oguni, A. / Itaya, H. / Kasahara, K. / Moriwaki, H. / Watanabe, C. / Honma, T. / Okada, C. / Baba, S. / Ohta, T. / Motohashi, H. / Yamamoto, M. / Ogata, K.
履歴
登録2022年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor MafG
B: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
C: Synthetic DNA
D: Synthetic DNA
E: Transcription factor MafG
F: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
G: Synthetic DNA
H: Synthetic DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2498
ポリマ－70,2498
非ポリマー00
水1267
1
A: Transcription factor MafG
B: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
C: Synthetic DNA
D: Synthetic DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1254
ポリマ－35,1254
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
2
E: Transcription factor MafG
F: Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
G: Synthetic DNA
H: Synthetic DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1254
ポリマ－35,1254
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)245.171, 54.686, 85.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor MafG / V-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog G / hMAF


分子量: 12071.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAFG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15525
#2: タンパク質 Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / NF-E2-related factor 2 / NFE2-related factor 2 / Nrf-2 / HEBP1 / Nuclear factor / erythroid derived 2 / like 2


分子量: 13255.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFE2L2, NRF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16236
#3: DNA鎖 Synthetic DNA


分子量: 4905.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 Synthetic DNA


分子量: 4892.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 50 mM MES monohydrate (pH 5.6), 20 mM KCl, 10 mM MgSO4 heptahydrate, 7%(v/v) PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→45.27 Å / Num. obs: 34821 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 65.72 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 29.18
反射 シェル解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7533 / Num. unique obs: 3266 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 93.78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A5T

3a5t


解像度: 2.6→45.27 Å / SU ML: 0.3575 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.1624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2592 1747 5.02 %
Rwork0.2259 33074 -
obs0.2276 34821 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3250 1300 0 7 4557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00554728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75386614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0377754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0059638
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.86761067
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.680.40541160.32592601X-RAY DIFFRACTION93.53
2.68-2.760.38321300.33262743X-RAY DIFFRACTION99.38
2.76-2.860.39651360.34842748X-RAY DIFFRACTION99.69
2.86-2.980.43631520.37362730X-RAY DIFFRACTION99.79
2.98-3.110.31731400.28412738X-RAY DIFFRACTION99.97
3.11-3.280.27641640.23682743X-RAY DIFFRACTION99.05
3.28-3.480.27311630.22732733X-RAY DIFFRACTION99.62
3.48-3.750.28521340.24272771X-RAY DIFFRACTION99.93
3.75-4.130.231280.20282811X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.720.21071650.19052764X-RAY DIFFRACTION99.97
4.72-5.950.25751500.20762816X-RAY DIFFRACTION100
5.95-45.270.21511690.19152876X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5545142143-2.485449279296.820967400532.00234857765-3.348759616022.000605022940.795979114931.103367421381.13920953442-0.88785800352-1.02503533968-2.053575845983.844478275431.036278613190.234682725961.221243053180.1635889809110.1274558704881.402597385850.2678974146330.930601861972-17.1987698032-46.0597078176-18.8561861182
28.01349093497-0.0904933261879-4.066165564641.73480904065-1.948264743026.05557497290.05334807938651.514830812240.760450573253-0.553551302127-0.557668938342-2.20832192366-0.525481221791.896797823710.5561479178190.948778748726-0.294317317220.2100261734321.923370030070.3343667043751.5551117655-14.1607298147-34.2478341386-27.9230086461
35.57483804995-0.812922018231-1.307233853092.42082330993-0.318504421582.375234843690.131696786588-0.2294290939760.314545624728-0.2276177888-0.1553294865880.0470906057921-0.1576707053080.3774294350170.03607549636190.531926099376-0.0837653172451-0.05258021690060.3306519210330.04507799078140.408030811894-53.9650224634-30.1367190159-14.5444147224
40.868627175403-0.7696832173340.4549527406364.96289570621-3.311166873453.6842105468-0.0682162367479-0.69010604547-0.506420698238-0.85364811462-0.149537932154-0.0380567418210.6002646955530.7083910586740.2689312305040.8337116161030.1347148155690.2227360104230.8047160261070.4008530965240.703611227686-39.2300576222-53.242800286-13.4223233632
52.75459094828-1.292939968453.418026727555.12348720507-3.887201868589.01238508606-0.1882378997711.29559161283-0.022686456159-0.865109845571-0.07956903322470.105806305070.4823472795831.104980965380.3142770127521.528758195130.3872610362520.2532780864121.405760202410.3828010793220.690269639328-36.0542906226-42.6386628888-34.9619709754
68.240094728421.99994278252-2.29893951971.999923046731.412009774676.131055648120.214771898779-0.16833290682-0.184064801793-0.9435702278330.5810185652392.28890135672-0.723830882377-2.0185320087-0.8073486959131.542817909440.389713158625-0.0541393607531.630594987610.9055320689381.54447204972-37.8531039248-30.9021995024-38.708898459
73.033813491471.87360904023-5.100985027413.20647569796-0.8287590251572.001541230110.00443806150370.2747090009380.312466732738-0.286951175978-0.693155445644-0.6455360535950.5704048206562.717521122980.6123234718711.184520305730.2522263100670.2758095377491.619557808570.6565925640020.728869544926-30.9179724597-33.6726792514-33.451567371
88.9407374166-1.48667850311-0.04715359600094.39199138466-3.884402452069.62621575806-0.0780278545480.0340212819424-0.640008997932-0.239140371216-0.854160995411-0.9971411812161.369228417220.9531508059330.9488282238450.73489889211-0.00206640778230.09976764119840.5052772130930.1812567815190.700419126247-38.6479346977-51.1819537738-16.3775945753
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109.87866436379-3.45888569268-8.189727689352.236205957772.98733625626.869373151040.0967580135418-0.0393948348230.5866470239250.2651009966190.142300361032-0.4038030089130.120248273644-0.191247107493-0.227382619320.4888194850650.0182540898832-0.04003186253430.732628382733-0.01543354504390.491382550746-12.5333030034-26.422136821415.5492687516
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'F' and (resid 453 through 463 )FF453 - 4631 - 11
22chain 'F' and (resid 464 through 491 )FF464 - 49112 - 39
33chain 'F' and (resid 492 through 558 )FF492 - 55840 - 106
44chain 'G' and (resid 0 through 9 )GG0 - 9
55chain 'G' and (resid 10 through 14 )GG10 - 14
66chain 'G' and (resid 15 through 15 )GG15
77chain 'H' and (resid 0 through 4 )HH0 - 4
88chain 'H' and (resid 5 through 15 )HH5 - 15
99chain 'A' and (resid 23 through 45 )AA23 - 451 - 23
1010chain 'A' and (resid 46 through 122 )AA46 - 12224 - 100
1111chain 'B' and (resid 454 through 463 )BB454 - 4631 - 10
1212chain 'B' and (resid 464 through 477 )BB464 - 47711 - 24
1313chain 'B' and (resid 478 through 491 )BB478 - 49125 - 38
1414chain 'B' and (resid 492 through 558 )BB492 - 55839 - 105
1515chain 'C' and (resid 0 through 4 )CC0 - 4
1616chain 'C' and (resid 5 through 15 )CC5 - 15
1717chain 'D' and (resid 0 through 4 )DD0 - 4
1818chain 'D' and (resid 5 through 9 )DD5 - 9
1919chain 'D' and (resid 10 through 15 )DD10 - 15
2020chain 'E' and (resid 27 through 44 )EE27 - 441 - 18
2121chain 'E' and (resid 45 through 121 )EE45 - 12119 - 95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る