PDB-7x4t: LpCdnE UMPNPP Mg complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x4t

タイトル

LpCdnE UMPNPP Mg complex

要素

Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide / complex / substrate analogue

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chen, Y. / Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Hou, M.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases.
著者: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / refine_ls_restr_ncs / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x4t.cif.gz	323.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x4t.ent.gz	217.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7x4t_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x4t_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	7x4t_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	7x4t_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7x4aC 7x4cC 7x4fSC 7x4gC 7x4pC 7x4qC 8hykC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase

B: Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase

ヘテロ分子

72.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.495, 72.910, 66.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-682- HOH
2	1	B-743- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase / Cyclic CMP-UMP synthase / c-di-UMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase057 分子量: 34961.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: cdnE02 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0DSP3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

#1: タンパク質

Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase / Cyclic CMP-UMP synthase / c-di-UMP synthase / cGAS/DncV-like nucleotidyltransferase / CD-NTase057

分子量: 34961.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: cdnE02
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0DSP3, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 554分子

#2: 化合物	ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine 分子量: 483.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₃O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: UMPNPP, MgCl2, Li2SO4, Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 40378 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 28.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 3848 / CC_1/2: 0.979 / R_pim(I) all: 0.093 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X4F

7x4f

解像度: 2.2→28.92 Å / SU ML: 0.2031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.1049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	1958	5 %
R_work	0.1589	37169	-
obs	0.1609	39127	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4782	0	137	542	5461

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0042	5054
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6958	6867
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	729
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	862
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.5112	1839

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.26	0.2428	133	0.1766	2519	X-RAY DIFFRACTION	96.05
2.26-2.32	0.2295	135	0.1723	2565	X-RAY DIFFRACTION	97.37
2.32-2.38	0.2369	136	0.1696	2587	X-RAY DIFFRACTION	97.46
2.38-2.46	0.228	137	0.171	2610	X-RAY DIFFRACTION	98.18
2.46-2.55	0.2618	139	0.1744	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.07
2.55-2.65	0.2228	137	0.1689	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.06
2.65-2.77	0.2215	140	0.1693	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.77-2.92	0.223	140	0.1706	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.92-3.1	0.2111	139	0.172	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.1-3.34	0.1975	142	0.1651	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.34-3.67	0.1926	142	0.1477	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.67-4.2	0.167	142	0.1349	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.21-5.29	0.1604	144	0.135	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.29-28.92	0.1766	152	0.1746	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.34

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.62924667496	-0.18817205846	0.801164595386	1.22163552288	-1.03439700013	3.46482343826	-0.0997398080029	0.312183700065	0.0200963694663	-0.217112051328	-0.297738189774	-0.186519332568	0.309063318499	0.306332543092	0.149727750719	0.391689247814	0.117863207605	0.0238734958821	0.354463422017	0.0315634461924	0.263300731203	54.4536278845	7.76804955406	51.7372727322
2	3.19618215165	-2.41471428327	2.34833646727	4.10492098341	-2.8040185166	3.97025628752	0.246158183799	-0.094410604082	0.0961580496868	-0.0986862888581	-0.313588636488	-0.310585822954	0.116971980633	0.961030331547	0.132088847101	0.399614022587	-0.0221116825569	0.0932240725388	0.439911550563	-0.0237550836828	0.24564879658	44.804888175	23.9775292447	30.1709838328
3	1.12035080738	-0.531343929214	0.328293145357	1.85367726557	-0.683254939684	1.55842864106	0.0254737031847	0.10146658603	0.0944499219959	-0.276614480114	0.0337680188348	-0.0890303726505	-0.22412446469	0.0803214216583	-0.0153729548762	0.379861250722	-0.0103327430924	0.0316159576123	0.204384637527	0.0216499194813	0.136210254444	40.0234491248	31.1820947133	33.2254203599
4	1.11727143272	-0.419664171293	0.25092880943	1.30110621699	0.114284824828	1.22230048868	0.101005944349	0.0416924286586	-0.0772704125582	-0.179557873395	-0.129642911451	0.20066122644	-0.000742641449305	0.150892540496	0.0253770038957	0.308741701741	-0.0222750062806	0.0135792562961	0.203714820031	-0.00178177496914	0.158047773419	39.5756066137	26.6437616012	41.2477870223
5	0.788119772806	0.325564371329	0.80659142335	0.361452666625	-0.0289529390287	1.37903891422	0.038043887219	-0.0792682839035	0.148617104265	-0.0767259354134	-0.147477081257	0.244454723983	-0.230545618048	-0.530911552861	-0.0408139974106	0.327453966827	0.0624221574434	0.0255234111789	0.25178434389	0.00382025832766	0.256954857228	27.8385136884	38.0287556004	37.4108292535
6	0.39673681133	0.256389062685	0.204480130814	0.899313579913	0.314204544771	0.703295903632	0.0221128617307	0.0956899729152	-0.0804632437707	-0.0802054571223	0.031799351073	-0.0537962222813	0.123268252914	-0.0107014470482	-0.0500131649986	0.342826766605	-0.00931125530876	0.00490586384944	0.213453093439	-0.00993790895314	0.159543884463	34.1014500522	24.279604528	35.6612466338
7	1.27599093985	0.0448722638193	0.166693850556	0.591485599407	0.212837950389	1.39212683644	0.0797265732583	-0.175554437905	0.230935966142	0.0662422704449	-0.0742651660871	0.114717717168	-0.253686799742	-0.0459204607505	-0.0281777108998	0.312732037892	-0.00499890113995	0.0354131842964	0.190983722816	-0.0154477970103	0.175521316295	35.4111155894	40.2707477331	48.0855342705
8	0.425425044436	-0.159270588115	0.000140496089579	1.35356012101	-0.57591422217	1.37251236949	0.0118997811367	0.00336547795882	-0.0319200178728	0.188106709671	-0.0905532433618	-0.0226482653014	-0.0234163544793	0.123242959605	0.0712491323868	0.282920420692	-0.0153103121987	0.00307538727674	0.217333655232	0.0164938891314	0.134490644834	46.5589558243	20.9669651546	58.0422108775
9	0.24125903434	-0.251592785525	0.402548072094	2.23507253163	-1.57023698294	1.53598774828	-0.104272410419	-0.0106780185999	-0.186999324082	0.191037886007	0.00531864653595	0.0773989207969	0.361937002439	0.049398602694	0.0331627324783	0.417028319607	-0.00861549701094	0.0751726745437	0.262894981422	0.0297611231916	0.212815659925	41.7648008438	8.28386791403	68.5280235412
10	3.05196911767	-1.28922279442	-1.52378367873	0.765942978619	0.440457555074	0.889272925463	-0.141106516253	-0.610696807073	0.304484543376	0.111619258497	0.361543651515	0.216959534499	-0.207215826031	0.0703985066548	-0.0966631301917	0.3020571465	0.110723348636	0.0347775905257	0.446354695068	-0.0199271414171	0.422007096642	12.1582175464	16.1645575145	44.2750747944
11	1.36171436466	-0.59241204685	-0.340506361877	1.19320230838	0.25417526883	0.558293554459	-0.0383590930781	-0.0386034066064	0.122292169834	-0.170192043281	0.0545276427041	0.28139026859	0.0421266785475	-0.102388439544	-0.000276086937386	0.187066357959	0.0136349685019	-0.050336445547	0.209677422621	0.00927349549231	0.274889738684	17.7959381001	12.207596249	29.0196389538
12	0.000589179232484	-0.0519296061004	0.0237724374956	1.85437618161	-0.641098572035	0.222542587071	0.238117989615	0.719333416444	0.233247000469	-0.669181011377	-0.252165720546	-0.216190443171	-0.0340543782672	-0.177927181549	0.0103407249816	0.756853640069	0.229631118851	-0.13488348646	0.755014137917	0.10735576841	0.283313901348	14.7513110098	15.1288891794	5.43947246014
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15	1.35451722299	-0.237821599196	0.0918249059564	0.681640197452	0.129468196604	0.62216334201	-0.0317251794403	-0.335107497882	-0.0448073922728	0.21429781933	0.253603618122	0.54792125067	0.0426499144819	-0.0960143552148	-0.0902817218258	0.144920566779	0.0387953227486	-0.0218885830674	0.347256938326	0.0970278706666	0.648409999221	-4.92177370981	20.0584219122	39.576664471
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17	0.989796416054	-0.326015595659	0.538719036613	0.267253061857	-0.0458971815854	0.725891681528	-0.0716310007019	-0.43511471298	0.0771841744678	0.0206070028941	0.200415613694	0.301214946512	0.0171876012634	-0.311894649774	0.224621498605	0.0734959653408	0.0394447651006	-0.0813866462378	0.417789650831	0.132975668984	0.928034455361	-13.7873584222	14.4979020062	39.9047015039

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 19 )	A	A	3 - 19	1 - 17
2	2	chain 'A' and (resid 20 through 36 )	A	A	20 - 36	18 - 34
3	3	chain 'A' and (resid 37 through 56 )	A	A	37 - 56	35 - 54
4	4	chain 'A' and (resid 57 through 79 )	A	A	57 - 79	55 - 77
5	5	chain 'A' and (resid 80 through 115 )	A	A	80 - 115	78 - 111
6	6	chain 'A' and (resid 116 through 149 )	A	A	116 - 149	112 - 145
7	7	chain 'A' and (resid 150 through 174 )	A	A	150 - 174	146 - 170
8	8	chain 'A' and (resid 175 through 277 )	A	A	175 - 277	171 - 273
9	9	chain 'A' and (resid 278 through 302 )	A	A	278 - 302	274 - 298
10	10	chain 'B' and (resid 4 through 36 )	B	G	4 - 36	1 - 33
11	11	chain 'B' and (resid 37 through 79 )	B	G	37 - 79	34 - 76
12	12	chain 'B' and (resid 80 through 99 )	B	G	80 - 99	77 - 96
13	13	chain 'B' and (resid 100 through 149 )	B	G	100 - 149	97 - 146
14	14	chain 'B' and (resid 150 through 191 )	B	G	150 - 191	147 - 188
15	15	chain 'B' and (resid 192 through 254 )	B	G	192 - 254	189 - 251
16	16	chain 'B' and (resid 255 through 277 )	B	G	255 - 277	252 - 274
17	17	chain 'B' and (resid 278 through 295 )	B	G	278 - 295	275 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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