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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7x4t | ||||||
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Title | LpCdnE UMPNPP Mg complex | ||||||
![]() | Cyclic dipyrimidine nucleotide synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide / complex / substrate analogue | ||||||
Function / homology | ![]() nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / defense response to virus / nucleotide binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, Y. / Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Hou, M.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases. Authors: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 323.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 217.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7x4aC ![]() 7x4cC ![]() 7x4fSC ![]() 7x4gC ![]() 7x4pC ![]() 7x4qC ![]() 8hykC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 34961.160 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P0DSP3, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases |
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-Non-polymers , 5 types, 554 molecules ![](data/chem/img/2KH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-2KH / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.72 Å3/Da / Density % sol: 54.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: UMPNPP, MgCl2, Li2SO4, Tris, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Nov 10, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→30 Å / Num. obs: 40378 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 28.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 29.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique obs: 3848 / CC1/2: 0.979 / Rpim(I) all: 0.093 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7X4F Resolution: 2.2→28.92 Å / SU ML: 0.2031 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.1049 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.37 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→28.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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