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- PDB-7x4i: Crystal structure of nanobody aSA3 in complex with dimer SARS-CoV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x4i
タイトルCrystal structure of nanobody aSA3 in complex with dimer SARS-CoV-1 RBD
要素
  • Spike glycoprotein
  • nanobody aSA3
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Nanobody / SARS-CoV-1 / RBD
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Ma, H. / Zeng, W.H. / Jin, T.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870731 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100745 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: A bispecific nanobody dimer broadly neutralizes SARS-CoV-1 & 2 variants of concern and offers substantial protection against Omicron via low-dose intranasal administration.
著者: Ma, H. / Zhang, X. / Zeng, W. / Zhou, J. / Chi, X. / Chen, S. / Zheng, P. / Wang, M. / Wu, Y. / Zhao, D. / Gong, F. / Lin, H. / Sun, H. / Yu, C. / Shi, Z. / Hu, X. / Zhang, H. / Jin, T. / Chiu, S.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
D: Spike glycoprotein
E: nanobody aSA3
F: nanobody aSA3
G: nanobody aSA3
H: nanobody aSA3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,5558
ポリマ－145,5558
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12660 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area53890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)101.702, 112.006, 151.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 320:425 or resid 427:513))
21(chain B and (resid 320 or (resid 321 and (name...
31(chain C and (resid 320 or (resid 321 and (name...
41(chain D and (resid 320 or (resid 321 and (name...
12(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...
22(chain F and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...
32(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...
42(chain H and (resid 1:24 or resid 26:38 or resid 40:114 or resid 116:121))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 320:425 or resid 427:513))AA320 - 4251 - 106
121ASNASNPROPRO(chain A and (resid 320:425 or resid 427:513))AA427 - 513108 - 194
211THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 320 or (resid 321 and (name...BB3201
221ASNASNASNASN(chain B and (resid 320 or (resid 321 and (name...BB3212
231THRTHRPROPRO(chain B and (resid 320 or (resid 321 and (name...BB320 - 5131 - 194
241THRTHRPROPRO(chain B and (resid 320 or (resid 321 and (name...BB320 - 5131 - 194
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261THRTHRPROPRO(chain B and (resid 320 or (resid 321 and (name...BB320 - 5131 - 194
311THRTHRTHRTHR(chain C and (resid 320 or (resid 321 and (name...CC3201
321ASNASNASNASN(chain C and (resid 320 or (resid 321 and (name...CC3212
331THRTHRPROPRO(chain C and (resid 320 or (resid 321 and (name...CC320 - 5131 - 194
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361THRTHRPROPRO(chain C and (resid 320 or (resid 321 and (name...CC320 - 5131 - 194
411THRTHRTHRTHR(chain D and (resid 320 or (resid 321 and (name...DD3201
421ASNASNASNASN(chain D and (resid 320 or (resid 321 and (name...DD3212
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441THRTHRPROPRO(chain D and (resid 320 or (resid 321 and (name...DD320 - 5131 - 194
451THRTHRPROPRO(chain D and (resid 320 or (resid 321 and (name...DD320 - 5131 - 194
461THRTHRPROPRO(chain D and (resid 320 or (resid 321 and (name...DD320 - 5131 - 194
112GLNGLNALAALA(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE1 - 241 - 24
122GLYGLYHISHIS(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE26 - 3126 - 31
132TYRTYRALAALA(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE32 - 3332 - 33
142GLNGLNSERSER(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE1 - 1231 - 123
152GLNGLNSERSER(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE1 - 1231 - 123
162GLNGLNSERSER(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE1 - 1231 - 123
172GLNGLNSERSER(chain E and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...EE1 - 1231 - 123
212GLNGLNALAALA(chain F and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...FF1 - 241 - 24
222GLYGLYHISHIS(chain F and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...FF26 - 3126 - 31
232TYRTYRALAALA(chain F and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...FF32 - 3332 - 33
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312GLNGLNALAALA(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG1 - 241 - 24
322GLYGLYHISHIS(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG26 - 3126 - 31
332TYRTYRALAALA(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG32 - 3332 - 33
342GLNGLNSERSER(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG1 - 1231 - 123
352GLNGLNSERSER(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG1 - 1231 - 123
362GLNGLNSERSER(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG1 - 1231 - 123
372GLNGLNSERSER(chain G and (resid 1:24 or resid 26:31 or (resid...GG1 - 1231 - 123
412GLNGLNALAALA(chain H and (resid 1:24 or resid 26:38 or resid 40:114 or resid 116:121))HH1 - 241 - 24
422GLYGLYARGARG(chain H and (resid 1:24 or resid 26:38 or resid 40:114 or resid 116:121))HH26 - 3826 - 38
432ALAALAGLYGLY(chain H and (resid 1:24 or resid 26:38 or resid 40:114 or resid 116:121))HH40 - 11440 - 114
442GLYGLYVALVAL(chain H and (resid 1:24 or resid 26:38 or resid 40:114 or resid 116:121))HH116 - 121116 - 121

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 23006.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q19QX0
#2: 抗体
nanobody aSA3


分子量: 13381.655 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%(v/v) PEG 400, 0.1 M Lithium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 190 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen steam / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.38→151.04 Å / Num. obs: 24667 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.03 % / Biso Wilson estimate: 85.05 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rrim(I) all: 0.263 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.38→3.56 Å / 冗長度: 7.47 % / Rmerge(I) obs: 1.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3528 / CC1/2: 0.872 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 1.4 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2481精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7LM9, 70LZ

7lm9

70lz


解像度: 3.38→75.519 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3209 1213 4.94 %
Rwork0.267 23325 -
obs0.2697 24538 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.28 Å2 / Biso mean: 100.6298 Å2 / Biso min: 69.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.38→75.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9747 0 0 0 9747
残基数----1245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00510081
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73113740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7596726
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3501X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
12B3501X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
13C3501X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
14D3501X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
21E2071X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
22F2071X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
23G2071X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
24H2071X-RAY DIFFRACTION13.486TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3804-3.51580.44541500.3748252599
3.5158-3.67580.37261330.3329254199
3.6758-3.86960.3341450.305255499
3.8696-4.1120.30311310.2692255899
4.112-4.42940.32541160.2525260099
4.4294-4.87510.34291240.2328259299
4.8751-5.58040.31671350.2448259199
5.5804-7.02990.31961390.2648263899
7.0299-75.5190.26491400.2485272698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1381 Å / Origin y: 0.2249 Å / Origin z: -1.3622 Å
111213212223313233
T0.4785 Å20.0109 Å20.0091 Å2-0.6257 Å2-0.012 Å2--0.6501 Å2
L0.9885 °2-0.0322 °20.1396 °2-1.3874 °20.0295 °2--0.637 °2
S0.1321 Å °-0.0094 Å °0.0293 Å °-0.0404 Å °-0.0725 Å °-0.1557 Å °0.1258 Å °0.1041 Å °-0.0589 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA320 - 513
2X-RAY DIFFRACTION1allB320 - 513
3X-RAY DIFFRACTION1allC320 - 513
4X-RAY DIFFRACTION1allD320 - 513
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 123
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 123
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 123
8X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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