PDB-7x4c: Native CD-NTase EfCdnE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7x4c

タイトル

Native CD-NTase EfCdnE

要素

EfCdnE

キーワード

TRANSFERASE / CD-NTase / cGAS / cyclic dinucleotide

機能・相同性

L(+)-TARTARIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Chen, Y. / Ko, T.P. / Yang, C.S. / Wang, Y.C. / Hou, M.H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and functional implications of cyclic di-pyrimidine-synthesizing cGAS/DncV-like nucleotidyltransferases.
著者: Yang, C.S. / Ko, T.P. / Chen, C.J. / Hou, M.H. / Wang, Y.C. / Chen, Y.

履歴

登録	2022年3月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7x4c.cif.gz	174.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7x4c.ent.gz	112.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7x4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7x4c_validation.pdf.gz	766.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7x4c_full_validation.pdf.gz	767.3 KB	表示
XML形式データ	7x4c_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	7x4c_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/7x4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7x4aSC 7x4fC 7x4gC 7x4pC 7x4qC 7x4tC 8hykC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EfCdnE

ヘテロ分子

35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.322, 57.104, 64.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.101, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	EfCdnE 分子量: 35751.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NCBI Reference Sequence: WP_010707292.1 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: sodium tartrate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 29511 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 17.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 35.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Mean I/σ(I) obs: 15.1 / Num. unique obs: 2981 / CC_1/2: 0.988 / R_pim(I) all: 0.049 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7X4A

7x4a

解像度: 1.75→26.98 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.2597
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1985	1479	5.02 %
R_work	0.168	27966	-
obs	0.1695	29445	96.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→26.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2514	0	10	418	2942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	2595
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6526	3522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0494	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0036	454
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.4408	935

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.81	0.2294	142	0.1793	2532	X-RAY DIFFRACTION	96.53
1.81-1.87	0.2	128	0.1687	2533	X-RAY DIFFRACTION	97.58
1.87-1.94	0.2131	121	0.1636	2536	X-RAY DIFFRACTION	97.54
1.94-2.03	0.2375	116	0.1725	2565	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.03-2.14	0.2164	137	0.1763	2543	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.14-2.27	0.2592	132	0.1935	2547	X-RAY DIFFRACTION	96.78
2.27-2.45	0.2462	137	0.2128	2500	X-RAY DIFFRACTION	96.38
2.45-2.7	0.2442	137	0.2049	2527	X-RAY DIFFRACTION	96.35
2.7-3.09	0.1882	133	0.1736	2547	X-RAY DIFFRACTION	96.96
3.09-3.89	0.1789	159	0.1392	2559	X-RAY DIFFRACTION	97.52
3.89-26.98	0.1439	137	0.1418	2577	X-RAY DIFFRACTION	95.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.225016616855	-0.0397519747662	0.0604636049897	0.393494227086	-0.249553275445	0.150779912071	0.0266258636864	-0.167838131369	-0.105704207305	0.00722597914791	0.16342450767	0.344723287863	-0.0701762180196	-0.0656772940621	0.231247210369	0.0897587700343	0.0251875180904	0.0258234755841	0.168653274531	0.00369548110557	0.172812951061	-18.5071688488	-8.22788832273	16.078096066
2	-0.00108094388008	0.117445294763	0.260952322088	0.10536124816	0.139874637994	0.201006831154	0.00834386679643	-0.0679385770276	0.0176508021794	-0.00670183360827	-0.0332673946365	0.0262755251478	0.0240590360273	-0.00723299442329	1.03935340083E-5	0.131862423738	-0.0229329576933	0.00329271474243	0.137207113511	-0.0190513749479	0.113146415161	-0.368593228143	5.96767452265	30.9079215746
3	0.458699338004	-0.061552640797	-0.131918511335	0.227506498507	0.688956280338	1.11467110349	-0.0342662347745	-0.0762816459968	-0.00517255859887	-0.00899806109496	0.0061909240524	-0.00525694892851	0.0223268085953	0.189668488246	-0.0138638337887	0.110052888732	-0.0146618992065	-0.00379254845009	0.115033677298	-0.00881545604696	0.0978238724317	9.21049352184	7.56235385135	29.1841001467
4	0.361176727974	0.1384249221	0.142141611062	0.147479447681	0.163262502576	0.353869312124	-0.0144547428229	0.00502544627971	-0.0290231818767	-0.0324149308304	0.00618325547262	-0.0352334522886	-0.0154917311236	-0.00370850007124	-1.30234442451E-6	0.0878606506551	0.0017656140314	-0.000598303999766	0.0890164136946	0.00108029817643	0.0912679728929	-3.11973786983	-5.76475095291	7.40671818705

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 22 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 158 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 159 through 307 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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