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- PDB-7x3z: Crystal structure of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x3z
タイトルCrystal structure of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 complexed with estrone and NAD
要素17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / 17BETA-HSD1 / ESTRONE / FUNCTIONAL ANALYSES / STEROID / NAD/NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / : / testosterone biosynthetic process / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / estrogen metabolic process / NADP+ binding / small molecule binding / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J3Z / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
Model details17beta-HSD1-E1 complex
データ登録者Li, T. / Lin, S.X. / Yin, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: New insights into the substrate inhibition of human 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1.
著者: Li, T. / Song, X. / Stephen, P. / Yin, H. / Lin, S.X.
履歴
登録2022年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
B: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5755
ポリマ－69,9782
非ポリマー1,5973
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.050, 108.150, 117.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 / 17-beta-HSD 1 / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / E2DH / Estradiol 17-beta- ...17-beta-HSD 1 / 20 alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / E2DH / Estradiol 17-beta-dehydrogenase 1 / Placental 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase / Short chain dehydrogenase/reductase family 28C member 1


分子量: 34989.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HSD17B1, E17KSR, EDH17B1, EDH17B2, EDHB17, SDR28C1
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P14061, 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-J3Z / (9beta,13alpha)-3-hydroxyestra-1,3,5(10)-trien-17-one / Estrone / エストロン


分子量: 270.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: KH2PO4, PEG 8000 / PH範囲: 7.5-7.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→25 Å / Num. obs: 26759 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.983 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.202 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 196005
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Num. measured all: 28323 / Num. unique obs: 3824 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.185 / Rrim(I) all: 0.509 / Net I/σ(I) obs: 3.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.562
最高解像度最低解像度
Rotation24.99 Å2.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
MOSFLM7.2.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.4.05位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JTV

1jtv


解像度: 2.25→24.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.21 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25465 1382 5.2 %RANDOM
Rwork0.18982 ---
obs0.19316 25322 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å2-0 Å20 Å2
2---3.81 Å2-0 Å2
3---1.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4248 0 58 77 4383
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0124404
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0164129
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.6445987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5071.5569584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.685556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.548544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.0410719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5463.8072224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5463.8062223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1625.692774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1635.6912775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4174.5152180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4164.5162181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.6616.5553212
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.6851.2354813
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.67951.2344814
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 95 -
Rwork0.277 1828 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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