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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wzx | ||||||
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タイトル | The structure of a Twitch Radical SAM Dehydrogenase SpeY | ||||||
![]() | 4Fe-4S cluster-binding domain-containing protein | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Spectinomycin / Twitch Radical SAM Dehydrogenase / Epimerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() heme biosynthetic process / catalytic activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hou, X.L. / Zhou, J.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Dioxane Bridge Formation during the Biosynthesis of Spectinomycin Involves a Twitch Radical S -Adenosyl Methionine Dehydrogenase That May Have Evolved from an Epimerase. 著者: Zhang, J. / Hou, X. / Chen, Z. / Ko, Y. / Ruszczycky, M.W. / Chen, Y. / Zhou, J. / Liu, H.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wzvSC ![]() 7x0bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 36014.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: speY, FH965_34950 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 91分子 ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/7PK.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SAM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/7PK.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SAM / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-7PK / ( | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.5 M Sodium cacodylate trihydrate (pH 6.0), 1.8 M Ammonium sulfate and 0.05 M Magnesium acetate tetrahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97846 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→44.63 Å / Num. obs: 26783 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.9 % / Biso Wilson estimate: 34.0387505161 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 42.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.963 / Num. unique obs: 1844 / CC1/2: 0.949 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7WZV 解像度: 1.98001304567→41.2158933488 Å / SU ML: 0.250812795788 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35002947799 / 位相誤差: 24.4586368563 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.3943035328 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98001304567→41.2158933488 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 2.63957130723 Å / Origin y: 36.4786141394 Å / Origin z: 2.53794544531 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |