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- PDB-7wyo: Structure of the EV71 3Cpro with 338 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wyo
タイトルStructure of the EV71 3Cpro with 338 inhibitor
要素3C protein
キーワードVIRAL PROTEIN / EV71 3Cpro / inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / virion attachment to host cell / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G7F / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.402 Å
データ登録者Qin, B. / Hou, P. / Gao, X. / Cui, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772207 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2022
タイトル: Acrylamide fragment inhibitors that induce unprecedented conformational distortions in enterovirus 71 3C and SARS-CoV-2 main protease.
著者: Qin, B. / Craven, G.B. / Hou, P. / Chesti, J. / Lu, X. / Child, E.S. / Morgan, R.M.L. / Niu, W. / Zhao, L. / Armstrong, A. / Mann, D.J. / Cui, S.
履歴
登録2022年2月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C protein
B: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2793
ポリマ－41,0432
非ポリマー2361
水9,224512
1
A: 3C protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7582
ポリマ－20,5221
非ポリマー2361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5221
ポリマ－20,5221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.721, 70.697, 85.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3C protein / Protein 3B / Viral protein genome-linked


分子量: 20521.510 Da / 分子数: 2 / 変異: H133G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E7E815
#2: 化合物 ChemComp-G7F / N-methyl-N-(4,5,6,7-tetrahydro-1,3-benzothiazol-2-ylmethyl)prop-2-enamide


分子量: 236.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16N2OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4% Tacsimate PH 7.0, 12% 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→23.57 Å / Num. obs: 71310 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.72 % / Biso Wilson estimate: 22.838 Å2 / CC1/2: 1 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 0.093
反射 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Num. unique obs: 11351 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R0F

3r0f


解像度: 1.402→23.124 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1976 3552 4.98 %
Rwork0.1838 67729 -
obs0.1845 71281 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 108.93 Å2 / Biso mean: 24.0248 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.402→23.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2723 0 33 512 3268
Biso mean--22.36 33.52 -
残基数----352
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4021-1.42130.29181530.2527265399
1.4213-1.44160.2881250.25362693100
1.4416-1.46310.27031480.24732677100
1.4631-1.4860.34921420.26232655100
1.486-1.51030.26081450.22492690100
1.5103-1.53630.24451590.22362678100
1.5363-1.56430.22991440.21232672100
1.5643-1.59440.2321310.20092718100
1.5944-1.62690.23381530.20262651100
1.6269-1.66230.22721480.20332694100
1.6623-1.70090.23371540.2072682100
1.7009-1.74340.20961340.19292711100
1.7434-1.79060.21371470.19312684100
1.7906-1.84320.21731440.19762682100
1.8432-1.90270.21891370.209267898
1.9027-1.97070.21931320.2097267398
1.9707-2.04950.18261570.18432688100
2.0495-2.14270.20631480.17192726100
2.1427-2.25560.1981270.1889270199
2.2556-2.39680.19941410.1771270199
2.3968-2.58160.19171360.1772756100
2.5816-2.8410.18121290.1792758100
2.841-3.25120.19841420.16752764100
3.2512-4.09240.15921440.15922796100
4.0924-90.1581320.16792948100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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