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- PDB-7wvl: Structure of P4A2 Fab in complex with Spike-RBD from SARS-CoV-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wvl
タイトルStructure of P4A2 Fab in complex with Spike-RBD from SARS-CoV-2
要素
  • P4A2 Fab Light Chain
  • P4A2 Fab heavy chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab / Spike-RBD / complex / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Narayanan, N. / Nair, D.T.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)Intramural grant from RCB インド
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: A broadly neutralizing monoclonal antibody overcomes the mutational landscape of emerging SARS-CoV-2 variants of concern.
著者: Parray, H.A. / Narayanan, N. / Garg, S. / Rizvi, Z.A. / Shrivastava, T. / Kushwaha, S. / Singh, J. / Murugavelu, P. / Anantharaj, A. / Mehdi, F. / Raj, N. / Singh, S. / Dandotiya, J. / ...著者: Parray, H.A. / Narayanan, N. / Garg, S. / Rizvi, Z.A. / Shrivastava, T. / Kushwaha, S. / Singh, J. / Murugavelu, P. / Anantharaj, A. / Mehdi, F. / Raj, N. / Singh, S. / Dandotiya, J. / Lukose, A. / Jamwal, D. / Kumar, S. / Chiranjivi, A. / Dhyani, S. / Mishra, N. / Kumar, S. / Jakhar, K. / Sonar, S. / Panchal, A.K. / Tripathy, M.R. / Chowdhury, S.R. / Ahmed, S. / Samal, S. / Mani, S. / Bhattacharyya, S. / Das, S. / Sinha, S. / Luthra, K. / Batra, G. / Sehgal, D. / Medigeshi, G.R. / Sharma, C. / Awasthi, A. / Garg, P.K. / Nair, D.T. / Kumar, R.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: P4A2 Fab Light Chain
H: P4A2 Fab heavy chain
F: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5353
ポリマ－71,5353
非ポリマー00
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.309, 85.309, 205.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: 抗体 P4A2 Fab Light Chain


分子量: 23897.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 P4A2 Fab heavy chain


分子量: 22536.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1 / S GLYCOPROTEIN / E2 / PEPLOMER PROTEIN / SPIKE GLYCOPROTEIN


分子量: 25101.059 Da / 分子数: 1 / Fragment: Receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% Peg 5K MME, 0.2 M Magnesium formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→73.88 Å / Num. obs: 18080 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 91.67 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3→3.24 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3650 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLM7.3.0データ削減
Aimless7.1.012データスケーリング
PHASER7.1.012位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7b3o

7b3o


解像度: 3→73.88 Å / SU ML: 0.6117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.7 / 位相誤差: 30.116
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2794 1375 7.56 %
Rwork0.2326 30770 -
obs0.236 17972 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→73.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4567 0 0 60 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00324677
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67736377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0416712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.15141642
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.060.52691580.47741716X-RAY DIFFRACTION98.84
3.06-3.120.55851390.42651670X-RAY DIFFRACTION99.07
3.12-3.190.39781440.33481702X-RAY DIFFRACTION99.03
3.19-3.260.37541430.32941708X-RAY DIFFRACTION98.88
3.26-3.340.33711260.28661702X-RAY DIFFRACTION99.56
3.34-3.430.37611640.29831701X-RAY DIFFRACTION99.1
3.43-3.540.35091610.29961673X-RAY DIFFRACTION99.3
3.54-3.650.36371300.32131712X-RAY DIFFRACTION99.51
3.65-3.780.39161700.26571679X-RAY DIFFRACTION99.36
3.78-3.930.3635950.24241748X-RAY DIFFRACTION99.3
3.93-4.110.2821240.21241754X-RAY DIFFRACTION99.47
4.11-4.330.22151540.2051688X-RAY DIFFRACTION99.51
4.33-4.60.19631450.19561681X-RAY DIFFRACTION99.56
4.6-4.950.22091350.17361731X-RAY DIFFRACTION99.84
4.96-5.450.22241640.18821701X-RAY DIFFRACTION100
5.45-6.230.21461340.2251696X-RAY DIFFRACTION99.89
6.24-7.860.23071190.21731765X-RAY DIFFRACTION100
7.87-73.880.27011100.19621743X-RAY DIFFRACTION99.95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2648035265790.2304895492480.1415833815682.12496279184-2.451111807672.63258563305-0.1553763494981.2448347965-1.09411144069-0.356225893643-0.372638871517-0.4171835448270.5547929291940.657392064890.7290120966810.6845467380660.08850932107340.2757962434121.29810465722-0.5529141094521.603708040353.5409889473-28.1384523025100.470154811
21.78186935698-1.17346149202-0.9601238114483.60631734894-0.6406229795476.4669393994-0.00254292412753-0.523126233382-0.365939571867-0.062700753313-0.126650098473-0.634058951031-0.06831137175571.02768620181-0.05351477899970.392855267971-0.0673329793625-0.04587488626450.726228448702-0.09167674826850.63085345212873.1380695236-2.8892950996397.221685118
31.06360885735-1.66036068527-1.981916459794.12655510001-1.1963291414.897738642450.01387662199330.00457888799337-0.1496754999750.18774381513-0.0153189578142-0.1094033974170.2352172314420.4972730615770.05842079397730.555292726602-0.0854567256371-0.02170071941430.699637164979-0.07891503180890.60580183486564.7901928794-5.87187028184104.494122155
42.048481310290.443703792512-0.06688327915775.459671487693.202213284072.266971124850.112269165080.0171812314779-0.14035186429-0.258704962807-0.07143093348380.0508744324933-0.0625347441101-0.147800491319-0.04592808830890.392863919624-0.03186520502980.01403031867410.751152637549-0.1237059293020.71587614068364.3079023409-3.203207155894.474664909
51.175736937790.5072382578210.1701595510870.950930983908-1.266391618082.745762528190.07299563745430.0338170415698-0.05351194940430.04255993889580.0271624479832-0.00194949362249-0.3269314686210.240777339401-0.1466343456380.612624803567-0.04611971755480.05082127244660.650355702043-0.1903702762830.49045757189863.138139461811.615767232582.5821512758
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81.555032464720.1327549987720.01125002106346.12329436652-3.521688483624.603673294530.37866443908-0.3211813544890.3275345115781.12475025645-0.09602236563830.281736752445-0.6569964454450.0040326405701-0.274986674180.671491406968-0.1168536762620.1788418741170.611714150033-0.1989791407120.62256017293954.227451507613.5832821736108.452332408
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'F' and (resid 500 through 513 )FC500 - 513164 - 177
22chain 'L' and (resid 1 through 25 )LA1 - 251 - 25
33chain 'L' and (resid 26 through 79 )LA26 - 7926 - 79
44chain 'L' and (resid 80 through 94 )LA80 - 9480 - 94
55chain 'L' and (resid 95 through 148 )LA95 - 14895 - 148
66chain 'L' and (resid 149 through 178 )LA149 - 178149 - 178
77chain 'L' and (resid 179 through 216 )LA179 - 216179 - 216
88chain 'H' and (resid 1 through 119 )HB1 - 1191 - 119
99chain 'H' and (resid 120 through 212 )HB120 - 212120 - 212
1010chain 'F' and (resid 337 through 349 )FC337 - 3491 - 13
1111chain 'F' and (resid 350 through 367 )FC350 - 36714 - 31
1212chain 'F' and (resid 368 through 389 )FC368 - 38932 - 53
1313chain 'F' and (resid 390 through 403 )FC390 - 40354 - 67
1414chain 'F' and (resid 404 through 421 )FC404 - 42168 - 85
1515chain 'F' and (resid 422 through 469 )FC422 - 46986 - 133
1616chain 'F' and (resid 470 through 489 )FC470 - 489134 - 153
1717chain 'F' and (resid 490 through 499 )FC490 - 499154 - 163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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