+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7wvl | ||||||
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Title | Structure of P4A2 Fab in complex with Spike-RBD from SARS-CoV-2 | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab / Spike-RBD / complex / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3 Å | ||||||
Authors | Narayanan, N. / Nair, D.T. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Plos Pathog. / Year: 2022 Title: A broadly neutralizing monoclonal antibody overcomes the mutational landscape of emerging SARS-CoV-2 variants of concern. Authors: Parray, H.A. / Narayanan, N. / Garg, S. / Rizvi, Z.A. / Shrivastava, T. / Kushwaha, S. / Singh, J. / Murugavelu, P. / Anantharaj, A. / Mehdi, F. / Raj, N. / Singh, S. / Dandotiya, J. / ...Authors: Parray, H.A. / Narayanan, N. / Garg, S. / Rizvi, Z.A. / Shrivastava, T. / Kushwaha, S. / Singh, J. / Murugavelu, P. / Anantharaj, A. / Mehdi, F. / Raj, N. / Singh, S. / Dandotiya, J. / Lukose, A. / Jamwal, D. / Kumar, S. / Chiranjivi, A. / Dhyani, S. / Mishra, N. / Kumar, S. / Jakhar, K. / Sonar, S. / Panchal, A.K. / Tripathy, M.R. / Chowdhury, S.R. / Ahmed, S. / Samal, S. / Mani, S. / Bhattacharyya, S. / Das, S. / Sinha, S. / Luthra, K. / Batra, G. / Sehgal, D. / Medigeshi, G.R. / Sharma, C. / Awasthi, A. / Garg, P.K. / Nair, D.T. / Kumar, R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7wvl.cif.gz | 297.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7wvl.ent.gz | 204.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7wvl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7wvl_validation.pdf.gz | 451.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7wvl_full_validation.pdf.gz | 460.5 KB | Display | |
Data in XML | 7wvl_validation.xml.gz | 23.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7wvl_validation.cif.gz | 31.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/7wvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/7wvl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7b3oS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 23897.596 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 22536.186 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Protein | Mass: 25101.059 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Receptor binding domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 62.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 20% Peg 5K MME, 0.2 M Magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.96546 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 12, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96546 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→73.88 Å / Num. obs: 18080 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 91.67 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 7.3 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.24 Å / Redundancy: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.743 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3650 / CC1/2: 0.79 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7b3o Resolution: 3→73.88 Å / SU ML: 0.6117 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.7 / Phase error: 30.116 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 92.53 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→73.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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