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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wtb | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human pyruvate carboxylase with acetyl-CoA | ||||||
![]() | Pyruvate carboxylase, mitochondrial | ||||||
![]() | ONCOPROTEIN / pyruvate carboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP metabolic process / positive regulation by host of viral process / Gluconeogenesis / NADH metabolic process / pyruvate metabolic process ...Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP metabolic process / positive regulation by host of viral process / Gluconeogenesis / NADH metabolic process / pyruvate metabolic process / biotin binding / viral release from host cell / gluconeogenesis / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / negative regulation of gene expression / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Chai, P. / Lan, P. / Wu, J. / Lei, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insight into allosteric activation of human pyruvate carboxylase by acetyl-CoA. 著者: Peiwei Chai / Pengfei Lan / Shaobai Li / Deqiang Yao / Chenchen Chang / Mi Cao / Yafeng Shen / Shengfang Ge / Jian Wu / Ming Lei / Xianqun Fan / ![]() 要旨: Pyruvate carboxylase (PC) catalyzes the two-step carboxylation of pyruvate to produce oxaloacetate, playing a key role in the maintenance of metabolic homeostasis in cells. Given its involvement in ...Pyruvate carboxylase (PC) catalyzes the two-step carboxylation of pyruvate to produce oxaloacetate, playing a key role in the maintenance of metabolic homeostasis in cells. Given its involvement in multiple diseases, PC has been regarded as a potential therapeutic target for obesity, diabetes, and cancer. Albeit acetyl-CoA has been recognized as the allosteric regulator of PC for over 60 years, the underlying mechanism of how acetyl-CoA induces PC activation remains enigmatic. Herein, by using time-resolved cryo-electron microscopy, we have captured the snapshots of PC transitional states during its catalytic cycle. These structures and the biochemical studies reveal that acetyl-CoA stabilizes PC in a catalytically competent conformation, which triggers a cascade of events, including ATP hydrolysis and the long-distance communication between the two reactive centers. These findings provide an integrated picture for PC catalysis and unveil the unique allosteric mechanism of acetyl-CoA in an essential biochemical reaction in all kingdoms of life. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 630 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 515.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 996.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 100 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 147.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32775MC ![]() 7wtaC ![]() 7wtcC ![]() 7wtdC ![]() 7wteC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 129799.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BTI / #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: PC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 186526 / 対称性のタイプ: POINT |