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- PDB-7wt3: Crystal structure of HLA-A*2402 complexed with 4-mer lipopeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wt3
タイトルCrystal structure of HLA-A*2402 complexed with 4-mer lipopeptide
要素
  • 4-mer lipopeptide
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88765498464 Å
データ登録者Asa, M. / Morita, D. / Sugita, M.
資金援助 日本, 9件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K07172 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K07078 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20J23335 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04805 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H02968 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K21615 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04805 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K19563 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02852 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of N-myristoylated lipopeptide-bound HLA class I complexes indicate reorganization of B-pocket architecture upon ligand binding.
著者: Asa, M. / Morita, D. / Kuroha, J. / Mizutani, T. / Mori, N. / Mikami, B. / Sugita, M.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22022年7月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 4-mer lipopeptide
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: 4-mer lipopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,36450
ポリマ－88,5726
非ポリマー2,79244
水7,260403
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 4-mer lipopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,27134
ポリマ－44,2863
非ポリマー1,98531
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: 4-mer lipopeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,09316
ポリマ－44,2863
非ポリマー80713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.069, 46.41, 142.67
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 104.873, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31849.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosseta2 / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / hB2m


分子量: 11819.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosseta2 / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド 4-mer lipopeptide


分子量: 617.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 447分子

#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2mM ZnCL2, 100mM Tris, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88765498464→50 Å / Num. obs: 89133 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 14.42
反射 シェル解像度: 1.89→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.448 / Num. unique obs: 14275 / CC1/2: 0.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F7T

4f7t


解像度: 1.88765498464→42.0759698716 Å / SU ML: 0.221366445189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34760405114 / 位相誤差: 23.0331605078
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235061256255 4456 4.99983169328 %
Rwork0.199287283702 84667 -
obs0.201054993769 89123 99.6823514937 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.0662604233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88765498464→42.0759698716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5556 0 171 403 6130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008131654585745949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.243289712087971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0525987244526794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006767021857231041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0277559352221
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8877-1.90910.3297304003771450.3128536278312759X-RAY DIFFRACTION98.0087748903
1.9091-1.93160.2760343001211510.2620372836822868X-RAY DIFFRACTION100
1.9316-1.95510.2996146578511450.2426796077942755X-RAY DIFFRACTION99.9655291279
1.9551-1.97990.3254704213671480.2336330527342806X-RAY DIFFRACTION100
1.9799-2.00590.2510770809881480.2206093948152807X-RAY DIFFRACTION99.9661705007
2.0059-2.03340.2704190130891470.2195466550482800X-RAY DIFFRACTION100
2.0334-2.06240.2354134116451460.2146090937382764X-RAY DIFFRACTION99.8284734134
2.0624-2.09320.2561392656391490.2174336388122844X-RAY DIFFRACTION100
2.0932-2.12590.2575785617761490.2083001088582819X-RAY DIFFRACTION100
2.1259-2.16080.2671528750951450.210616400562772X-RAY DIFFRACTION99.9314833847
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2.238-2.28110.2304009463911470.1976314110952786X-RAY DIFFRACTION100
2.2811-2.32760.2336316421021490.2039331072232833X-RAY DIFFRACTION99.9664767013
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2.3782-2.43350.2343873098481500.2047521474532846X-RAY DIFFRACTION99.9666333
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2.8196-2.93240.2266063432441480.2057455521632819X-RAY DIFFRACTION99.5637583893
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3.0659-3.22750.2345782710821480.2012653208832802X-RAY DIFFRACTION99.0930466913
3.2275-3.42960.2497171630321490.2015138096542839X-RAY DIFFRACTION99.6332110704
3.4296-3.69420.2434389109131490.1867201189942836X-RAY DIFFRACTION99.6661101836
3.6942-4.06570.2009374806251510.1733528653292870X-RAY DIFFRACTION99.6372031662
4.0657-4.65340.2044923002041510.1646220704692853X-RAY DIFFRACTION99.1092048829
4.6534-5.86030.1763031255861510.183702757672873X-RAY DIFFRACTION99.0501146413
5.8603-42.07590.2676250528481550.2209158722842954X-RAY DIFFRACTION98.5732403297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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