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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wso | ||||||
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タイトル | Structure of a membrane protein G | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / membrane (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / B cell activation / B cell proliferation / エンドソーム / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity ...IgM B cell receptor complex / B cell receptor complex / CD22 mediated BCR regulation / B cell activation / B cell proliferation / エンドソーム / B cell differentiation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / B cell receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / membrane => GO:0016020 / 免疫応答 / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / シグナル伝達 / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, X. / Zhu, Y. / Chen, Y. / Huang, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of two human B cell receptor isotypes. 著者: Xinyu Ma / Yuwei Zhu / De Dong / Yan Chen / Shubo Wang / Dehui Yang / Zhuo Ma / Anqi Zhang / Fan Zhang / Changyou Guo / Zhiwei Huang / 要旨: The B cell receptor (BCR) complex plays a critical role in B cell development and immune responses. The assembly mechanisms underlying the BCR complex remain unknown. We determined the cryo-electron ...The B cell receptor (BCR) complex plays a critical role in B cell development and immune responses. The assembly mechanisms underlying the BCR complex remain unknown. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human IgG-BCR and IgM-BCR, which consist of membrane-bound immunoglobulin molecules (mIg) and Igα/β subunits at a 1:1 stoichiometry. Assembly of both BCR complexes involves their extracellular domains, membrane-proximal connection peptides, and transmembrane (TM) helices. The TM helices of mIgG and mIgM share a conserved set of hydrophobic and polar interactions with Igα/β TM helices. By contrast, the IgG-Cγ3 and IgM-Cμ4 domains interact with extracellular Ig-like domains of Igα/β through head-to-tail and side-by-side modes, respectively. This work reveals the structural basis for BCR assembly and provides insights into BCR triggering. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wso.cif.gz | 143 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wso.ent.gz | 116 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wso | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 32762MC 7xt6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28533.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0A0MS08 #2: タンパク質 | | 分子量: 15504.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD79A, IGA, MB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11912 #3: タンパク質 | | 分子量: 16143.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD79B, B29, IGB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40259 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213086 / 対称性のタイプ: POINT |