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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wsg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV spike receptor-binding domain in complex with sea lion ACE2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / cilium / metallopeptidase activity ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidyl-dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / cilium / metallopeptidase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mammalia (両生類) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Han, P. / Qi, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Natl Sci Rev / 年: 2022 タイトル: Cross-species recognition and molecular basis of SARS-CoV-2 and SARS-CoV binding to ACE2s of marine animals. 著者: Shihua Li / Ruirui Yang / Di Zhang / Pu Han / Zepeng Xu / Qian Chen / Runchu Zhao / Xin Zhao / Xiao Qu / Anqi Zheng / Liang Wang / Linjie Li / Yu Hu / Rong Zhang / Chao Su / Sheng Niu / ...著者: Shihua Li / Ruirui Yang / Di Zhang / Pu Han / Zepeng Xu / Qian Chen / Runchu Zhao / Xin Zhao / Xiao Qu / Anqi Zheng / Liang Wang / Linjie Li / Yu Hu / Rong Zhang / Chao Su / Sheng Niu / Yanfang Zhang / Jianxun Qi / Kefang Liu / Qihui Wang / George F Gao / 要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has an extremely broad host range that includes hippopotami, which are phylogenetically closely related to whales. The cellular ACE2 ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has an extremely broad host range that includes hippopotami, which are phylogenetically closely related to whales. The cellular ACE2 receptor is one of the key determinants of the host range. Here, we found that ACE2s from several marine mammals and hippopotami could efficiently bind to the receptor-binding domain (RBD) of both SARS-CoV and SARS-CoV-2 and facilitate the transduction of SARS-CoV and SARS-CoV-2 pseudoviruses into ACE2-expressing cells. We further resolved the cryo-electron microscopy complex structures of the minke whale ACE2 and sea lion ACE2, respectively, bound to the RBDs, revealing that they have similar binding modes to human ACE2 when it comes to the SARS-CoV-2 RBD and SARS-CoV RBD. Our results indicate that marine mammals could potentially be new victims or virus carriers of SARS-CoV-2, which deserves further careful investigation and study. It will provide an early warning for the prospective monitoring of marine mammals. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wsg.cif.gz | 309.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wsg.ent.gz | 252.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wsg_validation.pdf.gz | 790.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wsg_full_validation.pdf.gz | 802.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wsg_validation.xml.gz | 35 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wsg_validation.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/7wsg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93009.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mammalia (両生類) / 遺伝子: ACE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A6J2EID0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21624.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59594 |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc3_4028: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 116921 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6LZG | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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