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- PDB-7wr2: Cryatal structure of OspC3 C-terminal ankyrin-repeat domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wr2
タイトルCryatal structure of OspC3 C-terminal ankyrin-repeat domain
要素OspC3
キーワードTRANSFERASE / ADP-riboxanase / effector / ankyrin-repeat domain
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway / symbiont-mediated suppression of host calcium-mediated signal transduction / Lyases; Carbon-nitrogen lyases; Other carbon-nitrogen lyases / ADP-riboxanase activity / symbiont-mediated suppression of host programmed cell death / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / toxin activity / host cell cytoplasm / calmodulin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Arginine ADP-riboxanase OspC1-3 / Shigella flexneri OspC protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine ADP-riboxanase OspC3
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Hou, Y.J. / Zeng, H. / Shao, F. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural mechanisms of calmodulin activation of Shigella effector OspC3 to ADP-riboxanate caspase-4/11 and block pyroptosis.
著者: Hou, Y. / Zeng, H. / Li, Z. / Feng, N. / Meng, F. / Xu, Y. / Li, L. / Shao, F. / Ding, J.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OspC3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3661
ポリマ－18,3661
非ポリマー00
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7120 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.215, 53.943, 59.932
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 OspC3


分子量: 18366.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
遺伝子: ospC3 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R4X5L7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG monomethyl ether 550, 0.1 M Bis-Tris propane pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→40.1 Å / Num. obs: 19087 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.02 % / Biso Wilson estimate: 17.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 22.58
反射 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 7.87 / Num. unique obs: 1304 / CC1/2: 0.977 / Rrim(I) all: 0.176 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WR1

7wr1


解像度: 1.54→40.09 Å / SU ML: 0.1318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 18.0133
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1903 1905 10 %
Rwork0.1683 17142 -
obs0.1705 19047 98.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→40.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1088 0 0 176 1264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83711481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0469163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1985428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.580.22821250.17891124X-RAY DIFFRACTION92.45
1.58-1.620.22481340.17131208X-RAY DIFFRACTION98.97
1.62-1.670.18511320.181193X-RAY DIFFRACTION98.88
1.67-1.730.2281350.1751208X-RAY DIFFRACTION99.04
1.73-1.790.22871360.18511223X-RAY DIFFRACTION99.2
1.79-1.860.19971340.17541209X-RAY DIFFRACTION98.9
1.86-1.940.23761350.17961222X-RAY DIFFRACTION99.49
1.94-2.050.21141360.16731217X-RAY DIFFRACTION99.49
2.05-2.170.20281360.16341228X-RAY DIFFRACTION99.13
2.18-2.340.19181370.16281222X-RAY DIFFRACTION98.91
2.34-2.580.18111370.17341244X-RAY DIFFRACTION99.57
2.58-2.950.21681380.17181239X-RAY DIFFRACTION98.85
2.95-3.720.16081410.16571263X-RAY DIFFRACTION99.29
3.72-40.090.16671490.16091342X-RAY DIFFRACTION99.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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