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- PDB-7wpv: Fab14 - a SARS-CoV2 RBD neutralising antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wpv
タイトルFab14 - a SARS-CoV2 RBD neutralising antibody
要素
  • Fab14 heavy chain
  • Fab14 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / SARS-Cov2 RBD neutralising antibody / PROTEIN BINDING
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Lin, J.Q. / El Sahili, A. / Lescar, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Engineering SARS-CoV-2 specific cocktail antibodies into a bispecific format improves neutralizing potency and breadth.
著者: Zhiqiang Ku / Xuping Xie / Jianqing Lin / Peng Gao / Bin Wu / Abbas El Sahili / Hang Su / Yang Liu / Xiaohua Ye / Eddie Yongjun Tan / Xin Li / Xuejun Fan / Boon Chong Goh / Wei Xiong / Hannah ...著者: Zhiqiang Ku / Xuping Xie / Jianqing Lin / Peng Gao / Bin Wu / Abbas El Sahili / Hang Su / Yang Liu / Xiaohua Ye / Eddie Yongjun Tan / Xin Li / Xuejun Fan / Boon Chong Goh / Wei Xiong / Hannah Boyd / Antonio E Muruato / Hui Deng / Hongjie Xia / Jing Zou / Birte K Kalveram / Vineet D Menachery / Ningyan Zhang / Julien Lescar / Pei-Yong Shi / Zhiqiang An /
要旨: One major limitation of neutralizing antibody-based COVID-19 therapy is the requirement of costly cocktails to reduce emergence of antibody resistance. Here we engineer two bispecific antibodies ...One major limitation of neutralizing antibody-based COVID-19 therapy is the requirement of costly cocktails to reduce emergence of antibody resistance. Here we engineer two bispecific antibodies (bsAbs) using distinct designs and compared them with parental antibodies and their cocktail. Single molecules of both bsAbs block the two epitopes targeted by parental antibodies on the receptor-binding domain (RBD). However, bsAb with the IgG-(scFv) design (14-H-06) but not the CrossMAb design (14-crs-06) shows increased antigen-binding and virus-neutralizing activities against multiple SARS-CoV-2 variants as well as increased breadth of neutralizing activity compared to the cocktail. X-ray crystallography and cryo-EM reveal distinct binding models for individual cocktail antibodies, and computational simulations suggest higher inter-spike crosslinking potentials by 14-H-06 than 14-crs-06. In mouse models of infections by SARS-CoV-2 and multiple variants, 14-H-06 exhibits higher or equivalent therapeutic efficacy than the cocktail. Rationally engineered bsAbs represent a cost-effective alternative to antibody cocktails and a promising strategy to improve potency and breadth.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Engineering SARS-CoV-2 cocktail antibodies into a bispecific format improves neutralizing potency and breadth.
著者: Ku, Z. / Xie, X. / Lin, J. / Gao, P. / El Sahili, A. / Su, H. / Liu, Y. / Ye, X. / Li, X. / Fan, X. / Goh, B.C. / Xiong, W. / Boyd, H. / Muruato, A.E. / Deng, H. / Xia, H. / Jing, Z. / ...著者: Ku, Z. / Xie, X. / Lin, J. / Gao, P. / El Sahili, A. / Su, H. / Liu, Y. / Ye, X. / Li, X. / Fan, X. / Goh, B.C. / Xiong, W. / Boyd, H. / Muruato, A.E. / Deng, H. / Xia, H. / Jing, Z. / Kalveram, B.K. / Menachery, V.D. / Zhang, N. / Lescar, J. / Shi, P.Y. / An, Z.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab14 light chain
H: Fab14 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1022
ポリマ－48,1022
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.700, 71.220, 96.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-317-

HOH

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要素

#1: 抗体 Fab14 light chain


分子量: 22518.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab14 heavy chain


分子量: 25583.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Lithium Chloride, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9464 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→55 Å / Num. obs: 18869 / % possible obs: 98.83 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 53.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1281 / Rpim(I) all: 0.05213 / Rrim(I) all: 0.1385 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.46→2.548 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.076 / Num. unique obs: 1696 / CC1/2: 0.765 / CC star: 0.931 / Rpim(I) all: 0.4418 / % possible all: 89.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C01

7c01


解像度: 2.46→48.03 Å / SU ML: 0.3277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 30.0057
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2563 1836 5 %
Rwork0.2104 34846 -
obs0.2126 18867 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→48.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3310 0 0 74 3384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00963393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26974633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0674523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.62121207
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.530.38821190.35852248X-RAY DIFFRACTION81.85
2.53-2.60.36781400.31612709X-RAY DIFFRACTION99.82
2.6-2.680.33911400.29222685X-RAY DIFFRACTION99.65
2.68-2.780.32631480.28692777X-RAY DIFFRACTION99.8
2.78-2.890.27791410.26362651X-RAY DIFFRACTION99.86
2.89-3.020.32161440.24882707X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.180.28511430.25122729X-RAY DIFFRACTION99.86
3.18-3.380.27591430.21122745X-RAY DIFFRACTION99.93
3.38-3.640.22411390.19952701X-RAY DIFFRACTION100
3.64-4.010.22891430.19642727X-RAY DIFFRACTION99.86
4.01-4.590.2381440.15972721X-RAY DIFFRACTION99.86
4.59-5.780.20591480.17972727X-RAY DIFFRACTION100
5.78-48.030.2571440.20292719X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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