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- PDB-7wph: SARS-CoV2 RBD bound to Fab06 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wph
タイトルSARS-CoV2 RBD bound to Fab06
要素
  • FAB06 light chain
  • Fab06 heavy chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-Cov2 RBD / antibody / PROTEIN BINDING / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Lin, J.Q. / El Sahili, A. / Lescar, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Engineering SARS-CoV-2 specific cocktail antibodies into a bispecific format improves neutralizing potency and breadth.
著者: Zhiqiang Ku / Xuping Xie / Jianqing Lin / Peng Gao / Bin Wu / Abbas El Sahili / Hang Su / Yang Liu / Xiaohua Ye / Eddie Yongjun Tan / Xin Li / Xuejun Fan / Boon Chong Goh / Wei Xiong / Hannah ...著者: Zhiqiang Ku / Xuping Xie / Jianqing Lin / Peng Gao / Bin Wu / Abbas El Sahili / Hang Su / Yang Liu / Xiaohua Ye / Eddie Yongjun Tan / Xin Li / Xuejun Fan / Boon Chong Goh / Wei Xiong / Hannah Boyd / Antonio E Muruato / Hui Deng / Hongjie Xia / Jing Zou / Birte K Kalveram / Vineet D Menachery / Ningyan Zhang / Julien Lescar / Pei-Yong Shi / Zhiqiang An /
要旨: One major limitation of neutralizing antibody-based COVID-19 therapy is the requirement of costly cocktails to reduce emergence of antibody resistance. Here we engineer two bispecific antibodies ...One major limitation of neutralizing antibody-based COVID-19 therapy is the requirement of costly cocktails to reduce emergence of antibody resistance. Here we engineer two bispecific antibodies (bsAbs) using distinct designs and compared them with parental antibodies and their cocktail. Single molecules of both bsAbs block the two epitopes targeted by parental antibodies on the receptor-binding domain (RBD). However, bsAb with the IgG-(scFv) design (14-H-06) but not the CrossMAb design (14-crs-06) shows increased antigen-binding and virus-neutralizing activities against multiple SARS-CoV-2 variants as well as increased breadth of neutralizing activity compared to the cocktail. X-ray crystallography and cryo-EM reveal distinct binding models for individual cocktail antibodies, and computational simulations suggest higher inter-spike crosslinking potentials by 14-H-06 than 14-crs-06. In mouse models of infections by SARS-CoV-2 and multiple variants, 14-H-06 exhibits higher or equivalent therapeutic efficacy than the cocktail. Rationally engineered bsAbs represent a cost-effective alternative to antibody cocktails and a promising strategy to improve potency and breadth.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Engineering SARS-CoV-2 cocktail antibodies into a bispecific format improves neutralizing potency and breadth.
著者: Ku, Z. / Xie, X. / Lin, J. / Gao, P. / El Sahili, A. / Su, H. / Liu, Y. / Ye, X. / Li, X. / Fan, X. / Goh, B.C. / Xiong, W. / Boyd, H. / Muruato, A.E. / Deng, H. / Xia, H. / Jing, Z. / ...著者: Ku, Z. / Xie, X. / Lin, J. / Gao, P. / El Sahili, A. / Su, H. / Liu, Y. / Ye, X. / Li, X. / Fan, X. / Goh, B.C. / Xiong, W. / Boyd, H. / Muruato, A.E. / Deng, H. / Xia, H. / Jing, Z. / Kalveram, B.K. / Menachery, V.D. / Zhang, N. / Lescar, J. / Shi, P.Y. / An, Z.
履歴
登録2022年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
D: FAB06 light chain
E: Fab06 heavy chain
H: Fab06 heavy chain
L: FAB06 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,6498
ポリマ－155,2076
非ポリマー4422
水1,71195
1
A: Spike protein S1
D: FAB06 light chain
E: Fab06 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8254
ポリマ－77,6033
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
H: Fab06 heavy chain
L: FAB06 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8254
ポリマ－77,6033
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.170, 266.350, 112.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 333 through 527 or resid 1307))
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2(chain "D" and resid 2 through 212)
d_2ens_2chain "L"
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3(chain "H" and (resid 1 through 134 or resid 142 through 217))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRPROA1 - 195
d_12ens_1NAGNAGB
d_21ens_1THRPROC1 - 195
d_22ens_1NAGNAGD
d_11ens_2ALATHRE2 - 212
d_21ens_2ALATHRH1 - 211
d_11ens_3GLNLYSF1 - 210
d_21ens_3GLNPROG1 - 134
d_22ens_3GLYLYSG138 - 213

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.645252830886, -0.746313481858, 0.163294124302), (-0.751311038629, 0.581148818102, -0.312726357145), (0.138493709129, -0.324472245372, -0.935701477243)48.2973410478, 62.1919575956, 81.1994457085
2given(-0.622582467888, -0.774717676494, 0.110469871032), (-0.765321699406, 0.573313755909, -0.292564580397), (0.163321055274, -0.266690567912, -0.949843341763)51.8335743099, 61.9025065132, 79.2356204836
3given(-0.625605537919, -0.769933844034, 0.125775938621), (-0.761803439657, 0.568160921796, -0.311205215688), (0.168146454771, -0.290508249031, -0.941982869798)51.1309172068, 63.2823632189, 79.3914980377

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 30823.617 Da / 分子数: 2 / 断片: RBD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 FAB06 light chain


分子量: 22664.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab06 heavy chain


分子量: 24114.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate dihydrate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9464 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9464 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→55 Å / Num. obs: 34904 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 63.21 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.1006 / Rrim(I) all: 0.3316 / Net I/σ(I): 8.31
反射 シェル解像度: 2.89→2.993 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 3389 / CC1/2: 0.522 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7C01

7c01


解像度: 2.89→48.15 Å / SU ML: 0.5441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 31.178
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 3261 5 %
Rwork0.2286 61923 -
obs0.2306 34898 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9411 0 28 97 9536
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01179684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.552913211
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1751474
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00771698
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.43563405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20174200543
ens_2d_2LX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.996851817106
ens_3d_2HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.788422406041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.89-2.930.44511250.38262353X-RAY DIFFRACTION85.92
2.93-2.970.3941420.34992706X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.020.39271430.34632687X-RAY DIFFRACTION99.86
3.02-3.080.40321410.35112732X-RAY DIFFRACTION99.97
3.08-3.130.37281410.33622744X-RAY DIFFRACTION99.97
3.13-3.190.34111440.31112661X-RAY DIFFRACTION99.89
3.19-3.260.33541380.30662688X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.330.36681470.27662772X-RAY DIFFRACTION99.86
3.33-3.40.36841400.26772628X-RAY DIFFRACTION99.96
3.4-3.490.27441460.24962720X-RAY DIFFRACTION99.93
3.49-3.580.28971450.24692757X-RAY DIFFRACTION99.9
3.58-3.690.25561400.24532648X-RAY DIFFRACTION99.93
3.69-3.810.2621380.22182716X-RAY DIFFRACTION100
3.81-3.940.22851420.2172719X-RAY DIFFRACTION100
3.94-4.10.23681420.2112716X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.290.24281390.18992725X-RAY DIFFRACTION100
4.29-4.510.25861480.1782739X-RAY DIFFRACTION100
4.51-4.80.21351370.18142663X-RAY DIFFRACTION100
4.8-5.170.25681400.19162728X-RAY DIFFRACTION100
5.17-5.690.22271470.19622695X-RAY DIFFRACTION99.89
5.69-6.510.21961480.20692720X-RAY DIFFRACTION100
6.51-8.190.19141420.20342721X-RAY DIFFRACTION100
8.19-48.150.25891460.20062685X-RAY DIFFRACTION99.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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