[日本語] English
万見
- PDB-7wnh: Crystal structure of Nurr1 binding to NBRE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wnh
タイトルCrystal structure of Nurr1 binding to NBRE
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
  • Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nurr1 / NBRE / DBD / LBD
機能・相同性
機能・相同性情報


general adaptation syndrome / habenula development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system neuron differentiation / central nervous system projection neuron axonogenesis / : / regulation of dopamine metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / regulation of respiratory gaseous exchange ...general adaptation syndrome / habenula development / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system neuron differentiation / central nervous system projection neuron axonogenesis / : / regulation of dopamine metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / regulation of respiratory gaseous exchange / dopaminergic neuron differentiation / neuron maturation / dopamine biosynthetic process / fat cell differentiation / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of apoptotic signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / response to amphetamine / adult locomotory behavior / post-embryonic development / SUMOylation of intracellular receptors / neuron migration / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / beta-catenin binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhao, M. / Xu, T. / Wang, N. / Guo, Y. / Liu, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Integrative analysis reveals structural basis for transcription activation of Nurr1 and Nurr1-RXR alpha heterodimer.
著者: Zhao, M. / Wang, N. / Guo, Y. / Li, J. / Yin, Y. / Dong, Y. / Zhu, J. / Peng, C. / Xu, T. / Liu, J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
C: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
D: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
O: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,13220
ポリマ－197,60812
非ポリマー5238
水50428
1
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
E: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5335
ポリマ－49,4023
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
K: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5335
ポリマ－49,4023
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
3
C: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
H: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5335
ポリマ－49,4023
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
4
D: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
N: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')
O: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5335
ポリマ－49,4023
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.002, 124.002, 119.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17E
27I
18E
28L
19E
29O
110F
210H
111F
211K
112F
212N
113H
213K
114H
214N
115I
215L
116I
216O
117K
217N
118L
218O

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUPHEPHEAA262 - 59214 - 344
21LEULEUPHEPHEBB262 - 59214 - 344
12LEULEUPROPROAA262 - 59714 - 349
22LEULEUPROPROCC262 - 59714 - 349
13CYSCYSLEULEUAA263 - 59615 - 348
23CYSCYSLEULEUDD263 - 59615 - 348
14LEULEUPHEPHEBB262 - 59214 - 344
24LEULEUPHEPHECC262 - 59214 - 344
15CYSCYSLEULEUBB263 - 59115 - 343
25CYSCYSLEULEUDD263 - 59115 - 343
16CYSCYSLEULEUCC263 - 59615 - 348
26CYSCYSLEULEUDD263 - 59615 - 348
17DCDCDGDGEE261 - 2761 - 16
27DCDCDGDGIH261 - 2761 - 16
18DCDCDGDGEE261 - 2761 - 16
28DCDCDGDGLJ261 - 2761 - 16
19DCDCDGDGEE261 - 2761 - 16
29DCDCDGDGOL261 - 2761 - 16
110DCDCDGDGFF261 - 2761 - 16
210DCDCDGDGHG261 - 2761 - 16
111DCDCDGDGFF261 - 2761 - 16
211DCDCDGDGKI261 - 2761 - 16
112DCDCDGDGFF261 - 2761 - 16
212DCDCDGDGNK261 - 2761 - 16
113DCDCDGDGHG261 - 2761 - 16
213DCDCDGDGKI261 - 2761 - 16
114DCDCDGDGHG261 - 2761 - 16
214DCDCDGDGNK261 - 2761 - 16
115DCDCDGDGIH261 - 2761 - 16
215DCDCDGDGLJ261 - 2761 - 16
116DCDCDGDGIH261 - 2761 - 16
216DCDCDGDGOL261 - 2761 - 16
117DCDCDGDGKI261 - 2761 - 16
217DCDCDGDGNK261 - 2761 - 16
118DCDCDGDGLJ261 - 2761 - 16
218DCDCDGDGOL261 - 2761 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

-
要素

#1: タンパク質
Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 / Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible ...Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible nuclear receptor


分子量: 39604.754 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43354
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*TP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 4865.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4932.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium malonate, pH5.0, 20% PEG3350,1.44% myo-lnositol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→119.52 Å / Num. obs: 37212 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 356012 / Scaling rejects: 4865
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.249.71.1024422645720.6420.3791.1681.899.9
10.74-119.527.90.0769718840.9980.0250.07516.398.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CIT,1OVL

1cit

1ovl


解像度: 3.1→107.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 27.949 / SU ML: 0.465 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.501 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2671 1762 4.7 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2254 35419 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 246.73 Å2 / Biso mean: 84.256 Å2 / Biso min: 15.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å2-0.88 Å2-0 Å2
2---1.76 Å2-0 Å2
3---5.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→107.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9908 2600 8 28 12544
Biso mean--122.11 50.98 -
残基数----1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01212999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01811066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4491.52418073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2231.76825707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49751237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.89821.268560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.625151824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8261590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022839
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A89260.09
12B89260.09
21A92250.07
22C92250.07
31A89210.1
32D89210.1
41B90100.09
42C90100.09
51B92800.07
52D92800.07
61C90610.09
62D90610.09
71E13660.03
72I13660.03
81E13690.02
82L13690.02
91E13590.08
92O13590.08
101F14310.02
102H14310.02
111F14330.03
112K14330.03
121F14350.02
122N14350.02
131H14260.03
132K14260.03
141H14300.02
142N14300.02
151I13690.03
152L13690.03
161I13590.08
162O13590.08
171K14310.03
172N14310.03
181L13590.08
182O13590.08
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 128 -
Rwork0.337 2639 -
all-2767 -
obs--99.89 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る