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- PDB-7wl0: Crystal structure of human ALKBH5 in complex with N-oxalylglycine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wl0
タイトルCrystal structure of human ALKBH5 in complex with N-oxalylglycine (NOG) and m6A-containing ssRNA
要素
  • RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
  • RNA demethylase ALKBH5
キーワードOXIDOREDUCTASE/RNA / Iron and 2-oxoglutarate dependent oxygenase / RNA demethylase / oxidoreductase / double-stranded beta helix / OXIDOREDUCTASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / : / N-OXALYLGLYCINE / RNA / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kaur, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)22301719 英国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of substrate recognition and N6-methyladenosine demethylation revealed by crystal structures of ALKBH5-RNA complexes.
著者: Kaur, S. / Tam, N.Y. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
C: RNA demethylase ALKBH5
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
E: RNA demethylase ALKBH5
F: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
G: RNA demethylase ALKBH5
H: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
I: RNA demethylase ALKBH5
J: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,53321
ポリマ－138,47710
非ポリマー1,05611
水3,153175
1
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8974
ポリマ－27,6952
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11030 Å2
手法PISA
2
C: RNA demethylase ALKBH5
D: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9435
ポリマ－27,6952
非ポリマー2483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11050 Å2
手法PISA
3
E: RNA demethylase ALKBH5
F: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8974
ポリマ－27,6952
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
4
G: RNA demethylase ALKBH5
H: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8974
ポリマ－27,6952
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
5
I: RNA demethylase ALKBH5
J: RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8974
ポリマ－27,6952
非ポリマー2022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.770, 132.370, 77.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 10分子 ACEGIBDFHJ

#1: タンパク質
RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 25138.818 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH5, ABH5, OFOXD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P6C2, mRNA N6-methyladenine demethylase
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*UP*GP*GP*(6MZ)P*CP*UP*GP*C)-3')


分子量: 2556.588 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 186分子

#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→66.25 Å / Num. obs: 41144 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.4891 / Net I/σ(I): 4.76
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 2.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 4103 / CC1/2: 0.42 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7V4G

7v4g


解像度: 2.5→58.67 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2404 2066 5.02 %
Rwork0.1963 39051 -
obs0.1985 41117 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.09 Å2 / Biso mean: 49.1942 Å2 / Biso min: 28.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→58.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8507 622 58 175 9362
Biso mean--47.81 42.12 -
残基数----1114
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.560.37461430.309125742717
2.56-2.620.34411540.293425822736
2.62-2.690.3481550.273925792734
2.69-2.770.31161250.263225872712
2.77-2.860.31231180.274926172735
2.86-2.960.33661270.249126282755
2.96-3.080.27741440.245425702714
3.08-3.220.31661310.224625892720
3.22-3.390.27941350.198626222757
3.39-3.610.23421250.200826022727
3.61-3.880.23481340.172526232757
3.88-4.270.21621200.161726492769
4.27-4.890.17131590.140625732732
4.89-6.160.18831530.169926082761
6.16-58.670.18961430.164426482791
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3414-2.80651.67536.0057-3.29595.2688-0.3658-0.42210.08260.76130.44210.2348-0.1015-0.6055-0.22130.3889-0.05420.15770.52020.01240.3411-4.3133-34.098140.5965
24.63011.6157-5.86234.2025-1.53247.3685-0.290.34980.5634-0.43990.27680.238-0.086-0.04210.07790.4618-0.0232-0.09910.4086-0.02060.3587-5.4667-20.694717.9791
33.51020.23571.03020.44140.45112.58690.02450.2624-0.19520.12720.09820.02680.01270.3094-0.10320.3751-0.01130.07890.3768-0.00960.376113.9029-24.715522.2014
45.9809-1.3652-0.67032.35252.41253.24110.0936-0.09470.16140.0291-0.18560.1719-0.1579-0.370.040.38640.01210.0540.2639-0.00460.3647-0.9541-15.097231.566
52.3724-0.75950.93341.4343-0.04880.95360.051-0.0485-0.325-0.0703-0.06250.17720.2589-0.09420.00610.3827-0.0320.10580.3542-0.02240.34233.2463-34.616629.5841
63.1223-0.59510.08212.82841.55366.0407-0.1142-0.2652-0.4488-0.06350.1683-0.1165-0.47610.3374-0.11180.3077-0.00660.08240.47720.02310.41145.9808-36.640537.4232
73.52111.99991.34453.96621.65532.80880.0881-0.16480.32630.4168-0.22750.42140.1379-0.12530.18290.27440.04880.10240.271-0.00440.29965.8814-27.461928.4949
88.287-1.3609-0.1946.01443.14791.69970.03480.0247-0.71640.40290.2623-0.4881.1320.3486-0.51920.6950.05060.03630.3655-0.01390.384514.3552-40.796826.5173
97.34951.14644.33481.6106-0.09993.9989-0.0901-0.1866-0.4286-0.12640.2304-0.14210.1835-0.1162-0.11980.39080.06740.15940.4584-0.0530.4314-39.1222-25.739755.3826
104.0352-0.8701-5.59136.51871.12888.36880.3117-0.71980.66350.0526-0.1697-0.4827-0.67960.8324-0.11130.3309-0.0238-0.02070.3686-0.01570.3712-11.3605-16.673764.4843
116.1412-0.32572.03736.7758-3.58264.2981-0.05590.36650.5168-0.670.1442-0.66770.38790.0238-0.05190.3041-0.01430.11360.3362-0.01630.3523-7.267-23.775950.7911
123.282-0.85290.5127.7374-2.64197.3389-0.23090.4280.2231-0.17530.3141-0.0425-0.2902-0.2227-0.09570.2527-0.04220.11910.4556-0.01390.4026-15.046-32.56343.2442
135.6669-2.24952.26270.8966-0.68443.92230.28480.6610.204-0.1818-0.3313-0.25630.14260.67640.06540.4051-0.04860.16110.42490.01280.3897-13.7684-38.058946.5218
149.595-2.7431-5.94742.4482.58865.6396-0.0228-0.64790.28320.11680.2043-0.24270.14830.3875-0.1880.2858-0.0203-0.07480.32320.02710.3214-15.3685-30.157767.3545
152.81090.83470.62140.76940.08651.41750.0330.03750.0134-0.0780.0343-0.0573-0.197-0.0236-0.07440.3013-0.00980.08140.3111-0.01420.333-21.9549-24.412153.5521
162.57650.79780.44591.3251.5563.82910.00280.20910.1472-0.1814-0.03280.1424-0.4876-0.390.03160.36480.03170.03160.33760.02590.378-29.9266-21.741948.9229
171.7202-2.06180.72087.5966-1.40910.5724-0.2416-0.0447-0.2929-0.10530.37720.440.0122-0.1079-0.14340.3136-0.05980.11570.3958-0.01760.2716-18.9503-26.632353.8443
185.69760.3187-0.94188.33915.93534.619-0.3771.14210.5329-1.0288-0.07250.6862-0.14170.25850.4170.3676-0.0277-0.02350.49510.15920.4469-19.81-19.967740.0608
193.4766-2.7137-2.20727.16624.0635.83450.1202-0.18030.518-0.58080.1701-0.5184-0.44350.1645-0.34090.36440.0390.10340.41920.00410.3601-35.4523-20.455618.4824
207.3159-1.0281-5.91947.37890.79828.2981-0.20280.2327-0.43080.0239-0.09330.20840.4376-0.18790.2790.3310.01640.01270.2925-0.030.3289-27.5273-43.16944.4045
211.2117-0.18250.24971.4652-0.28142.94630.05680.19640.2596-0.1898-0.08410.0830.14540.16270.01420.3061-0.02570.08520.4714-0.03030.3966-24.2599-26.5728-6.3646
225.9376-1.7809-1.34626.52281.76034.4452-0.16120.2487-0.47050.04-0.05670.78260.4419-0.48370.22510.3002-0.0923-0.01160.4344-0.03970.3228-40.2967-35.08211.4686
232.24120.408-1.24451.42290.99311.58620.19550.06810.25350.0366-0.0381-0.31140.17730.0077-0.13880.34620.01340.02540.3598-0.05470.3634-28.1309-25.59036.4173
244.59193.15812.00037.26791.59773.0153-0.0309-0.39360.33950.30360.0857-0.2387-0.09930.5271-0.02030.34370.04050.0020.5036-0.08180.3186-23.0522-21.076714.274
256.2482.479-2.14661.1979-1.42139.21050.71490.67940.80680.3692-0.0164-0.0655-0.1279-0.5736-0.69380.4065-0.03670.020.3563-0.11270.4421-30.3101-16.340410.6885
269.1443-2.98885.89544.7911-3.68176.0846-0.2596-0.86660.149-0.34420.2456-0.13770.1633-0.84360.03130.31160.03390.1280.3488-0.02350.3056-29.0526-26.36182.827
278.09380.2843.53145.9641-2.43462.7166-0.5233-0.18231.66931.320.1510.1821-0.53390.37190.34220.63260.06010.12660.5988-0.0890.6546-17.5605-15.37284.1056
282.0852-0.3767-1.37831.6395-0.57982.1436-0.0024-0.2566-0.1089-0.2109-0.0919-0.28570.20750.48530.07610.2708-0.0949-0.01370.43990.0340.5181-22.0026-67.230631.6721
295.2714.0884-0.98756.5764-2.52141.07280.05430.0570.49740.20620.06240.2929-0.1688-0.133-0.13320.32450.02250.00890.25950.00710.3287-38.0161-57.064324.8114
306.08440.96851.20313.1287-0.87557.82390.05470.1562-0.1199-0.36440.1905-0.18640.21370.2494-0.25030.31680.01550.05430.2547-0.02790.31-27.9409-73.693920.431
312.71830.1481-0.40991.9459-0.60721.7540.0107-0.18890.16480.1626-0.1083-0.3297-0.30160.19340.08760.3789-0.0546-0.01030.34250.05150.4233-29.0513-62.640637.5891
323.11762.5854-0.42174.40360.11541.8815-0.08520.2361-0.2577-0.2389-0.0202-0.3747-0.32730.02260.07210.30510.00250.0390.27740.05630.4529-32.0303-63.595829.6977
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345.5833-1.77244.52667.3794-0.154.0984-0.13841.15840.23890.51980.2470.4099-0.52540.1649-0.1610.6175-0.03690.07780.36380.08730.3521-3.7891-40.048262.318
356.2659-5.41661.2745.48410.6213.86060.7207-0.7331-0.02520.14620.19891.0346-0.9275-0.3036-0.86530.8155-0.03520.38560.57630.08110.653-20.4406-56.849782.4973
367.20473.0295-2.32355.69-1.26339.52270.1878-0.83640.03590.4020.020.21571.26430.2035-0.22770.5629-0.0395-0.06660.33790.08180.6061-12.75-68.587176.2048
375.7349-4.0372-1.86188.32321.55124.09530.631-0.1815-0.1879-0.8886-0.18460.74820.1244-0.1438-0.37960.6489-0.0079-0.03310.42030.13680.5876-14.7436-66.840766.121
384.4977-0.79671.03936.7246-2.98285.47710.0539-0.3462-0.21510.36280.26651.0279-0.2645-0.5216-0.31130.4075-0.02610.01630.30850.01610.4613-16.2244-54.871569.9928
397.00870.2841-3.77795.2789-4.15226.05550.40820.05430.03230.47-0.19750.3959-0.228-0.2304-0.2420.46590.0126-0.02320.22460.02340.4169-10.9136-53.672767.3126
409.3241-3.23262.82832.0291-3.04118.0428-0.1630.45580.1789-0.1049-0.0126-1.57330.24781.12860.2960.4976-0.0572-0.02820.68410.08960.6467.7171-54.305869.796
412.0695-0.93722.38074.2664-1.85862.9329-0.0278-0.40510.76541.085-0.14320.4335-0.845-0.18850.12470.6489-0.06220.0730.2865-0.04740.4133-10.2901-45.976772.0762
429.68620.10751.39697.446-3.82134.89580.29510.0092-0.433-0.805-0.3731-0.64070.8475-0.07860.1270.4997-0.04830.07120.348-0.02060.3144-3.716-50.756762.5583
436.26280.33631.39613.6775-0.58831.73-0.0584-0.0628-0.2382-0.33080.28120.26530.0010.4903-0.16890.58750.0056-0.05560.32720.09410.3192-11.7869-59.057168.2034
446.54580.84163.98196.90881.8778.192-0.4003-0.3273-0.1218-0.3885-0.0898-1.0838-0.37530.01550.40740.59160.0646-0.00390.55120.10470.71661.8447-63.05170.8593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 79 through 96 )A79 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 115 )A97 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 159 )A116 - 159
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 160 through 188 )A160 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 189 through 256 )A189 - 256
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 257 through 269 )A257 - 269
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 270 through 292 )A270 - 292
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 8 )B1 - 8
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 75 through 93 )C75 - 93
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 94 through 115 )C94 - 115
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 116 through 135 )C116 - 135
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 136 through 149 )C136 - 149
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 150 through 159 )C150 - 159
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 160 through 188 )C160 - 188
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 189 through 228 )C189 - 228
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 229 through 269 )C229 - 269
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 270 through 292 )C270 - 292
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 5 )D1 - 5
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 77 through 96 )E77 - 96
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 97 through 115 )E97 - 115
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 116 through 159 )E116 - 159
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 160 through 188 )E160 - 188
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 189 through 228 )E189 - 228
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 229 through 256 )E229 - 256
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 257 through 269 )E257 - 269
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 270 through 292 )E270 - 292
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 1 through 8 )F1 - 8
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 75 through 115 )G75 - 115
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 116 through 159 )G116 - 159
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 160 through 188 )G160 - 188
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 189 through 269 )G189 - 269
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 270 through 292 )G270 - 292
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 2 through 5 )H2 - 5
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 75 through 93 )I75 - 93
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'I' and (resid 94 through 115 )I94 - 115
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'I' and (resid 116 through 135 )I116 - 135
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'I' and (resid 136 through 171 )I136 - 171
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'I' and (resid 172 through 205 )I172 - 205
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'I' and (resid 206 through 228 )I206 - 228
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'I' and (resid 229 through 243 )I229 - 243
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'I' and (resid 244 through 256 )I244 - 256
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'I' and (resid 257 through 269 )I257 - 269
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'I' and (resid 270 through 292 )I270 - 292
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'J' and (resid 2 through 5 )J2 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る