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- PDB-7wkx: IL-17A in complex with the humanized antibody HB0017 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wkx
タイトルIL-17A in complex with the humanized antibody HB0017
要素
  • Heavy chain of HB0017 Fab
  • Interleukin-17A
  • Light chain of HB0017 Fab
キーワードCYTOKINE / HB0017 / IL17A / monoclonal antibody / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway ...positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / gene expression / adaptive immune response / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / external side of plasma membrane / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine-knot cytokine / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / MALONIC ACID / Interleukin-17A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Xu, J. / Zhu, X. / He, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Structural and functional insights into a novel pre-clinical-stage antibody targeting IL-17A for treatment of autoimmune diseases.
著者: Xu, J.G. / Jia, H. / Chen, S. / Xu, J. / Zhan, Y. / Yu, H. / Wang, W. / Kang, X. / Cui, X. / Feng, Y. / Chen, X. / Xu, W. / Pan, X. / Wei, X. / Li, H. / Wang, Y. / Xia, S. / Liu, X. / Yang, L. / He, Y. / Zhu, X.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of HB0017 Fab
B: Heavy chain of HB0017 Fab
C: Light chain of HB0017 Fab
D: Light chain of HB0017 Fab
E: Interleukin-17A
F: Interleukin-17A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,06317
ポリマ－129,0946
非ポリマー96911
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)301.142, 50.829, 117.216
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.270, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13E
23F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 217
2010B1 - 217
1020C1 - 215
2020D1 - 215
1030E24 - 130
2030F24 - 130

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質 Interleukin-17A / IL-17 / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 17427.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16552

-
抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: 抗体 Heavy chain of HB0017 Fab


分子量: 23154.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light chain of HB0017 Fab


分子量: 23964.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 48分子

#4: 化合物
ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID


分子量: 104.061 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4% v/v Tacsimate pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 41319 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.067 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vxs,5drw

2vxs

5drw


解像度: 2.81→45.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 14.379 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.686 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2539 1997 4.8 %RANDOM
Rwork0.2055 ---
obs0.2078 39322 95.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 167.99 Å2 / Biso mean: 62.423 Å2 / Biso min: 20.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å22.13 Å2
2--1.37 Å2-0 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.81→45.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8147 0 65 37 8249
Biso mean--80.2 48.06 -
残基数----1057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.64811515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2761.57417266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.08151051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09823.263380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.293151297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5491530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021708
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A58910.14
12B58910.14
21C62650.15
22D62650.15
31E24000.18
32F24000.18
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.879 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 120 -
Rwork0.322 2364 -
obs--78.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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