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- PDB-7wku: Structure of PDCoV Mpro in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wku
タイトルStructure of PDCoV Mpro in complex with an inhibitor
要素
  • N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
  • Peptidase C30
キーワードVIRAL PROTEIN / virus / viral protease / drug design / inhibitor / broad-spectrum antivirals
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / omega peptidase activity / methylation / endonuclease activity / membrane => GO:0016020 ...RNA exonuclease activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / DNA helicase activity / methyltransferase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / omega peptidase activity / methylation / endonuclease activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Non-structural protein 5, deltacoronavirus / Nonstructural protein 14, deltacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, deltacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal, deltacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, deltacoronavirus / Non-structural protein 6, deltacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus ...Non-structural protein 5, deltacoronavirus / Nonstructural protein 14, deltacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, deltacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal, deltacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, deltacoronavirus / Non-structural protein 6, deltacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE / ORF1ab polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wang, F.H. / Yang, H.T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81772204 中国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: The Structure of the Porcine Deltacoronavirus Main Protease Reveals a Conserved Target for the Design of Antivirals.
著者: Wang, F. / Chen, C. / Wang, Z. / Han, X. / Shi, P. / Zhou, K. / Liu, X. / Xiao, Y. / Cai, Y. / Huang, J. / Zhang, L. / Yang, H.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase C30
B: Peptidase C30
C: Peptidase C30
D: Peptidase C30
E: Peptidase C30
F: Peptidase C30
H: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
I: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
J: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
K: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
L: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
M: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,10112
ポリマ－212,10112
非ポリマー00
水8,305461
1
A: Peptidase C30
J: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3502
ポリマ－35,3502
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13840 Å2
手法PISA
2
B: Peptidase C30
K: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3502
ポリマ－35,3502
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14090 Å2
手法PISA
3
C: Peptidase C30
L: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3502
ポリマ－35,3502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
4
D: Peptidase C30
M: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3502
ポリマ－35,3502
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14040 Å2
手法PISA
5
E: Peptidase C30
H: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3502
ポリマ－35,3502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13430 Å2
手法PISA
6
F: Peptidase C30
I: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3502
ポリマ－35,3502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.292, 122.292, 289.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

#1: タンパク質
Peptidase C30 / Main protease


分子量: 34669.426 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine deltacoronavirus (ウイルス)
遺伝子: ORF1ab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A166XB12
#2: タンパク質・ペプチド
N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 680.791 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
参照: N-[(5-METHYLISOXAZOL-3-YL)CARBONYL]ALANYL-L-VALYL-N~1~-((1R,2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-OXO-1-{[(3R)-2-OXOPYRROLIDIN-3-YL]METHYL}BUT-2-ENYL)-L-LEUCINAMIDE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode
詳細: 0.1M sodium citrate (pH 5.1), 4% (w/v) polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 75173 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.176 / Χ2: 0.525 / Net I/σ(I): 2.6 / Num. measured all: 1541176
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.6-2.6420.337330.7060.5380.44599.3
2.64-2.6920.337230.7730.3720.53499.3
2.69-2.7419.937450.8090.3490.44499.4
2.74-2.819.537420.8760.2930.44899.4
2.8-2.8618.737650.8810.2570.44499.4
2.86-2.9319.837190.9050.2130.4499.40.9270.951
2.93-32037840.9340.1790.43799.60.7830.804
3-3.0821.937200.9620.1450.44999.50.6690.684
3.08-3.1721.837550.9780.1210.45399.60.5590.572
3.17-3.2821.737620.9840.0970.49699.60.4430.453
3.28-3.3921.537630.9870.0810.48599.70.3710.38
3.39-3.5321.137410.9920.0650.60499.70.2950.303
3.53-3.6920.937710.9940.0590.78999.60.2670.273
3.69-3.8820.337480.9950.0450.71299.70.1980.203
3.88-4.1318.737750.9970.0330.64599.70.1410.145
4.13-4.4519.437620.9980.0230.52999.70.0990.102
4.45-4.8921.837830.9990.0190.53499.80.0870.089
4.89-5.621.737890.9990.020.50899.80.0910.093
5.6-7.0520.737620.9990.020.49699.70.0880.091
7.05-5019.938310.9990.0130.60199.70.0580.059

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GWZ

5gwz


解像度: 2.6→49.74 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 3733 4.97 %
Rwork0.1905 71354 -
obs0.1929 75087 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.95 Å2 / Biso mean: 57.2077 Å2 / Biso min: 13.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14100 0 294 461 14855
Biso mean--69.01 47.07 -
残基数----1798
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.630.35751530.28552563271698
2.63-2.660.2931340.27352663279799
2.66-2.70.29861100.26482651276199
2.7-2.740.31771800.24812586276699
2.74-2.780.29571200.26292702282299
2.78-2.820.32491390.25442591273099
2.82-2.870.28931120.24542670278299
2.87-2.920.31461550.237726402795100
2.92-2.970.28681340.230326252759100
2.97-3.030.28781600.227726032763100
3.03-3.090.28121480.227926212769100
3.09-3.160.27131340.22622650278499
3.16-3.230.32921420.222726552797100
3.23-3.310.29991360.224126592795100
3.31-3.40.25971680.22426032771100
3.4-3.50.25391330.190626402773100
3.5-3.610.24831370.193126702807100
3.61-3.740.26131160.186426472763100
3.74-3.890.26041230.174526682791100
3.89-4.070.21891260.170626742800100
4.07-4.280.19931860.152225882774100
4.28-4.550.18461320.145326692801100
4.55-4.90.20991130.146726842797100
4.9-5.40.19591390.158426522791100
5.4-6.180.22841280.182926692797100
6.18-7.770.21331250.180126822807100
7.78-49.740.17511500.17082629277998

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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