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- PDB-7wj2: Crystal structure of HLA-C*1402 complexed with 8-mer HIV gag peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wj2
タイトルCrystal structure of HLA-C*1402 complexed with 8-mer HIV gag peptide
要素
  • 8-mer peptide
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / MHC class I protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Kuroha, J. / Morita, D. / Asa, M. / Sugita, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K07172 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04805 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K19563 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02852 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of N-myristoylated lipopeptide-bound HLA class I complexes indicate reorganization of B-pocket architecture upon ligand binding.
著者: Asa, M. / Morita, D. / Kuroha, J. / Mizutani, T. / Mori, N. / Mikami, B. / Sugita, M.
履歴
登録2022年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I protein
B: Beta-2-microglobulin
C: 8-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,24212
ポリマ－44,7253
非ポリマー5179
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.655, 76.885, 62.053
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MHC class I protein


分子量: 32012.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosseta2 / 参照: UniProt: A0A890UPS4
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / hB2m


分子量: 11819.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosseta2 / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド 8-mer peptide


分子量: 894.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
非ポリマー , 4種, 343分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM sodium acetate, 20 % PEG Smear Low

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. obs: 96254 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 13.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / Num. unique obs: 4687

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5W6A

5w6a


解像度: 1.28→38.44 Å / SU ML: 0.1254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.8176
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1781 4799 4.99 %
Rwork0.1557 91439 -
obs0.1568 96238 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→38.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 33 334 3519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05884768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.63191323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.290.27381510.22852895X-RAY DIFFRACTION94.27
1.29-1.310.23341510.21123065X-RAY DIFFRACTION98.08
1.31-1.330.21391640.18452943X-RAY DIFFRACTION97.43
1.33-1.340.24471640.17573000X-RAY DIFFRACTION97.96
1.34-1.360.20181330.16653029X-RAY DIFFRACTION98.05
1.36-1.380.19731790.15632982X-RAY DIFFRACTION97.56
1.38-1.40.17591700.14963020X-RAY DIFFRACTION98.79
1.4-1.420.17541350.14873023X-RAY DIFFRACTION98.14
1.42-1.440.17271560.14683064X-RAY DIFFRACTION98.26
1.44-1.460.15391460.14843008X-RAY DIFFRACTION99.03
1.46-1.490.20591580.14853028X-RAY DIFFRACTION98.49
1.49-1.520.18161750.14483051X-RAY DIFFRACTION98.53
1.52-1.550.17791620.14263058X-RAY DIFFRACTION99.17
1.55-1.580.16281640.13612998X-RAY DIFFRACTION99.12
1.58-1.610.16371600.143036X-RAY DIFFRACTION99.1
1.61-1.650.16871670.14493043X-RAY DIFFRACTION99.14
1.65-1.690.17491670.1413072X-RAY DIFFRACTION99.36
1.69-1.740.18341790.13583026X-RAY DIFFRACTION99.38
1.74-1.790.15741590.13693091X-RAY DIFFRACTION99.6
1.79-1.850.17021630.13553061X-RAY DIFFRACTION99.66
1.85-1.910.18391540.1413058X-RAY DIFFRACTION99.69
1.91-1.990.17031470.14463093X-RAY DIFFRACTION99.85
1.99-2.080.14811590.14163113X-RAY DIFFRACTION99.88
2.08-2.190.17941810.14673037X-RAY DIFFRACTION99.91
2.19-2.330.18631420.15773121X-RAY DIFFRACTION99.97
2.33-2.50.18441580.16443099X-RAY DIFFRACTION99.91
2.5-2.760.19641610.17553104X-RAY DIFFRACTION99.94
2.76-3.160.19051510.1693092X-RAY DIFFRACTION99.97
3.16-3.970.17791670.16163111X-RAY DIFFRACTION99.73
3.98-38.440.15951760.15623118X-RAY DIFFRACTION98.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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