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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7win | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BAZ2B TAM domain | ||||||
要素 | Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / TAM domain / BAZ2B | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 クロマチンリモデリング / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, Y.Y. / Liu, K. / Min, J.R. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Heliyon / 年: 2022 タイトル: Crystal structure of the BAZ2B TAM domain. 著者: Feng, Y. / Chen, S. / Zhou, M. / Zhang, J. / Min, J. / Liu, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7win.cif.gz | 56.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7win.ent.gz | 39 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7win.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7win ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7win | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13267.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.68 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% w/v PEG 400, 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, and 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 13884 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rrim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 24.38 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 493 / CC1/2: 0.883 / CC star: 0.969 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7MWL 解像度: 1.95→34.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 4.718 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.95 Å2 / Biso mean: 32.095 Å2 / Biso min: 16.18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→34.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.953→2.004 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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