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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wid | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Staphylococcus aureus ClpP in complex with ZG180 | ||||||||||||
要素 | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / protease | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wei, B.Y. / Gan, J.H. / Yang, C.-G. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Anti-infective therapy using species-specific activators of Staphylococcus aureus ClpP. 著者: Wei, B. / Zhang, T. / Wang, P. / Pan, Y. / Li, J. / Chen, W. / Zhang, M. / Ji, Q. / Wu, W. / Lan, L. / Gan, J. / Yang, C.G. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wid.cif.gz | 533.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wid.ent.gz | 439.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wid_validation.pdf.gz | 4.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wid_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wid_validation.xml.gz | 112.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wid_validation.cif.gz | 149.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21536.531 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ClpP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1I3W4, endopeptidase Clp #2: 化合物 | ChemComp-9DF / ( #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.05 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30% (v/v) 2-Methyl-2,4-Pentanediol, 100mM Sodium acetate/HCl pH 8.0, 20mM Calcium chloride PH範囲: 7.0-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 266629 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 1787498 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3STA 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.651 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.69 Å2 / Biso mean: 20.849 Å2 / Biso min: 8.78 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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