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万見
- PDB-7wh1: structure of C elegans BCMO-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wh1
タイトルstructure of C elegans BCMO-2
要素Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / nonheme iron / dioxygenase / Caenorhabditis elegans / retinoid / beta-carotene
機能・相同性
機能・相同性情報


The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Retinoid metabolism and transport / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / retinal metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IMIDAZOLE / Beta,beta-carotene 9',10'-oxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pan, W. / Liu, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural and Functional Analysis of Nonheme Iron Enzymes BCMO-1 and BCMO-2 from Caenorhabditis elegans .
著者: Pan, W. / Zhou, Y.L. / Wang, J. / Dai, H.E. / Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2021年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,73611
ポリマ－62,8461
非ポリマー88910
水10,124562
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.756, 148.756, 136.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-Carotene 15,15'-MonoOxygenase


分子量: 62846.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: bcmo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9TXT9

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非ポリマー , 5種, 572分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 / 詳細: ammonium acetate, ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 58459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.4 % / Biso Wilson estimate: 19.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 41.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4402 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.409 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RSE

4rse


解像度: 1.9→39.488 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1864 2944 5.04 %
Rwork0.1584 55509 -
obs0.1598 58453 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.53 Å2 / Biso mean: 27.0159 Å2 / Biso min: 9.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→39.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4004 0 47 562 4613
Biso mean--48.09 39.9 -
残基数----499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8435653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058591
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005729
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7111534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-1.93110.26371090.2529148757
1.9311-1.96440.26371090.2287241589
1.9644-2.00010.26361410.2121262898
2.0001-2.03860.22451530.1958266699
2.0386-2.08020.20441540.17282665100
2.0802-2.12540.20541520.17242695100
2.1254-2.17480.1881400.16072654100
2.1748-2.22920.19371480.16532703100
2.2292-2.28950.18781460.15872702100
2.2895-2.35690.18341540.16032680100
2.3569-2.43290.20911380.15652683100
2.4329-2.51990.2031450.16662714100
2.5199-2.62070.22061430.16472704100
2.6207-2.740.19161280.16312714100
2.74-2.88440.22361430.1672713100
2.8844-3.06510.20111310.1632745100
3.0651-3.30160.1841420.15652733100
3.3016-3.63360.16941430.14342736100
3.6336-4.15890.14491270.12892770100
4.1589-5.23790.12731480.11762794100
5.2379-39.480.18631500.1782908100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 83.5346 Å / Origin y: 52.2698 Å / Origin z: 39.9636 Å
111213212223313233
T0.0829 Å20.026 Å2-0.0061 Å2-0.1607 Å20.0568 Å2--0.1345 Å2
L0.5205 °20.1644 °2-0.1799 °2-1.5485 °2-0.0501 °2--1.1522 °2
S-0.0022 Å °-0.0834 Å °-0.0989 Å °0.0155 Å °0.0311 Å °-0.1156 Å °0.0755 Å °0.0593 Å °-0.0283 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 709
2X-RAY DIFFRACTION1allA710
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 568

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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