ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX1.12_2829精密化 HKL-2000データスケーリング PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 HKL-3000データ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 4RSE解像度 : 1.9→39.488 Å / SU ML : 0.17 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.34 / 位相誤差 : 17.28 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.1864 2944 5.04 % Rwork 0.1584 55509 - obs 0.1598 58453 97.36 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso max : 111.53 Å2 / Biso mean : 27.0159 Å2 / Biso min : 9.13 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.9→39.488 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4004 0 47 562 4613 Biso mean - - 48.09 39.9 - 残基数 - - - - 499
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.007 4177 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.843 5653 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.058 591 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.005 729 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d16.711 1534
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error : 0
大きな表を表示 (6 x 21) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork % reflection obs (%)1.9-1.9311 0.2637 109 0.2529 1487 57 1.9311-1.9644 0.2637 109 0.2287 2415 89 1.9644-2.0001 0.2636 141 0.2121 2628 98 2.0001-2.0386 0.2245 153 0.1958 2666 99 2.0386-2.0802 0.2044 154 0.1728 2665 100 2.0802-2.1254 0.2054 152 0.1724 2695 100 2.1254-2.1748 0.188 140 0.1607 2654 100 2.1748-2.2292 0.1937 148 0.1653 2703 100 2.2292-2.2895 0.1878 146 0.1587 2702 100 2.2895-2.3569 0.1834 154 0.1603 2680 100 2.3569-2.4329 0.2091 138 0.1565 2683 100 2.4329-2.5199 0.203 145 0.1666 2714 100 2.5199-2.6207 0.2206 143 0.1647 2704 100 2.6207-2.74 0.1916 128 0.1631 2714 100 2.74-2.8844 0.2236 143 0.167 2713 100 2.8844-3.0651 0.2011 131 0.163 2745 100 3.0651-3.3016 0.184 142 0.1565 2733 100 3.3016-3.6336 0.1694 143 0.1434 2736 100 3.6336-4.1589 0.1449 127 0.1289 2770 100 4.1589-5.2379 0.1273 148 0.1176 2794 100 5.2379-39.48 0.1863 150 0.178 2908 100
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 83.5346 Å / Origin y : 52.2698 Å / Origin z : 39.9636 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T 0.0829 Å2 0.026 Å2 -0.0061 Å2 - 0.1607 Å2 0.0568 Å2 - - 0.1345 Å2 L 0.5205 °2 0.1644 °2 -0.1799 °2 - 1.5485 °2 -0.0501 °2 - - 1.1522 °2 S -0.0022 Å ° -0.0834 Å ° -0.0989 Å ° 0.0155 Å ° 0.0311 Å ° -0.1156 Å ° 0.0755 Å ° 0.0593 Å ° -0.0283 Å °
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 allA1 - 709 2 X-RAY DIFFRACTION 1 allA710 3 X-RAY DIFFRACTION 1 allS1 - 568