PDB-7wdq: DsyB in complex with SAM

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7wdq

タイトル

DsyB in complex with SAM

要素

SAM-dependent MTHB methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Complex / SAM-dependent methyltransferase

機能・相同性

S-ADENOSYLMETHIONINE

機能・相同性情報

生物種

Nisaea denitrificans DSM 18348 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Li, C.Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mlife / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into the key marine dimethylsulfoniopropionate synthesis enzyme DsyB/DSYB.
著者: Li, C.Y. / Crack, J.C. / Newton-Payne, S. / Murphy, A.R.J. / Chen, X.L. / Pinchbeck, B.J. / Zhou, S. / Williams, B.T. / Peng, M. / Zhang, X.H. / Chen, Y.

履歴

登録	2021年12月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7wdq.cif.gz	260.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7wdq.ent.gz	208.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7wdq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7wdq_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7wdq_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7wdq_validation.xml.gz	51.8 KB	表示
CIF形式データ	7wdq_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/7wdq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7wdwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SAM-dependent MTHB methyltransferase

B: SAM-dependent MTHB methyltransferase

C: SAM-dependent MTHB methyltransferase

D: SAM-dependent MTHB methyltransferase

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SAM-dependent MTHB methyltransferase

C: SAM-dependent MTHB methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
73.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SAM-dependent MTHB methyltransferase

D: SAM-dependent MTHB methyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.490, 115.931, 153.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SAM-dependent MTHB methyltransferase 分子量: 36185.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nisaea denitrificans DSM 18348 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Hepes (pH 7.5) and 25% (wt/vol) polyethylene glycol (PEG) 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 56091 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 3.243 / Net I/σ(I): 15.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.4-2.49	7	0.495	5536	0.919	0.201	0.535	2.565	100
2.49-2.59	7	0.405	5528	0.944	0.165	0.438	2.696	99.9
2.59-2.7	7	0.318	5558	0.963	0.128	0.343	2.659	100
2.7-2.85	7	0.243	5525	0.977	0.098	0.262	2.812	100
2.85-3.02	7	0.178	5580	0.987	0.072	0.192	3.074	100
3.02-3.26	6.8	0.132	5589	0.992	0.054	0.143	3.468	100
3.26-3.58	6.6	0.096	5584	0.994	0.04	0.104	3.887	100
3.58-4.1	6.4	0.073	5619	0.996	0.031	0.079	4.207	99.9
4.101-5.17	6.5	0.055	5680	0.998	0.023	0.06	3.873	99.9
5.171-50	6.8	0.046	5892	0.998	0.019	0.05	3.343	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→31.94 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	2726	5.08 %
R_work	0.1923	50894	-
obs	0.1955	53620	93.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.893 Å² / k_sol: 0.322 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.06 Å² / B_iso mean: 46.9 Å² / B_iso min: 19.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.468 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.6514 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.1194 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→31.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9982	0	81	247	10310
B_iso mean	-	-	45.25	39.86	-
残基数	-	-	-	-	1323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10284
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	13970
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1588
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.437	3736

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.3502-2.3929	0.3311	63	0.2513	1404	49
2.3929-2.4389	0.3234	147	0.2246	2511	90
2.4389-2.4887	0.2938	122	0.2112	2568	90
2.4887-2.5428	0.3195	132	0.2284	2533	90
2.5428-2.6019	0.3366	153	0.2495	2600	92
2.6019-2.6669	0.3595	152	0.2416	2627	93
2.6669-2.739	0.3157	123	0.2306	2682	93
2.739-2.8196	0.3165	155	0.2317	2658	94
2.8196-2.9105	0.2954	127	0.2304	2710	95
2.9105-3.0145	0.3508	137	0.2274	2718	95
3.0145-3.1351	0.2956	148	0.2207	2788	97
3.1351-3.2776	0.2727	136	0.2217	2803	98
3.2776-3.4502	0.2696	183	0.2134	2801	99
3.4502-3.6661	0.247	144	0.196	2877	99
3.6661-3.9487	0.2509	152	0.1877	2843	99
3.9487-4.3452	0.2116	169	0.1627	2881	100
4.3452-4.9719	0.1976	143	0.1455	2905	100
4.9719-6.2563	0.2338	171	0.1793	2933	100
6.2563-31.94	0.1873	169	0.1573	3052	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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