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- PDB-7wdw: DsyB in complex with SAH and MTHB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wdw
タイトルDsyB in complex with SAH and MTHB
要素DSYB
キーワードTRANSFERASE / Complex / SAM-dependent methyltransferase
機能・相同性4-methylsulfanyl-2-oxidanyl-butanoic acid / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
機能・相同性情報
生物種Nisaea denitrificans DSM 18348 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Li, C.Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Mlife / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into the key marine dimethylsulfoniopropionate synthesis enzyme DsyB/DSYB.
著者: Li, C.Y. / Crack, J.C. / Newton-Payne, S. / Murphy, A.R.J. / Chen, X.L. / Pinchbeck, B.J. / Zhou, S. / Williams, B.T. / Peng, M. / Zhang, X.H. / Chen, Y.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DSYB
B: DSYB
C: DSYB
D: DSYB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,68616
ポリマ－148,0594
非ポリマー2,62712
水5,152286
1
A: DSYB
D: DSYB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3438
ポリマ－74,0302
非ポリマー1,3136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7870 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
2
B: DSYB
C: DSYB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3438
ポリマ－74,0302
非ポリマー1,3136
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.103, 69.292, 104.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DSYB


分子量: 37014.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nisaea denitrificans DSM 18348 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-H9L / 4-methylsulfanyl-2-oxidanyl-butanoic acid / 2-ヒドロキシ-4-(メチルチオ)酪酸


分子量: 150.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Tris (pH 8.0) and 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 49532 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 32.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 2.542 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.457 / Num. unique obs: 5100 / Χ2: 3.175 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7DFD

7dfd
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.39→37.16 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 2325 5.06 %
Rwork0.187 43650 -
obs0.191 45975 92.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.44 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 97.55 Å2 / Biso mean: 43.02 Å2 / Biso min: 19.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.6395 Å20 Å24.5812 Å2
2--14.4327 Å20 Å2
3----1.7932 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.39→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10152 0 172 286 10610
Biso mean--42.94 39.68 -
残基数----1344
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3942-2.44310.35591150.23472226234181
2.4431-2.49620.3621340.23682290242484
2.4962-2.55420.38781330.24492382251586
2.5542-2.61810.32211340.24092382251688
2.6181-2.68880.3791400.24372426256688
2.6888-2.76790.34641190.22712493261289
2.7679-2.85720.33541350.20992475261090
2.8572-2.95930.26751250.20392538266391
2.9593-3.07780.30471390.2022575271493
3.0778-3.21780.29891250.21522655278095
3.2178-3.38730.28741370.19782690282796
3.3873-3.59940.29681450.19272676282197
3.5994-3.8770.23351550.17282717287298
3.877-4.26670.23931430.15152682282597
4.2667-4.88290.20071460.14032773291998
4.8829-6.14740.22811500.17942792294299
6.1474-37.1560.22341500.16812878302899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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