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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wc2 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of alphavirus, Getah virus | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / alphavirus / Getah virus / Togaviridae / structural genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Getah virus (ゲタウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, M. / Sun, Z.Z. / Wang, J.F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Implications for the pathogenicity and antigenicity of alpha viruses revealed by a 3.5 angstrom Cryo-EM structure of Getah virus 著者: Wang, M. / Sun, Z.Z. / Wang, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wc2.cif.gz | 594 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wc2.ent.gz | 497.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wc2_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wc2_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7wc2_validation.xml.gz | 93.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wc2_validation.cif.gz | 142.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/7wc2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32412MC 7vgaC 7wcoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47620.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: Q5Y388 #2: タンパク質 | 分子量: 46416.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Getah virus (ゲタウイルス) / 参照: UniProt: Q5Y388 #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Getah virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Getah virus (ゲタウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Getah virus |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 36066 / 詳細: region for particle picking |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30996 / 対称性のタイプ: POINT |