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- PDB-7wbp: Crystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Om... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wbp
タイトルCrystal structure of the receptor binding domain of SARS-CoV-2 Omicron variant spike glycoprotein in complex with its receptor human ACE2
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / membrane raft / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Qi, J. / Han, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Receptor binding and complex structures of human ACE2 to spike RBD from omicron and delta SARS-CoV-2.
著者: Pengcheng Han / Linjie Li / Sheng Liu / Qisheng Wang / Di Zhang / Zepeng Xu / Pu Han / Xiaomei Li / Qi Peng / Chao Su / Baihan Huang / Dedong Li / Rong Zhang / Mingxiong Tian / Lutang Fu / ...著者: Pengcheng Han / Linjie Li / Sheng Liu / Qisheng Wang / Di Zhang / Zepeng Xu / Pu Han / Xiaomei Li / Qi Peng / Chao Su / Baihan Huang / Dedong Li / Rong Zhang / Mingxiong Tian / Lutang Fu / Yuanzhu Gao / Xin Zhao / Kefang Liu / Jianxun Qi / George F Gao / Peiyi Wang /
要旨: The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic continues worldwide with many variants arising, some of which are variants of concern (VOCs). A recent VOC, omicron (B.1.1.529), which obtains a large ...The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic continues worldwide with many variants arising, some of which are variants of concern (VOCs). A recent VOC, omicron (B.1.1.529), which obtains a large number of mutations in the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein, has risen to intense scientific and public attention. Here, we studied the binding properties between the human receptor ACE2 (hACE2) and the VOC RBDs and resolved the crystal and cryoelectron microscopy structures of the omicron RBD-hACE2 complex as well as the crystal structure of the delta RBD-hACE2 complex. We found that, unlike alpha, beta, and gamma, omicron RBD binds to hACE2 at a similar affinity to that of the prototype RBD, which might be due to compensation of multiple mutations for both immune escape and transmissibility. The complex structures of omicron RBD-hACE2 and delta RBD-hACE2 reveal the structural basis of how RBD-specific mutations bind to hACE2.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0509
ポリマ－94,4542
非ポリマー1,5967
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area35310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.238, 104.238, 227.178
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / ACE-related carboxypeptidase / Angiotensin-converting enzyme homolog


分子量: 69038.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE2
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25415.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5,10%w/v PEG 5000 MME,12% v/v 1-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 25810 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 55.69 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.199 / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2509 / CC1/2: 0.692 / CC star: 0.904 / Rpim(I) all: 0.404 / Rrim(I) all: 1.142 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZG

6lzg


解像度: 3→46.62 Å / SU ML: 0.3003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.1871
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2037 2831 7.85 %
Rwork0.1809 33242 -
obs0.1827 25268 75.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6427 0 99 0 6526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036718
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61879134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0444975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5411919
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.060.2881770.2678892X-RAY DIFFRACTION40.73
3.06-3.110.2502910.25921073X-RAY DIFFRACTION49.16
3.11-3.170.3173990.25391135X-RAY DIFFRACTION51.35
3.17-3.240.2641990.25451169X-RAY DIFFRACTION53.37
3.24-3.310.28621040.25321191X-RAY DIFFRACTION54.76
3.31-3.380.29171060.23381262X-RAY DIFFRACTION56.41
3.38-3.470.24231090.2181254X-RAY DIFFRACTION57.63
3.47-3.560.23461060.2031327X-RAY DIFFRACTION60.77
3.56-3.670.23321170.2011421X-RAY DIFFRACTION64.16
3.67-3.780.2431330.19161518X-RAY DIFFRACTION69.14
3.78-3.920.16661440.17141644X-RAY DIFFRACTION74.97
3.92-4.080.17281620.15711868X-RAY DIFFRACTION85.55
4.08-4.260.20921800.15992116X-RAY DIFFRACTION96.88
4.26-4.490.14931980.15552206X-RAY DIFFRACTION99.92
4.49-4.770.17181900.14992215X-RAY DIFFRACTION100
4.77-5.130.17991850.15212166X-RAY DIFFRACTION100
5.14-5.650.20591870.17212203X-RAY DIFFRACTION100
5.65-6.470.20931830.19842215X-RAY DIFFRACTION100
6.47-8.140.20331800.17872197X-RAY DIFFRACTION100
8.14-46.620.19871810.17622170X-RAY DIFFRACTION98.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52728123435-0.261859541691-0.7073281554594.186922140.279491474241.882033608740.1378012723770.2607972282140.2001989933950.09424542513450.01275024537320.725544644418-0.212237577657-0.518652803851-0.1632986764930.3659659265010.08066961013980.0789406558620.5768490656580.04532282194150.432888555781-39.742533715525.9604139791-7.10864643464
20.536036363379-0.1708459675840.5052763424950.0279703797616-0.1606963060191.4846552511-0.1664514317140.05539203680710.2919875665780.201366834645-0.02256644993860.255112893657-0.404593739249-0.07307145649950.1670719009110.4791772132390.04752585690090.1106990552090.421657670558-0.06264034793050.562834928474-36.99148548933.3800742422-20.2603674605
32.0229007109-1.71795860364-0.6379666298662.520926848320.1238884416962.49796130647-0.009822329617950.21784844645-0.326468938848-0.190113972882-0.1233403969240.7173768840610.231167474323-0.5541219613180.1181504939720.267597260934-0.0455881492079-0.008770718508450.436595527916-0.05636616763920.402600971324-38.656022137411.4873552429-39.4343003325
41.56906032377-0.281204909851-0.175308164511.684443525510.7126834264812.210585624-0.07838537386760.08894525721920.0352272863914-0.1384897200840.139428544519-0.0535790259418-0.0491721495450.207589656142-0.07156242578480.250018761184-0.05143992358710.01476575614840.319557175141-0.02333841618630.267386303527-18.141164805315.6459228335-35.4355974684
51.7072962697-0.396121809335-0.4928456233933.610106443630.3468314729192.150298680480.00947421835462-0.202383236004-0.2842651794550.18638259062-0.0834039079480.4615325035820.446551928756-0.0942770095897-0.003167210635880.3557664075860.008261475843690.04357727760790.4196034003740.04333482327630.372817818471-25.20638936913.7372905776-9.1214612233
61.19686664650.8360997570170.1402566514112.4935360517-0.4531339500122.264212440610.0589176273602-0.170371908364-0.214927136357-0.1676943150170.0263770572711-0.2373578320250.3144479577610.240746613103-0.06240430656950.309065878220.005591327300070.001476122299840.454704240042-0.03823948551010.341086789589-14.99765168659.1279788995-14.8360093535
71.45208161035-0.1779599546160.3209633569961.08750530049-0.03633654772032.50025837998-0.02562589839490.003111337837280.0420043174437-0.04995670875980.0407712048546-0.1195472830590.004910932631910.256433547551-0.02102906082240.222589815774-0.03002468467320.02786942331250.302702555738-0.03483890976140.279171546531-16.798170948216.6967494762-31.6191281956
83.50503293252-0.314465265580.09633842317332.106171465430.05830961104322.88953266301-0.197557966685-0.905201206165-0.4582201768580.5005983496350.29567237848-0.4169866636620.3028334341550.687401164242-0.1022925607630.5087231510170.1371770463420.07015316830910.7924409475650.005496690707280.533471199228-29.333343238921.534428990326.9283712514
91.70679445003-0.341248388734-0.4193958306942.157478526540.0261608839342.641181133460.0256997637328-0.1992811022290.2224893265810.1333568508370.0683082835773-0.109354024706-0.3503279683020.132391351845-0.1098666563040.3268001200120.005595123280620.1117911985740.476344015353-0.03936391427920.388074509103-34.277210568929.4209471616.2246050325
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 19 through 82 )AA19 - 821 - 64
22chain 'A' and (resid 83 through 129 )AA83 - 12965 - 111
33chain 'A' and (resid 130 through 193 )AA130 - 193112 - 175
44chain 'A' and (resid 194 through 293 )AA194 - 293176 - 275
55chain 'A' and (resid 294 through 384 )AA294 - 384276 - 366
66chain 'A' and (resid 385 through 431 )AA385 - 431367 - 413
77chain 'A' and (resid 432 through 614 )AA432 - 614414 - 596
88chain 'B' and (resid 333 through 421 )BI333 - 4211 - 89
99chain 'B' and (resid 422 through 527 )BI422 - 52790 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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