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万見
- PDB-7w7c: Heme exporter in the unliganded form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w7c
タイトルHeme exporter in the unliganded form
要素
  • Putative ABC transport system integral membrane protein
  • Putative ABC transport system, ATP-binding protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Heme efflux / Heme detoxification / heme extraction / ABC transporter / 4-helix TMD
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease family / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transport system integral membrane protein / ABC transport system, ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rahman, M.M. / Hisano, T. / Nakamura, H. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16K07309 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26220807 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H00926 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05761 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette-type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria.
著者: Nakamura, H. / Hisano, T. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.
履歴
登録2021年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8143
ポリマ－60,7182
非ポリマー961
水21612
1
A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子

A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein
B: Putative ABC transport system integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,6276
ポリマ－121,4354
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area7700 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area32080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.752, 100.550, 191.993
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Putative ABC transport system, ATP-binding protein


分子量: 24851.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2323 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF2
#2: タンパク質 Putative ABC transport system integral membrane protein


分子量: 35866.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2324 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF1
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 21% PEG 2000, 0.1 M NaCl, 0.2 M NH4 sulfate, 3 mM CHAPS, 5 mM CuCl2, 0.1 M Na citrate pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1.35 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.35 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 31536 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 44.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 345399
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.75.70.21510430.9880.0920.2361.21362.1
2.7-2.746.60.1911010.9820.0710.2040.90765.5
2.74-2.87.40.16711450.9870.0590.1780.85368.3
2.8-2.858.10.14912780.9950.050.1570.8874.7
2.85-2.928.70.17513990.9920.0560.1850.85483.9
2.92-2.989.10.16715300.9910.0530.1760.83189.1
2.98-3.069.50.14815580.9940.0470.1560.83193.5
3.06-3.1410.20.13316630.9970.0420.1390.82496.9
3.14-3.2310.90.12516670.9970.0380.1310.84499
3.23-3.3411.60.10917140.9980.0330.1140.86699.7
3.34-3.4612.30.10816900.9980.0320.1130.986100
3.46-3.612.80.09117010.9980.0260.0950.878100
3.6-3.76130.07117190.9980.0210.0740.981100
3.76-3.9612.90.06917030.9990.020.0721.034100
3.96-4.2112.60.0517260.9990.0140.0520.903100
4.21-4.5311.60.0417230.9990.0120.0420.86100
4.53-4.9911.80.03717490.9990.0110.0390.824100
4.99-5.7111.90.03617430.9990.0110.0380.752100
5.71-7.1913.60.03417850.9990.010.0360.758100
7.19-5012.20.02318990.9970.0070.0240.736100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LLI

6lli
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→49.621 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1275 4.79 %
Rwork0.2185 25343 -
obs0.2199 26618 90.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 195.21 Å2 / Biso mean: 67.2909 Å2 / Biso min: 14.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→49.621 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2808 0 5 12 2825
Biso mean--28.64 35.32 -
残基数----381
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8-2.91210.1989950.1952192063
2.9121-3.04460.1955930.1839225673
3.0446-3.20510.23621020.1928258084
3.2051-3.40590.24151330.2112292195
3.4059-3.66880.20551430.19743089100
3.6688-4.03780.19011780.19063080100
4.0378-4.62170.22131730.19693080100
4.6217-5.82140.28061770.23233131100
5.8214-49.620.31431810.27423286100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5172-0.1944-0.41752.049-0.03930.92670.1-0.12590.2684-0.0675-0.1893-0.36050.03990.07310.04540.1329-0.01290.0470.15330.05860.34518.48313.72791.191
20.64970.04750.67680.2190.46042.9038-0.10350.76410.1483-0.63690.13520.1869-0.1828-0.134-0.17941.54890.03950.25861.16530.11230.399114.3754.42351.573
30.2980.05970.4540.01180.06990.984-0.13560.70820.0108-1.0386-0.0289-0.1140.1944-0.0249-0.38881.1612-0.01940.09540.82710.23430.21538.5029.12653.82
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:222 )A1 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:37 )B1 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 221:342 )B221 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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