+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w7c | |||||||||||||||
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Title | Heme exporter in the unliganded form | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Heme efflux / Heme detoxification / heme extraction / ABC transporter / 4-helix TMD | |||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||||||||
Biological species | Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | |||||||||||||||
Authors | Rahman, M.M. / Hisano, T. / Nakamura, H. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y. | |||||||||||||||
Funding support | Japan, 4items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2022 Title: Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette-type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria. Authors: Nakamura, H. / Hisano, T. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7w7c.cif.gz | 160.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7w7c.ent.gz | 123.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7w7c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7c | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7w78C 7w79C 7w7aC 7w7bC 7w7dC 6lli S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 24851.355 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (bacteria) Strain: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / Gene: DIP2323 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Star / References: UniProt: Q6NEF2 |
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#2: Protein | Mass: 35866.180 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (bacteria) Strain: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / Gene: DIP2324 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Star / References: UniProt: Q6NEF1 |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.75 Å3/Da / Density % sol: 74.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 21% PEG 2000, 0.1 M NaCl, 0.2 M NH4 sulfate, 3 mM CHAPS, 5 mM CuCl2, 0.1 M Na citrate pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL26B1 / Wavelength: 1.35 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Jul 28, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.35 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 31536 / % possible obs: 91.8 % / Redundancy: 11 % / Biso Wilson estimate: 44.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.868 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 345399 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6LLI 6lli Resolution: 2.8→49.621 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 195.21 Å2 / Biso mean: 67.2909 Å2 / Biso min: 14.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→49.621 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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