PDB-7w7a: Heme exporter in complex with Mn-containing protoporphyrin IX, Mn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7w7a

タイトル

Heme exporter in complex with Mn-containing protoporphyrin IX, Mn-anomalous data

要素

(Putative ABC transport ...) x 2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Heme efflux / Heme detoxification / Heme extraction / ABC transporter / 4-Helix TMD

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.204 Å

データ登録者

Hisano, T. / Nakamura, H. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	26220807	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	16K07309	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H00926	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H05761	日本

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Structural basis for heme detoxification by an ATP-binding cassette-type efflux pump in gram-positive pathogenic bacteria.
著者: Nakamura, H. / Hisano, T. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Shirouzu, M. / Shiro, Y.

履歴

登録	2021年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb7w7a.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7w7a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7w7a_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7w7a_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7w7a_validation.xml.gz	111.7 KB	表示
CIF形式データ	7w7a_validation.cif.gz	151.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/7w7a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7w78C 7w79C 7w7bC 7w7cC 7w7dC 6lli PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

B: Putative ABC transport system integral membrane protein

C: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

D: Putative ABC transport system integral membrane protein

E: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

F: Putative ABC transport system integral membrane protein

G: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

H: Putative ABC transport system integral membrane protein

I: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

J: Putative ABC transport system integral membrane protein

K: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

L: Putative ABC transport system integral membrane protein

ヘテロ分子

366 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

B: Putative ABC transport system integral membrane protein

C: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

D: Putative ABC transport system integral membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
123 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

F: Putative ABC transport system integral membrane protein

G: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

H: Putative ABC transport system integral membrane protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

J: Putative ABC transport system integral membrane protein

K: Putative ABC transport system, ATP-binding protein

L: Putative ABC transport system integral membrane protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
121 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.488, 133.672, 159.838
Angle α, β, γ (deg.)	111.810, 99.830, 94.430
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 5 through 217)
2	1	(chain C and resid 5 through 217)
3	1	chain E
4	1	(chain G and resid 5 through 217)
5	1	(chain I and resid 5 through 217)
6	1	(chain K and resid 5 through 217)
1	2	(chain B and resid 1 through 341)
2	2	(chain D and resid 1 through 341)
3	2	(chain F and resid 1 through 341)
4	2	(chain H and resid 1 through 341)
5	2	(chain J and resid 1 through 341)
6	2	(chain L and resid 1 through 341)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	ALA	ALA	(chain A and resid 5 through 217)	A	A	5 - 217	5 - 217
2	1	PRO	PRO	ALA	ALA	(chain C and resid 5 through 217)	C	C	5 - 217	5 - 217
3	1	PRO	PRO	ALA	ALA	chain E	E	E	5 - 217	5 - 217
4	1	PRO	PRO	ALA	ALA	(chain G and resid 5 through 217)	G	G	5 - 217	5 - 217
5	1	PRO	PRO	ALA	ALA	(chain I and resid 5 through 217)	I	I	5 - 217	5 - 217
6	1	PRO	PRO	ALA	ALA	(chain K and resid 5 through 217)	K	K	5 - 217	5 - 217
1	2	MET	MET	GLY	GLY	(chain B and resid 1 through 341)	B	B	1 - 341	1 - 341
2	2	MET	MET	GLY	GLY	(chain D and resid 1 through 341)	D	D	1 - 341	1 - 341
3	2	MET	MET	GLY	GLY	(chain F and resid 1 through 341)	F	F	1 - 341	1 - 341
4	2	MET	MET	GLY	GLY	(chain H and resid 1 through 341)	H	H	1 - 341	1 - 341
5	2	MET	MET	GLY	GLY	(chain J and resid 1 through 341)	J	J	1 - 341	1 - 341
6	2	MET	MET	GLY	GLY	(chain L and resid 1 through 341)	L	L	1 - 341	1 - 341

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
Putative ABC transport ... , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質	Putative ABC transport system, ATP-binding protein 分子量: 24851.355 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌) 株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2323 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF2
#2: タンパク質	Putative ABC transport system integral membrane protein 分子量: 35866.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌) 株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2324 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF1

#1: タンパク質

Putative ABC transport system, ATP-binding protein

分子量: 24851.355 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2323 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF2

#2: タンパク質

Putative ABC transport system integral membrane protein

分子量: 35866.180 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
株: ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis / 遺伝子: DIP2324 / プラスミド: pRSET-C / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: Q6NEF1

-
非ポリマー , 5種, 6分子

#3: 化合物	ChemComp-AGA / (1S)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PENTANOYLOXY)METHYL]ETHYL OCTANOATE / PHOSPHATIDYL GLYCEROL 分子量: 455.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₆O₁₀P
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-MNR / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING MN 分子量: 615.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂MnN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 22% PEG 3000, 0.2 M Mg acetate, 0.2 M KCl, 0.1 M HEPES pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.89 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.89 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→48.82 Å / Num. obs: 196361 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.963 % / B_iso Wilson estimate: 98.88 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_rim(I) all: 0.149 / Χ²: 1.169 / Net I/σ(I): 7.75 / Num. measured all: 778250

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3.2-3.4	3.973	1.64	0.98	120642	32704	30368	0.54	1.896	92.9
3.4-3.63	3.983	0.855	1.88	118029	30872	29636	0.875	0.988	96
3.63-3.92	3.981	0.454	3.49	110323	28694	27710	0.95	0.525	96.6
3.92-4.29	3.982	0.252	5.83	101796	26328	25565	0.97	0.291	97.1
4.29-4.79	3.966	0.143	9.43	92641	23970	23359	0.987	0.166	97.5
4.79-5.52	3.962	0.125	10.29	81873	21094	20665	0.99	0.144	98
5.52-6.75	3.959	0.112	11.73	69537	17836	17563	0.99	0.129	98.5
6.75-9.45	3.895	0.053	21.52	53329	13852	13690	0.997	0.061	98.8
9.45-48.82	3.854	0.032	32.88	30080	7940	7805	0.999	0.037	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LLI

6lli
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.204→48.82 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3029	6131	3.13 %
R_work	0.264	189985	-
obs	0.2652	196116	96.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 485.43 Å² / B_iso mean: 131.611 Å² / B_iso min: 67.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.204→48.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24970	0	132	0	25102
B_iso mean	-	-	275.56	-	-
残基数	-	-	-	-	3370

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6044	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
1	2	C	6044	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
1	3	E	6044	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
1	4	G	6044	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
1	5	I	6044	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
1	6	K	6044	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
2	1	B	9220	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
2	2	D	9220	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
2	3	F	9220	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
2	4	H	9220	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
2	5	J	9220	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL
2	6	L	9220	X-RAY DIFFRACTION	11.627	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.204-3.2399	0.4831	178	0.4555	5293	81
3.2399-3.2781	0.4294	186	0.4543	6253	95
3.2781-3.318	0.4665	200	0.4406	6267	95
3.318-3.36	0.4277	233	0.423	6273	96
3.36-3.4042	0.3967	234	0.4054	6241	96
3.4042-3.4508	0.3983	201	0.3989	6295	96
3.4508-3.5001	0.376	148	0.3802	6254	96
3.5001-3.5524	0.354	226	0.3604	6351	96
3.5524-3.6078	0.4033	206	0.347	6329	96
3.6078-3.667	0.3723	190	0.3185	6217	97
3.667-3.7302	0.336	212	0.3208	6395	97
3.7302-3.798	0.3709	218	0.3016	6296	97
3.798-3.871	0.3546	186	0.3017	6331	97
3.871-3.95	0.3287	197	0.296	6383	97
3.95-4.0358	0.3085	206	0.2896	6294	97
4.0358-4.1297	0.293	208	0.2814	6406	97
4.1297-4.2329	0.3246	198	0.2583	6306	97
4.2329-4.3473	0.3039	256	0.242	6476	98
4.3473-4.4751	0.2443	178	0.2392	6345	98
4.4751-4.6195	0.2847	200	0.2284	6443	98
4.6195-4.7844	0.3022	226	0.2295	6426	98
4.7844-4.9758	0.269	204	0.2322	6365	98
4.9758-5.202	0.2923	200	0.2339	6472	98
5.202-5.4759	0.315	220	0.2551	6404	98
5.4759-5.8185	0.2988	196	0.2476	6502	98
5.8185-6.2669	0.271	195	0.2454	6410	99
6.2669-6.896	0.2251	211	0.2351	6527	99
6.896-7.8903	0.2392	202	0.2212	6439	99
7.8903-9.9271	0.1828	213	0.1614	6519	99
9.9271-48.82	0.3284	203	0.2563	6473	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8147	-0.4885	-0.5783	2.173	1.7924	3.5559	-0.2006	0.4399	0.2752	0.303	0.1889	-0.3908	0.182	1.0112	-0.1401	0.4973	-0.4087	-0.0564	1.07	-0.0306	1.0592	93.96	-17.84	74.291
2	3.0327	-0.0592	0.0729	3.6457	0.7386	3.5258	-0.2467	-0.0259	0.0629	0.274	-0.251	-0.8131	0.643	1.3378	0.8591	0.6022	0.0159	0.0534	0.8001	0.0608	0.4981	69.841	-13.774	38.534
3	5.561	2.2882	-0.7916	6.6165	-2.152	3.6316	-0.0898	0.2332	0.0474	-0.3545	0.1372	0.5518	-0.2666	-0.7585	-0.1392	1.2983	0.3578	-0.1592	1.46	0.0827	0.8019	53.398	5.569	2.055
4	1.4674	-1.1922	0.9666	3.0544	-0.1568	2.2403	0.109	0.5241	0.3236	-0.7143	-0.2779	0.0797	-0.9325	-0.2931	0.2435	0.8501	0.014	0.2473	1.2061	0.1983	0.8428	69.571	-3.25	38.32
5	4.4393	-2.3173	0.2636	6.2772	-0.3714	4.1259	-0.1192	0.117	-0.1137	0.0586	0.3497	0.2528	0.1567	-0.1274	-0.2481	0.5221	-0.0517	0.032	0.5325	0.0968	0.6102	65.712	-26.251	86.132
6	1.2189	0.6846	-0.7017	1.9682	-0.2857	0.4022	0.0801	0.0681	0.5055	-0.2444	-1.1056	0.0657	-1.4046	-0.1308	0.7003	2.1664	0.8456	-0.0891	2.6897	0.3609	0.9631	52.285	-7.175	49.459
7	5.3476	-0.9159	-0.6792	1.7075	-0.719	3.6333	0.625	-0.5359	-0.79	-0.6032	0.5294	1.6339	0.474	-2.8739	-0.9099	1.5193	-0.1245	-0.4826	2.6056	0.5013	1.2598	30.731	-1.562	10.73
8	0.182	0.5722	0.2377	1.4648	0.235	2.959	0.0699	0.0207	-0.1451	-1.0518	0.466	0.5014	-0.1123	-1.4219	-0.3888	1.0941	-0.2832	-0.165	1.2467	0.2509	1.0487	50.006	-15.902	44.124
9	6.693	-2.4044	2.7266	5.4459	1.7575	5.197	-0.1447	0.3901	-0.1272	0.1654	0.3964	-0.7528	0.4302	1.3917	-0.2802	1.0434	-0.0497	0.2675	0.9163	-0.0965	1.0131	97.861	-4.546	125.813
10	2.0037	1.033	0.1101	1.8864	-0.5993	3.1489	0.048	1.0758	-0.4193	-0.6531	-0.973	-1.0694	0.4045	0.207	0.9094	1.3582	0.5522	0.1287	1.2922	-0.0712	0.8258	69.418	6.043	156.695
11	5.7023	-0.667	-3.5441	4.1711	0.9171	6.9327	-0.5213	-0.9992	-0.0391	0.4184	0.211	0.4781	0.0574	-0.5741	0.3853	1.1475	0.2588	0.1137	1.4202	-0.1881	0.7761	56.203	20.872	196.535
12	0.418	-0.5632	-0.0513	2.1991	0.3007	6.4384	-0.0572	-0.5562	0.4716	0.6406	0.3832	-0.271	-0.7789	-0.6047	-0.2518	1.1561	0.1198	-0.1373	1.2436	-0.3821	0.9654	76.394	5.16	164.543
13	5.8425	-1.0573	-1.279	4.2383	0.7088	8.4356	-0.0438	-0.6805	0.1226	0.104	-0.0044	0.0087	0.4438	0.5504	0.1214	0.65	0.0643	-0.0124	0.7415	-0.1937	0.7098	78.124	-31.311	124.552
14	2.665	2.1335	0.9117	1.888	1.5497	4.4895	-0.6904	-0.2718	-0.0077	2.4561	1.1119	2.0172	0.0717	-0.5443	0.0105	2.0041	0.4135	0.6414	1.5348	0.181	1.1503	68.466	-14.219	164.193
15	0.9762	-1.3211	0.4872	3.9704	1.4583	2.3147	-0.3051	0.0045	-0.4702	0.7256	-0.4508	0.5357	1.4967	-0.6341	0.7224	2.2863	0.1046	0.8339	2.0788	-0.3214	1.5592	43.763	-1.041	198.633
16	3.2341	-2.0854	-2.4797	3.7636	1.2345	1.8933	-0.3393	-0.0589	0.1041	0.5232	0.4694	0.0523	0.4522	-0.6238	-0.2729	1.268	0.059	0.1838	1.5694	-0.1641	0.9876	58.777	-11.244	161.948
17	3.1163	-1.1492	-0.9723	4.1494	0.0415	4.3666	0.2104	0.2676	-0.376	-0.4139	-0.1047	0.2652	0.2653	-0.3611	-0.1536	0.6969	0.0592	-0.1059	0.6912	-0.1221	0.7884	18.484	-48.206	94.483
18	1.2304	0.1061	-0.4259	1.0752	0.8355	0.867	0.7385	0.4951	-0.7908	-0.9293	-0.5603	1.0232	0.8843	0.8025	0.0328	2.0674	1.106	0.2397	1.7309	0.1505	2.2356	45.117	-82.637	88.668
19	4.5542	-0.8914	-1.4143	5.184	1.9754	5.4156	0.418	-0.0576	1.3006	-0.5701	-0.0046	-0.3937	-0.5445	-0.3137	-0.4059	1.2068	0.3265	-0.0954	0.8327	-0.0543	1.6161	57.03	-124.419	92.688
20	3.1511	-0.9559	-1.1772	1.8691	-0.1772	0.6087	-0.7653	-0.6495	-1.1014	0.8831	0.6061	-0.1054	1.5037	0.8339	0.1183	1.8927	0.7576	-0.0937	1.1139	-0.1716	1.3191	38.563	-80.084	93.768
21	5.2686	-1.1038	-1.3797	5.2427	-1.2356	5.7566	0.6471	0.3041	0.393	-0.4279	-0.4986	-0.3225	-0.5267	-0.0054	-0.0925	0.5864	-0.0924	0.0037	0.5463	-0.0137	0.7497	41.826	-38.734	113.913
22	1.2887	-0.2076	-1.0556	1.5304	-0.5293	1.1599	1.017	0.7777	-0.6205	-0.9126	0.0216	-0.0302	1.4306	0.7214	-0.4917	2.05	0.4745	-0.5753	1.0226	-0.26	1.7889	50.965	-81.531	117.103
23	6.4914	-2.4645	0.0493	8.2123	2.3469	6.3896	0.4082	0.7458	0.1832	-0.8013	-0.595	0.8077	-0.1871	-0.0442	0.281	1.5056	0.3515	0.0344	0.9982	-0.0515	1.4683	76.428	-116.351	109.888
24	3.27	-2.1652	-0.1143	4.8173	3.0176	2.7569	0.0914	0.1197	-0.7118	0.4677	0.2889	0.0385	0.4227	-0.0919	-0.2342	1.1344	0.0525	-0.1793	0.5873	-0.0513	1.1237	53.061	-74.545	112.377
25	0.271	-0.0722	-0.341	0.0195	0.0877	0.4598	0.0671	0.3348	-0.0792	-0.2156	-0.0489	-0.0172	0.1243	-0.0951	0.0589	2.9173	-0.2409	1.2157	4.1037	-0.8277	2.1382	49.653	-3.794	21.121
26	1.0608	-0.0166	-0.1455	0.0232	0.036	0.0696	-0.0818	0.3023	0.0792	0.1232	-0.0218	-0.396	-0.109	0.3082	0.0962	3.9637	-1.5243	-2.2994	5.0116	1.5765	9.3377	56.519	5.028	182.34

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:218 )	A	3 - 218
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 1:42 )	B	1 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 43:189 )	B	43 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 190:341 )	B	190 - 341
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 3:219 )	C	3 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 1:42 )	D	1 - 42
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 43:189 )	D	43 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 190:342 )	D	190 - 342
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 5:217 )	E	5 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN F AND RESID 1:42 )	F	1 - 42
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN F AND RESID 43:189 )	F	43 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN F AND RESID 190:342 )	F	190 - 342
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN G AND RESID 3:225 )	G	3 - 225
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID 1:42 )	H	1 - 42
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 43:189 )	H	43 - 189
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 190:342 )	H	190 - 342
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN I AND RESID 3:223 )	I	3 - 223
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN J AND RESID 1:42 )	J	1 - 42
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN J AND RESID 43:219 )	J	43 - 219
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN J AND RESID 220:343 )	J	220 - 343
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN K AND RESID 4:221 )	K	4 - 221
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN L AND RESID 1:42 )	L	1 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN L AND RESID 43:219 )	L	43 - 219
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN L AND RESID 220:343 )	L	220 - 343
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 401:401 )	D	401
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN H AND RESID 401:401 )	H	401

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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