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万見
- PDB-7w6t: CryoEM structure of human KChIP1-Kv4.3-DPP6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w6t
タイトルCryoEM structure of human KChIP1-Kv4.3-DPP6 complex
要素
  • Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
  • Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
  • Kv channel-interacting protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Kv channel-interacting protein 1 Potassium voltage-gated channel Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Kv4.3-KChIP1 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels ...ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Kv4.3-KChIP1 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart contraction / regulation of heart rate by cardiac conduction / action potential / potassium channel activity / regulation of signal transduction / potassium channel regulator activity / muscle contraction / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / serine-type peptidase activity / GABA-ergic synapse / protein tetramerization / potassium ion transport / sarcolemma / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / chemical synaptic transmission / dendritic spine / transmembrane transporter binding / postsynaptic membrane / neuronal cell body / synapse / dendrite / calcium ion binding / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv4.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Recoverin family / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv4.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Recoverin family / Voltage-gated potassium channels. Chain C / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Voltage-gated potassium channel / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / EF-hand domain pair / Helix Hairpins - #70 / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Helix Hairpins / Alpha/Beta hydrolase fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
A-type potassium channel modulatory protein DPP6 / A-type potassium channel modulatory protein KCNIP1 / A-type voltage-gated potassium channel KCND3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Ma, D.M. / Guo, J.T.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021FZZX001-28 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)LD21H020001 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)LR19C050002 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)LY19H020007 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the gating modulation of Kv4.3 by auxiliary subunits.
著者: Demin Ma / Cheng Zhao / Xiaochen Wang / Xiaoxiao Li / Yi Zha / Yan Zhang / Guosheng Fu / Ping Liang / Jiangtao Guo / Dongwu Lai /
履歴
登録2021年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kv channel-interacting protein 1
B: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
E: Kv channel-interacting protein 1
F: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
G: Kv channel-interacting protein 1
H: Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
I: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6
J: Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)591,38110
ポリマ－591,38110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Kv channel-interacting protein 1 / KChIP1 / A-type potassium channel modulatory protein 1 / Potassium channel-interacting protein 1 / ...KChIP1 / A-type potassium channel modulatory protein 1 / Potassium channel-interacting protein 1 / Vesicle APC-binding protein


分子量: 26935.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNIP1, KCHIP1, VABP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZI2
#2: タンパク質
Isoform 2 of Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv4.3


分子量: 71472.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCND3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK17
#3: タンパク質 Dipeptidyl aminopeptidase-like protein 6


分子量: 98874.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dpp6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E9PWX1
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with auxiliary subunits KChIP1 and DPP6
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -1300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1100 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 2.8 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 263176 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00632618
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75644168
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.35819402
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0464868
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0055622

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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