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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w6n | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human KChIP1-Kv4.3 complex | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Kv channel-interacting protein 1 Potassium voltage-gated channel | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Kv4.3-KChIP1 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport ...ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / Kv4.3-KChIP1 channel complex / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart contraction / action potential / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / GABA-ergic synapse / muscle contraction / potassium ion transmembrane transport / protein tetramerization / potassium ion transport / protein homooligomerization / sarcolemma / cytoplasmic side of plasma membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / dendritic spine / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / synapse / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ma, D.M. / Guo, J.T. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the gating modulation of Kv4.3 by auxiliary subunits. 著者: Demin Ma / Cheng Zhao / Xiaochen Wang / Xiaoxiao Li / Yi Zha / Yan Zhang / Guosheng Fu / Ping Liang / Jiangtao Guo / Dongwu Lai / | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w6n.cif.gz | 448.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w6n.ent.gz | 357.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w6n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w6n_validation.pdf.gz | 940.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w6n_full_validation.pdf.gz | 994.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w6n_validation.xml.gz | 70.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w6n_validation.cif.gz | 107.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26935.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNIP1, KCHIP1, VABP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZI2 #2: タンパク質 | 分子量: 71472.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCND3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK17 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of voltage-gated potassium channel Kv4.3 with KChIP1 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81213 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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