[日本語] English
万見
- PDB-7w6l: The crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w6l
タイトルThe crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0 peptide
要素
  • Histone H3.3C
  • Histone-lysine N-methyltransferase 2C
  • Retinoblastoma-binding protein 5
  • Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
キーワードPROTEIN BINDING/TRANSFERASE / MLL family methyltransferases / product specificity / F/Y switch / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / nucleosomal DNA binding / acyltransferase activity ...[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / nucleosomal DNA binding / acyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / hemopoiesis / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / beta-catenin binding / PKMTs methylate histone lysines / response to estrogen / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / histone binding / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase 2C / KMT2C, ePHD1 / KMT2C, ePHD2 / : / : / : / DHHC domain profile. / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / : ...Histone-lysine N-methyltransferase 2C / KMT2C, ePHD1 / KMT2C, ePHD2 / : / : / : / DHHC domain profile. / HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / : / : / Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2-like, WH / ASH2, PHD zinc finger / Histone methyltransferase complex subunit ASH2 / Retinoblastoma-binding protein 5/Swd1 / FY-rich, N-terminal / F/Y-rich N-terminus / PHD-like zinc-binding domain / FYR domain FYRN motif profile. / "FY-rich" domain, N-terminal region / FY-rich, C-terminal / F/Y rich C-terminus / FYR domain FYRC motif profile. / "FY-rich" domain, C-terminal region / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / WD domain, G-beta repeat / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Retinoblastoma-binding protein 5 / Histone H3.3C / Histone-lysine N-methyltransferase 2C / Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Zhao, L. / Li, Y. / Chen, Y.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB37010303 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670748 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970576 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071195 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900934 中国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis for product specificities of MLL family methyltransferases.
著者: Li, Y. / Zhao, L. / Zhang, Y. / Wu, P. / Xu, Y. / Mencius, J. / Zheng, Y. / Wang, X. / Xu, W. / Huang, N. / Ye, X. / Lei, M. / Shi, P. / Tian, C. / Peng, C. / Li, G. / Liu, Z. / Quan, S. / Chen, Y.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
B: Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2
C: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
D: Retinoblastoma-binding protein 5
E: Histone-lysine N-methyltransferase 2C
F: Retinoblastoma-binding protein 5
M: Histone H3.3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,55211
ポリマ－85,6537
非ポリマー9004
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.369, 236.142, 44.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Set1/Ash2 histone methyltransferase complex subunit ASH2 / ASH2-like protein


分子量: 20597.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASH2L, ASH2L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBL3
#2: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase 2C / Lysine N-methyltransferase 2C / Homologous to ALR protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage ...Lysine N-methyltransferase 2C / Homologous to ALR protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 3


分子量: 18442.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KMT2A, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, MLL, MLL1, TRX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NEZ4, histone-lysine N-methyltransferase

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 DFM

#3: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-binding protein 5 / RBBP-5 / Retinoblastoma-binding protein RBQ-3


分子量: 3255.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP5, RBQ3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15291
#4: タンパク質・ペプチド Histone H3.3C / H3K4me0 peptide


分子量: 1063.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NXT2

-
非ポリマー , 3種, 229分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 3350, 0.1 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 40495 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 211044
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.295.30.77219970.8190.3730.8590.87100
2.29-2.335.30.59120180.8570.2860.6580.835100
2.33-2.385.30.49419470.8770.2390.550.84100
2.38-2.425.30.43220070.9310.2080.480.831100
2.42-2.485.30.3719970.9360.1790.4120.83100
2.48-2.535.30.30319810.9590.1460.3370.823100
2.53-2.65.30.26620090.9640.1280.2960.844100
2.6-2.675.30.23319670.9620.1130.260.895100
2.67-2.755.30.19820380.9710.0960.220.89100
2.75-2.835.30.15119840.9840.0730.1680.94799.9
2.83-2.945.30.12820250.9860.0620.1420.978100
2.94-3.055.30.09919780.990.0480.1110.945100
3.05-3.195.20.07420330.9950.0360.0830.815100
3.19-3.365.30.05820140.9960.0280.0650.784100
3.36-3.575.20.05120100.9970.0240.0560.838100
3.57-3.855.10.0520410.9960.0240.0551.05599.9
3.85-4.2350.04420570.9970.0220.0491.097100
4.23-4.855.10.03620760.9980.0180.040.905100
4.85-6.15.10.03320990.9980.0160.0370.68899.8
6.1-504.70.0322170.9980.0150.0340.59898.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F6K

5f6k


解像度: 2.26→44.45 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1841 4.74 %
Rwork0.1872 37025 -
obs0.1889 38866 95.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.03 Å2 / Biso mean: 41.942 Å2 / Biso min: 14.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.26→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5662 0 54 225 5941
Biso mean--45.26 37.97 -
残基数----706
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.26-2.320.26891100.24011948205867
2.32-2.390.30691120.23512392250482
2.39-2.470.26661580.23022707286592
2.47-2.550.2411390.21912917305699
2.55-2.660.27611540.224829163070100
2.66-2.780.25891620.216629863148100
2.78-2.920.23121350.205729253060100
2.92-3.110.24931460.205829653111100
3.11-3.350.24991580.202129623120100
3.35-3.680.21781430.180630253168100
3.68-4.220.1811530.161730043157100
4.22-5.310.18851310.142630563187100
5.31-44.450.19391400.18113222336299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1849-0.09040.52452.14710.50163.84950.4065-0.44540.74780.42650.14160.5386-0.5304-0.6552-0.23130.3099-0.00030.13180.3953-0.0390.284788.158754.56755.0715
21.29640.4149-0.93451.72710.02752.96-0.06080.00190.05820.1773-0.09370.5558-0.0977-0.73520.15140.21870.01210.04770.328-0.05250.22483.401650.7627-2.8457
30.7529-0.65170.6521.2771-0.22531.60680.0194-0.19850.12880.5276-0.10340.0221-0.02920.0410.01960.2797-0.03940.02620.2487-0.01070.138794.379945.42385.0835
40.9665-0.1041-0.24042.30020.09521.0246-0.01630.0056-0.0176-0.0529-0.0122-0.1260.0647-0.0094-0.01450.20690.01270.03160.2218-0.00190.12396.942242.934-7.4533
51.75470.5373-1.1352.20460.11581.60490.0781-0.4821-0.31460.5019-0.0898-0.22650.17970.12920.01390.2469-0.0214-0.04160.2480.01510.102697.839839.90694.7941
62.7952-0.3116-0.14813.1871-0.07591.70120.14610.8671-0.364-0.6907-0.0310.51660.2489-0.3836-0.02530.69780.0654-0.14810.3573-0.14110.51793.90446.8242-24.2711
72.0566-0.07560.67611.9423-0.08431.8802-0.07160.0976-0.2875-0.76950.11330.3516-0.0251-0.57620.07220.4958-0.0086-0.13130.2502-0.07280.415989.69797.0315-13.6066
82.96970.7509-1.14170.6296-0.39282.06560.07490.1297-0.4184-1.2502-0.1951-0.69950.3030.24890.79190.79980.27880.30140.2318-0.10020.4419102.67257.4868-21.6554
91.5171-0.08920.79821.7635-0.0831.40730.26580.1034-0.3228-0.5854-0.1739-0.29640.19730.0602-0.10070.36340.0850.10480.1937-0.00060.3581101.375810.3228-12.1475
102.8298-1.51090.09854.2432-0.14252.3586-0.0215-0.26910.05130.1523-0.1592-0.8986-0.07190.23830.09780.22850.01440.03330.23490.05420.4395106.153914.678-4.86
112.6039-0.3287-0.71080.4880.77621.4380.12630.4710.0361-0.4807-0.3411-1.08580.42330.35420.08590.46720.14920.31840.33160.09160.6121111.720118.4418-18.4353
120.3807-0.74440.28343.0889-0.14051.4429-0.10810.0285-0.3871-0.1991-0.2686-0.78450.14240.21030.17860.31520.03570.09750.29430.06480.5892110.689621.7059-10.8515
133.73380.01020.31710.38750.4691.01490.0876-0.2361-0.7293-0.4638-0.1586-0.81870.94530.30320.46520.49620.32820.30760.0976-0.08290.5343107.04928.3306-16.0512
141.4402-0.0646-0.03591.737-0.22491.90070.13660.1470.0412-1.0256-0.32610.01270.02370.08420.06990.40590.09380.0340.24090.00550.298896.65221.0305-17.1568
150.9140.1527-0.05810.57070.05581.4734-0.06680.2790.0863-0.3847-0.1508-0.29820.0195-0.0548-1.21141.07210.30020.60360.56840.06290.3304105.995321.0731-26.2508
162.4905-0.0137-1.28972.6263-0.43214.87260.0479-0.0355-0.12210.0232-0.26130.1653-0.40790.3975-0.11210.2109-0.01670.01420.2493-0.02160.354582.764723.89151.6542
174.1607-0.18050.43871.9834-0.2532.1770.2449-0.3140.5870.46640.07750.2096-0.23120.0666-0.14650.42380.00770.13040.4512-0.06320.418165.979727.811614.958
182.4329-0.23150.16892.53480.7191.93280.1689-0.29930.0029-0.0011-0.30630.31810.0055-0.2205-0.03050.1860.00240.04480.2734-0.040.388564.781417.15543.9454
192.68280.63530.9050.41720.20480.3101-0.4687-0.5174-0.06070.1492-0.11070.19580.4756-0.2930.20260.33690.00040.05810.3826-0.09950.543460.662615.40352.8249
203.39270.0118-0.28512.12170.43211.71770.13460.05410.20020.05740.01690.0181-0.1343-0.1322-0.08570.30080.01590.05560.26520.02960.378668.494424.02993.4354
213.054-0.4417-0.81291.8152-0.89831.94860.17220.0735-0.3516-0.34940.01070.7388-0.0301-1.2726-0.28570.4976-0.0033-0.07150.75840.05310.766352.345825.4598-0.6467
224.438-0.1393-0.49040.855-1.59253.1983-0.10590.0618-0.1975-0.0368-0.02650.2135-0.8226-0.597-0.33380.62640.16560.14950.64720.0480.48751.331733.66720.3097
236.5273.3501-0.90732.738-1.0730.53480.2232-0.6033-0.0960.1415-0.2198-0.578-0.21830.15270.13710.3590.0446-0.05610.3923-0.00060.443871.178810.12049.0611
243.95361.16730.1113.34820.24522.3446-0.0232-0.32130.33820.4323-0.32250.18960.0114-0.13970.23020.33140.0301-0.01980.2562-0.06710.598259.8914-2.86361.4298
252.6005-0.18571.33892.8107-0.54263.8097-0.2065-0.299-0.44980.0259-0.06510.45240.4891-0.1521-0.08290.2428-0.00410.18120.56880.02430.3466114.019843.7535-16.4927
262.7061-0.0142-0.67251.70940.870.60640.0152-0.5608-0.16430.76030.1895-0.07580.04270.17710.11820.34810.12920.09740.50710.12340.3031132.333138.8339-6.9163
271.57930.8225-0.27412.2627-0.6091.4242-0.39060.2014-0.4207-0.08110.57780.43010.0925-0.40740.0010.2653-0.01270.18780.39990.0640.4022120.982839.2957-15.5489
281.6650.23992.06750.12830.08022.82470.14750.01890.0319-0.05930.1444-0.1909-0.06390.36590.06850.3079-0.01480.04540.3592-0.03950.1734138.051160.1509-21.3004
293.64331.30530.953.09880.67964.2464-0.7315-0.15420.255-0.19690.0182-0.1645-0.53070.0710.24630.33360.0329-0.02140.2502-0.05460.282135.286752.683-19.1349
301.11090.13240.16752.5579-0.14530.295-0.2594-0.023-0.34920.06770.2240.1830.1190.14610.08560.30620.01320.10010.3384-0.01030.2631131.878747.1217-17.964
313.4847-2.77120.72524.5675-0.36660.7956-0.52460.3684-0.4318-0.46840.42320.3579-0.2019-0.74280.04730.560.0044-0.00320.51190.06170.3326120.343247.4629-25.6306
321.6220.43850.64620.39980.64051.5193-0.1895-0.2555-0.87030.13610.20060.08880.6378-0.25270.01830.44940.02120.18460.35620.09140.5272124.599135.1026-15.3169
330.0084-0.014-0.01690.09510.10230.0905-0.65790.3423-0.3755-0.06220.5418-0.3045-0.10640.61110.01180.4136-0.08910.17020.4842-0.06280.4724138.714440.3123-22.2103
343.12770.7794-0.66893.12460.31762.68480.0884-0.3347-0.08290.25380.0923-0.3068-0.23190.462-0.05870.54110.06830.12770.4770.03380.5945143.267833.2797-19.7582
355.3088-0.2791-4.36480.6865-1.31238.8875-0.1396-0.385-0.31690.8735-0.10610.80840.0033-0.6907-0.15320.5633-0.07270.07970.4936-0.03030.4895120.818255.8398-15.3137
365.96681.912-3.09925.0896-3.57753.309-0.1347-0.4714-0.24610.11720.54530.6355-0.2785-0.18280.05720.47680.05940.0490.35480.03310.2162128.290266.7806-23.3801
375.5291-1.2322-1.09554.5744-0.95191.35130.0308-0.5265-0.00120.6491-0.2127-0.04490.22620.61950.0540.35360.0329-0.09940.34910.02430.2503138.329671.9591-26.2499
381.6596-0.24561.87443.3451.56133.2242-0.30260.40910.0014-0.2097-0.31940.88650.37440.00920.05360.5871-0.03190.08880.765-0.04660.890559.79919.6476-2.9504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 286 through 295 )A286 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 296 through 313 )A296 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 314 through 335 )A314 - 335
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 336 through 390 )A336 - 390
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 391 through 503 )A391 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 285 through 294 )B285 - 294
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 295 through 313 )B295 - 313
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 314 through 324 )B314 - 324
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 325 through 362 )B325 - 362
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 363 through 390 )B363 - 390
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 391 through 451 )B391 - 451
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 452 through 461 )B452 - 461
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 462 through 475 )B462 - 475
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 476 through 493 )B476 - 493
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 494 through 503 )B494 - 503
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 4754 through 4767 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 4768 through 4787 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 4788 through 4820 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 4821 through 4830 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 4831 through 4882 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 4883 through 4902 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 4903 through 4911 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 336 through 345 )D336 - 345
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 346 through 354 )D346 - 354
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 4755 through 4771 )E0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 4772 through 4787 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 4788 through 4802 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 4803 through 4820 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 4821 through 4830 )E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 4831 through 4854 )E0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 4855 through 4866 )E0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 4867 through 4882 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 4883 through 4898 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 4899 through 4911 )E0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 339 through 343 )F339 - 343
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 344 through 348 )F344 - 348
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 349 through 355 )F349 - 355
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'M' and (resid 1 through 7 )M1 - 7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る