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Yorodumi- PDB-7w6l: The crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7w6l | ||||||||||||||||||
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| Title | The crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0 peptide | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING/TRANSFERASE / MLL family methyltransferases / product specificity / F/Y switch / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex | ||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology information[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / nucleosomal DNA binding / histone methyltransferase activity ...[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / nucleosomal DNA binding / histone methyltransferase activity / acyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / histone methyltransferase complex / hemopoiesis / MLL1 complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / euchromatin / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / beta-catenin binding / PKMTs methylate histone lysines / response to estrogen / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / histone binding / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.26 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Zhao, L. / Li, Y. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
| Funding support | China, 5items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2022Title: Structural basis for product specificities of MLL family methyltransferases. Authors: Li, Y. / Zhao, L. / Zhang, Y. / Wu, P. / Xu, Y. / Mencius, J. / Zheng, Y. / Wang, X. / Xu, W. / Huang, N. / Ye, X. / Lei, M. / Shi, P. / Tian, C. / Peng, C. / Li, G. / Liu, Z. / Quan, S. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7w6l.cif.gz | 310 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7w6l.ent.gz | 248.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7w6l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/7w6l | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7w67C ![]() 7w6aC ![]() 7w6iC ![]() 7w6jC ![]() 5f6kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
-
Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCE
| #1: Protein | Mass: 20597.355 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ASH2L, ASH2L1 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 18442.082 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: KMT2A, ALL1, CXXC7, HRX, HTRX, MLL, MLL1, TRX1 / Production host: ![]() References: UniProt: Q8NEZ4, histone-lysine N-methyltransferase |
|---|
-Protein/peptide , 2 types, 3 molecules DFM
| #3: Protein/peptide | Mass: 3255.321 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: RBBP5, RBQ3 / Production host: ![]() #4: Protein/peptide | | Mass: 1063.254 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6NXT2 |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 229 molecules 




| #5: Chemical | | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 3350, 0.1 M MgCl2 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.9785 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 40495 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 211044 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5F6K Resolution: 2.26→44.45 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 139.03 Å2 / Biso mean: 41.942 Å2 / Biso min: 14.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.26→44.45 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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