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- PDB-7w6l: The crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7w6l | ||||||||||||||||||
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Title | The crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0 peptide | ||||||||||||||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN BINDING/TRANSFERASE / MLL family methyltransferases / product specificity / F/Y switch / PROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-TRANSFERASE complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() [histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / acyltransferase activity / histone methyltransferase activity ...[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / histone H3K4 methyltransferase activity / histone methyltransferase complex / acyltransferase activity / histone methyltransferase activity / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / hemopoiesis / MLL1 complex / response to electrical stimulus / nucleosomal DNA binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / euchromatin / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / beta-catenin binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / response to estrogen / structural constituent of chromatin / nucleosome / Neddylation / histone binding / positive regulation of cell growth / methylation / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Zhao, L. / Li, Y. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural basis for product specificities of MLL family methyltransferases. Authors: Li, Y. / Zhao, L. / Zhang, Y. / Wu, P. / Xu, Y. / Mencius, J. / Zheng, Y. / Wang, X. / Xu, W. / Huang, N. / Ye, X. / Lei, M. / Shi, P. / Tian, C. / Peng, C. / Li, G. / Liu, Z. / Quan, S. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 29.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 41.3 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7w67C ![]() 7w6aC ![]() 7w6iC ![]() 7w6jC ![]() 5f6kS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCE
#1: Protein | Mass: 20597.355 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 18442.082 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8NEZ4, histone-lysine N-methyltransferase |
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-Protein/peptide , 2 types, 3 molecules DFM
#3: Protein/peptide | Mass: 3255.321 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein/peptide | | Mass: 1063.254 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Non-polymers , 3 types, 229 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 50.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 3350, 0.1 M MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 40495 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 0.866 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 211044 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5F6K Resolution: 2.26→44.45 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.03 Å2 / Biso mean: 41.942 Å2 / Biso min: 14.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.26→44.45 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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