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- PDB-7w5z: Cryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w5z
タイトルCryo-EM structure of Tetrahymena thermophila mitochondrial complex IV, composite dimer model
要素
  • (Cytochrome c oxidase small TIM subunit ...) x 5
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 18
  • (SURF1-like protein) x 2
  • (Transmembrane protein, ...) x 13
  • (Unknown peptide) x 3
  • 2-oxoglutarate/malate carrier protein
  • CTF/NF-I domain-containing protein
  • Carrier protein
  • Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein
  • Cyclic nucleotide-binding domain protein
  • Cytochrome c oxidase acyl carrier-like subunit
  • Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
  • Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
  • Protein phosphatase 2C, putative
  • Protein transporter Sec61 alpha subunit
  • Tim10/DDP family zinc finger protein
  • TraB family protein
  • Uncharacterized protein
  • Ymf67
  • Ymf68
  • Ymf70
  • Ymf75
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome c oxidase / mitochondrial carrier / membrane complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dicarboxylic acid transmembrane transporter activity / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / : / cytochrome-c oxidase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / monoatomic ion channel activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding ...dicarboxylic acid transmembrane transporter activity / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / : / cytochrome-c oxidase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / monoatomic ion channel activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / protein transport / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / heme binding / mitochondrion / zinc ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF4441 / Domain of unknown function (DUF4441) / Surfeit locus 1/Shy1 / Surfeit locus 1/4 / TraB/PryY-like / SURF1 family / SURF1 family profile. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / : ...Protein of unknown function DUF4441 / Domain of unknown function (DUF4441) / Surfeit locus 1/Shy1 / Surfeit locus 1/4 / TraB/PryY-like / SURF1 family / SURF1 family profile. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / : / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / : / Tim10/DDP family zinc finger / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / : / : / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Pectin lyase fold/virulence factor / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Cupredoxin / RmlC-like jelly roll fold / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Ion transport domain / Ion transport protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Cyclic nucleotide-binding domain protein / Oxoglutarate/malate translocator protein, putative / Transmembrane protein / SURF1-like protein / Uncharacterized protein ...CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Cyclic nucleotide-binding domain protein / Oxoglutarate/malate translocator protein, putative / Transmembrane protein / SURF1-like protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / SURF1-like protein / Transmembrane protein / Iron-binding zinc finger CDGSH type protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / CTF/NF-I domain-containing protein / Transmembrane protein, putative / Protein phosphatase 2C, putative / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein / Transmembrane protein, putative / Carrier protein / Uncharacterized protein / Tim10/DDP family zinc finger protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / TraB family protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / Cytochrome C oxidase subunit Vb protein / 2-oxoglutarate/malate carrier protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Ymf70 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Ymf68 / Ymf67 / Cytochrome c oxidase polypeptide II / Ymf75 / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Tim10/DDP family zinc finger protein / Protein transporter Sec61 alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Zhou, L. / Maldonado, M. / Padavannil, A. / Letts, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM137929 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structures of 's respiratory chain reveal the diversity of eukaryotic core metabolism.
著者: Long Zhou / María Maldonado / Abhilash Padavannil / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and ...Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and structural diversity of eukaryotic respiration, we examined the respiratory chain of the ciliate (Tt). Using cryo-electron microscopy on a mixed sample, we solved structures of a supercomplex between Tt complex I (Tt-CI) and Tt-CIII (Tt-SC I+III) and a structure of Tt-CIV. Tt-SC I+III (~2.3 megadaltons) is a curved assembly with structural and functional symmetry breaking. Tt-CIV is a ~2.7-megadalton dimer with more than 50 subunits per protomer, including mitochondrial carriers and a TIM8-TIM13-like domain. Our structural and functional study of the respiratory chain reveals divergence in key components of eukaryotic respiration, thereby expanding our understanding of core metabolism.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
U1: Unknown peptide
U2: Transmembrane protein, putative
U3: Unknown peptide
U4: Unknown peptide
U5: Uncharacterized protein
U6: Protein transporter Sec61 alpha subunit
C1: Cytochrome c oxidase subunit 1
C2: Cytochrome c oxidase subunit 2
C3: Ymf68
5B: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
6A: Transmembrane protein, putative
6B: Cytochrome c oxidase subunit 6B
6L: Cytochrome c oxidase subunit 6B-like
6C: Transmembrane protein, putative
7A: Transmembrane protein, putative
7C: Cytochrome c oxidase subunit 7C
7L: CTF/NF-I domain-containing protein
M1: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
M2: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
M3: Carrier protein
T1: Tim10/DDP family zinc finger protein
T2: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 2
T3: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 3
T4: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 4
T5: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 5
T6: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 6
BP: Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein
FS: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
AC: Cytochrome c oxidase acyl carrier-like subunit
Y7: Ymf67
Y0: Ymf70
Y5: Ymf75
A: Transmembrane protein, putative
B: Protein phosphatase 2C, putative
C: Cyclic nucleotide-binding domain protein
D: SURF1-like protein
E: TraB family protein
F: Transmembrane protein, putative
G: Cytochrome c oxidase subunit TT7
H: SURF1-like protein
I: Cytochrome c oxidase subunit TT9
J: Cytochrome c oxidase subunit TT10
K: Cytochrome c oxidase subunit TT11
L: Cytochrome c oxidase subunit TT12
M: Transmembrane protein, putative
N: Transmembrane protein, putative
O: Cytochrome c oxidase subunit TT15
P: Cytochrome c oxidase subunit TT16
Q: Transmembrane protein, putative
R: Cytochrome c oxidase subunit TT18
S: Cytochrome c oxidase subunit TT19
T: Transmembrane protein, putative
U: Transmembrane protein, putative
V: Cytochrome c oxidase subunit TT22
W: Transmembrane protein, putative
X: Transmembrane protein, putative
Y: Cytochrome c oxidase subunit TT25
Z: Cytochrome c oxidase subunit TT26
u1: Unknown peptide
u2: Transmembrane protein, putative
u3: Unknown peptide
u4: Unknown peptide
u5: Uncharacterized protein
u6: Protein transporter Sec61 alpha subunit
c1: Cytochrome c oxidase subunit 1
c2: Cytochrome c oxidase subunit 2
c3: Ymf68
5b: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
6a: Transmembrane protein, putative
6b: Cytochrome c oxidase subunit 6B
6l: Cytochrome c oxidase subunit 6B-like
6c: Transmembrane protein, putative
7a: Transmembrane protein, putative
7c: Cytochrome c oxidase subunit 7C
7l: CTF/NF-I domain-containing protein
m1: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
m2: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
m3: Carrier protein
t1: Tim10/DDP family zinc finger protein
t2: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 2
t3: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 3
t4: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 4
t5: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 5
t6: Cytochrome c oxidase small TIM subunit 6
bp: Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein
fs: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
ac: Cytochrome c oxidase acyl carrier-like subunit
y7: Ymf67
y0: Ymf70
y5: Ymf75
a: Transmembrane protein, putative
b: Protein phosphatase 2C, putative
d: SURF1-like protein
e: TraB family protein
f: Transmembrane protein, putative
g: Cytochrome c oxidase subunit TT7
h: SURF1-like protein
i: Cytochrome c oxidase subunit TT9
j: Cytochrome c oxidase subunit TT10
k: Cytochrome c oxidase subunit TT11
l: Cytochrome c oxidase subunit TT12
m: Transmembrane protein, putative
n: Transmembrane protein, putative
o: Cytochrome c oxidase subunit TT15
p: Cytochrome c oxidase subunit TT16
q: Transmembrane protein, putative
r: Cytochrome c oxidase subunit TT18
s: Cytochrome c oxidase subunit TT19
t: Transmembrane protein, putative
u: Transmembrane protein, putative
v: Cytochrome c oxidase subunit TT22
w: Transmembrane protein, putative
x: Transmembrane protein, putative
y: Cytochrome c oxidase subunit TT25
z: Cytochrome c oxidase subunit TT26
c: Cyclic nucleotide-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,593,537238
ポリマ－4,462,311116
非ポリマー131,226122
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 20種, 40分子 U1u1U5u5U6u6C3c37L7lM1m1M2m2M3m3T1t1BPbpFSfsACacY7y7Y0y0Y5y5...

#1: タンパク質 Unknown peptide


分子量: 8358.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB255
#5: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 20909.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23FE4
#6: タンパク質 Protein transporter Sec61 alpha subunit


分子量: 53674.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XHC8
#9: タンパク質 Ymf68


分子量: 72782.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
参照: UniProt: Q950Y6
#17: タンパク質 CTF/NF-I domain-containing protein


分子量: 116812.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22CI1
#18: タンパク質 Oxoglutarate/malate translocator protein, putative


分子量: 40392.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VDV3
#19: タンパク質 2-oxoglutarate/malate carrier protein


分子量: 36118.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23M99
#20: タンパク質 Carrier protein


分子量: 37095.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22ZA6
#21: タンパク質 Tim10/DDP family zinc finger protein


分子量: 8008.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X3D6
#27: タンパク質 Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein


分子量: 41202.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22RF2
#28: タンパク質 Iron-binding zinc finger CDGSH type protein


分子量: 21476.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M8P0
#29: タンパク質 Cytochrome c oxidase acyl carrier-like subunit


分子量: 14740.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24C97
#30: タンパク質 Ymf67


分子量: 54538.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
参照: UniProt: Q950Y7
#31: タンパク質 Ymf70


分子量: 10919.931 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
参照: UniProt: Q950Y0
#32: タンパク質 Ymf75


分子量: 23325.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
参照: UniProt: Q951A7
#34: タンパク質 Protein phosphatase 2C, putative


分子量: 53011.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22FX8
#35: タンパク質 Cyclic nucleotide-binding domain protein


分子量: 172272.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VCQ2
#36: タンパク質 SURF1-like protein


分子量: 47087.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M1Q4
#37: タンパク質 TraB family protein


分子量: 45050.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DP7
#40: タンパク質 SURF1-like protein


分子量: 35794.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LTZ4

-
Transmembrane protein, ... , 13種, 26分子 U2u26A6a6C6c7A7aAaFfMmNnQqTtUuWwXx

#2: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 417001.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22C06
#11: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15618.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XCY5
#14: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 12786.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DS4
#15: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 16413.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MGF9
#33: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 57814.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22PJ5
#38: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 41307.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DG8
#45: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 26601.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7WZP1
#46: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 24701.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LZX8
#49: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 20346.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23D87
#52: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 18801.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23VY4
#53: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 18600.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22DP8
#55: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15588.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23TE5
#56: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 14302.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22W32

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 U3u3U4u4

#3: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 2911.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB255
#4: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB255

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 18種, 36分子 C1c1C2c25B5b6B6b6L6l7C7cGgIiJjKkLlOoPpRrSs...

#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 80564.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
参照: UniProt: Q950Y4, cytochrome-c oxidase
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 72388.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
参照: UniProt: Q950Y9, cytochrome-c oxidase
#10: タンパク質 Cytochrome C oxidase subunit Vb protein


分子量: 75431.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23FF5
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B


分子量: 27946.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24I72
#13: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B-like


分子量: 10228.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LVX0
#16: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7C


分子量: 28746.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X287
#39: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT7


分子量: 37552.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DZ5
#41: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT9


分子量: 29865.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LY65
#42: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT10


分子量: 28101.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MD70
#43: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT11


分子量: 27034.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X4J9
#44: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT12


分子量: 26738.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210 / 参照: UniProt: I7M3P9
#47: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT15


分子量: 23257.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23F08
#48: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT16


分子量: 20007.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M8Y9
#50: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT18


分子量: 20025.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MKT6
#51: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT19


分子量: 19882.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q230X6
#54: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT22


分子量: 17701.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210 / 参照: UniProt: I7MFV5
#57: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT25


分子量: 12273.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB210 / 参照: UniProt: I7M9E7
#58: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit TT26


分子量: 10418.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LTF1

-
Cytochrome c oxidase small TIM subunit ... , 5種, 10分子 T2t2T3t3T4t4T5t5T6t6

#22: タンパク質 Cytochrome c oxidase small TIM subunit 2


分子量: 8354.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XDM6
#23: タンパク質 Cytochrome c oxidase small TIM subunit 3


分子量: 10435.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q231A8
#24: タンパク質 Cytochrome c oxidase small TIM subunit 4


分子量: 8109.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22A35
#25: タンパク質 Cytochrome c oxidase small TIM subunit 5


分子量: 8965.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22N23
#26: タンパク質 Cytochrome c oxidase small TIM subunit 6


分子量: 8183.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
Plasmid details: Tetrahymena Stock Center at Cornell University
株: SB210 / 参照: UniProt: Q233U0

-
非ポリマー , 7種, 122分子

#59: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#60: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#61: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#63: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#64: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#65: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytochrome c oxidase dimer / タイプ: COMPLEX
詳細: Tetrahymena thermophila mitochondrial cytochrome c oxidase/complex IV dimer
Entity ID: #1-#58 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 細胞内の位置: Mitochondrial inner membrane / Organelle: Mitochondria
緩衝液pH: 7.4
詳細: Solution were made fresh from concentrated stocks, filtered and de-gassed before equilibration onto Superose6 column
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diolTris1
250 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.002 g/100 mlPhenylmethanesulfonyl fluoridePMSF1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: incubation time before blotting: 60s blot time: 9s blot force: 25 offset: -2 incubation after blotting: 0s

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 56818 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17478

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.1_4122+SVN精密化
PHENIX1.19.1_4122+SVN精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.7.6粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2.0分類
13cryoSPARC3.2.0３次元再構成
14PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1798857
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 394262 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 34.09 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0033195450
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4866263900
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.040527330
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003933006
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.850473876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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