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万見
- PDB-7w3w: X-ray structure of apo-VmFbpA, a ferric ion-binding protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w3w
タイトルX-ray structure of apo-VmFbpA, a ferric ion-binding protein from Vibrio metschnikovii
要素Iron-utilization periplasmic protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / FbpA / ABC transporter / iron
機能・相同性Ferric binding protein / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / metal ion binding / Iron-utilization periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio metschnikovii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.858 Å
データ登録者Lu, P. / Sui, M. / Zhang, M. / Nagata, K.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K22561 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02151 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03045 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05771 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Rosmarinic Acid and Sodium Citrate Have a Synergistic Bacteriostatic Effect against Vibrio Species by Inhibiting Iron Uptake.
著者: Lu, P. / Sui, M. / Zhang, M. / Wang, M. / Kamiya, T. / Okamoto, K. / Itoh, H. / Okuda, S. / Suzuki, M. / Asakura, T. / Fujiwara, T. / Nagata, K.
履歴
登録2021年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-utilization periplasmic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5011
ポリマ－33,5011
非ポリマー00
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.792, 90.792, 149.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-594-

HOH

21A-608-

HOH

31A-623-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Iron-utilization periplasmic protein


分子量: 33500.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio metschnikovii (バクテリア)
遺伝子: fbpA, NCTC8563_00091 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A380N8Q9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.25M ammonium tartrate dibasic, 25% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.0)

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
1277.151N
2277.151N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.899995
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A21
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER X 16M1PIXEL2020年11月13日
DECTRIS PILATUS 2M-F2PIXEL2020年12月21日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8999951
211
反射解像度: 1.858→45.437 Å / Num. obs: 58147 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.85 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.17
反射 シェル解像度: 1.86→1.97 Å / Num. unique obs: 25021 / CC1/2: 0.999

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WAE

3wae


解像度: 1.858→45.437 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 1499 4.77 %
Rwork0.185 29929 -
all0.186 --
obs-31428 99.759 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.803 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.018 Å20.009 Å20 Å2
2--0.018 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.858→45.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 0 223 2587
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.858-1.9060.2261080.2222110X-RAY DIFFRACTION97.8817
1.906-1.9580.2321150.1972104X-RAY DIFFRACTION99.955
1.958-2.0150.2531010.1932077X-RAY DIFFRACTION100
2.015-2.0770.198970.1821990X-RAY DIFFRACTION100
2.077-2.1450.222970.1771953X-RAY DIFFRACTION100
2.145-2.220.208920.1751886X-RAY DIFFRACTION99.9495
2.22-2.3040.1841120.1791793X-RAY DIFFRACTION100
2.304-2.3980.18800.1791774X-RAY DIFFRACTION100
2.398-2.5050.235860.1861690X-RAY DIFFRACTION100
2.505-2.6270.222890.1861596X-RAY DIFFRACTION99.9407
2.627-2.7690.203660.1821560X-RAY DIFFRACTION100
2.769-2.9360.206720.1851474X-RAY DIFFRACTION99.9354
2.936-3.1390.198710.1851391X-RAY DIFFRACTION100
3.139-3.390.186620.1841285X-RAY DIFFRACTION99.9258
3.39-3.7130.207560.1741209X-RAY DIFFRACTION100
3.713-4.150.185430.1711119X-RAY DIFFRACTION99.914
4.15-4.790.194470.172981X-RAY DIFFRACTION99.709
4.79-5.8610.246410.198847X-RAY DIFFRACTION99.5516
5.861-8.2650.257420.222674X-RAY DIFFRACTION99.5828

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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