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万見
- PDB-7w23: Structure of the M. tuberculosis HtrA S363A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w23
タイトルStructure of the M. tuberculosis HtrA S363A mutant
要素Probable serine protease HtrA1
キーワードHYDROLASE / HtrA family of serine protease / chymotrypsin-like / Periplasm / Protein quality control and signal transduction.
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / peptidoglycan-based cell wall / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases ...: / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable serine protease HtrA1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gupta, A.K. / Gopal, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Allosteric Determinants in High Temperature Requirement A Enzymes Are Conserved and Regulate the Population of Active Conformations.
著者: Gupta, A.K. / Singh, K. / Patidar, Y. / Sharma, R. / Sardesai, A.A. / Reddy, G. / Gopal, B.
履歴
登録2021年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable serine protease HtrA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5061
ポリマ－32,5061
非ポリマー00
水1,67593
1
A: Probable serine protease HtrA1

A: Probable serine protease HtrA1

A: Probable serine protease HtrA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5193
ポリマ－97,5193
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)107.180, 107.180, 61.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-678-

HOH

21A-691-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable serine protease HtrA1 / High-temperature requirement A protease


分子量: 32506.391 Da / 分子数: 1 / 変異: S363A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: htrA1, degP, htrA, Rv1223 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O06291, peptidase Do
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 1.4M Sodium Citrate tribasic dihydrate pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→26.79 Å / Num. obs: 20851 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 2090 / CC1/2: 0.65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.18.2_3874: ???精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IEO

6ieo


解像度: 1.9→26.79 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 14.78 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 986 4.73 %
Rwork0.1717 --
obs0.1985 20851 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2071 0 0 93 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042096
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7152856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.555301
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005378
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-20.32251870.30792797X-RAY DIFFRACTION94
2-2.130.23941630.27242812X-RAY DIFFRACTION95
2.13-2.290.2843960.25462896X-RAY DIFFRACTION97
2.29-2.520.31041380.23592833X-RAY DIFFRACTION95
2.52-2.880.21911330.21542829X-RAY DIFFRACTION96
2.88-3.630.24211270.18122865X-RAY DIFFRACTION96
3.63-26.790.18091420.14272836X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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