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- PDB-7vze: Crystal structure of PTPN4 PDZ bound to the PBM of HPV16 E6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vze
タイトルCrystal structure of PTPN4 PDZ bound to the PBM of HPV16 E6
要素
  • Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
  • the PDZ-binding motif of HPV16 E6
キーワードPROTEIN BINDING / PTPN4 / PDZ / HPV16 / human papillomavirus / E6. PBM / PDZ-binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / glutamate receptor binding / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane ...Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / glutamate receptor binding / protein dephosphorylation / cytoskeletal protein binding / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / cytoskeleton / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain ...Protein-tyrosine phosphatase, non-receptor type-3, -4 / PTPN3/4, FERM domain C-lobe / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM adjacent (FA) / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.882 Å
データ登録者Lee, H.S. / Yun, H.-Y. / Ku, B.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1C1C1008451 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6063955 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)KGM9952112 韓国
引用ジャーナル: J.Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structural and biochemical analysis of the PTPN4 PDZ domain bound to the C-terminal tail of the human papillomavirus E6 oncoprotein.
著者: Lee, H.S. / Yun, H.Y. / Lee, E.W. / Shin, H.C. / Kim, S.J. / Ku, B.
履歴
登録2021年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
E: the PDZ-binding motif of HPV16 E6
F: the PDZ-binding motif of HPV16 E6
G: the PDZ-binding motif of HPV16 E6
H: the PDZ-binding motif of HPV16 E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4128
ポリマ－45,4128
非ポリマー00
水25214
1
A: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
E: the PDZ-binding motif of HPV16 E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3532
ポリマ－11,3532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
F: the PDZ-binding motif of HPV16 E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3532
ポリマ－11,3532
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
G: the PDZ-binding motif of HPV16 E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3532
ポリマ－11,3532
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4
H: the PDZ-binding motif of HPV16 E6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3532
ポリマ－11,3532
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.973, 51.916, 190.968
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4 / Protein-tyrosine phosphatase MEG1 / MEG / PTPase-MEG1


分子量: 10448.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29074, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド
the PDZ-binding motif of HPV16 E6


分子量: 905.011 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15M calcium acetate hydrate, 24% (w/v) polyethylene glycol 3350, 4.5% w/v trimethylamine N-oxide dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: k,h,-l / Fraction: 0.48
反射解像度: 2.882→50 Å / Num. obs: 12140 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Num. unique obs: 554

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VPH

2vph


解像度: 2.882→47.742 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.25 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2343 1229 10.12 %
Rwork0.1949 --
obs0.2046 12140 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.882→47.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 0 14 2944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0584014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2481844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8861-3.00160.32221180.27321101X-RAY DIFFRACTION84
3.0016-3.13810.32851350.26691197X-RAY DIFFRACTION90
3.1381-3.30350.28841400.24091204X-RAY DIFFRACTION90
3.3035-3.51030.25181350.24081203X-RAY DIFFRACTION90
3.5103-3.78110.26111300.20341184X-RAY DIFFRACTION89
3.7811-4.16110.26311340.19321214X-RAY DIFFRACTION90
4.1611-4.76210.20981350.17181243X-RAY DIFFRACTION90
4.7621-5.99550.20941410.15911239X-RAY DIFFRACTION90
5.9955-36.73320.22411540.18941319X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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