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- PDB-7vva: Pseudouridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vva
タイトルPseudouridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Escherichia coli strain B
要素Pseudouridine kinase
キーワードTRANSFERASE / pseudouridine kinase / pseudourdine / pfkb family
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudouridine kinase activity / pseudouridine kinase / phosphorylation
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FJF / Pseudouridine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75029193467 Å
データ登録者Kim, S.H. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C2092118 韓国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Substrate-binding loop interactions with pseudouridine trigger conformational changes that promote catalytic efficiency of pseudouridine kinase PUKI.
著者: Kim, S.H. / Kim, M. / Park, D. / Byun, S. / Rhee, S.
履歴
登録2021年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
C: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
E: Pseudouridine kinase
F: Pseudouridine kinase
G: Pseudouridine kinase
H: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,22612
ポリマ－270,2498
非ポリマー9774
水61334
1
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
C: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
E: Pseudouridine kinase
F: Pseudouridine kinase
G: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,44411
ポリマ－236,4687
非ポリマー9774
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
2
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
C: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
E: Pseudouridine kinase
F: Pseudouridine kinase
G: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,44411
ポリマ－236,4687
非ポリマー9774
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area23470 Å2
手法PISA
3
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
C: Pseudouridine kinase
E: Pseudouridine kinase
H: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子

A: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
F: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,47013
ポリマ－270,2498
非ポリマー1,2215
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
4
A: Pseudouridine kinase
B: Pseudouridine kinase
C: Pseudouridine kinase
D: Pseudouridine kinase
E: Pseudouridine kinase
F: Pseudouridine kinase
H: Pseudouridine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,44411
ポリマ－236,4687
非ポリマー9774
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.954, 271.889, 101.202
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 110.909, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASPASPchain 'A'AA3 - 53 - 5
12VALVALSERSERchain 'A'AA7 - 217 - 21
13SERSERLEULEUchain 'A'AA30 - 5030 - 50
14GLYGLYLEULEUchain 'A'AA54 - 6054 - 60
15VALVALLEULEUchain 'A'AA63 - 10063 - 100
16VALVALPHEPHEchain 'A'AA109 - 162109 - 162
17LYSLYSTHRTHRchain 'A'AA170 - 183170 - 183
18ALAALAILEILEchain 'A'AA198 - 249198 - 249
19ALAALAVALVALchain 'A'AA254 - 306254 - 306
21GLUGLUASPASPchain 'B'BB3 - 53 - 5
22VALVALSERSERchain 'B'BB7 - 217 - 21
23SERSERLEULEUchain 'B'BB30 - 5030 - 50
24GLYGLYLEULEUchain 'B'BB54 - 6054 - 60
25VALVALLEULEUchain 'B'BB63 - 10063 - 100
26VALVALPHEPHEchain 'B'BB109 - 162109 - 162
27LYSLYSTHRTHRchain 'B'BB170 - 183170 - 183
28ALAALAILEILEchain 'B'BB198 - 249198 - 249
29ALAALAVALVALchain 'B'BB254 - 306254 - 306
31GLUGLUASPASPchain 'C'CC3 - 53 - 5
32VALVALSERSERchain 'C'CC7 - 217 - 21
33SERSERLEULEUchain 'C'CC30 - 5030 - 50
34GLYGLYLEULEUchain 'C'CC54 - 6054 - 60
35VALVALLEULEUchain 'C'CC63 - 10063 - 100
36VALVALPHEPHEchain 'C'CC109 - 162109 - 162
37LYSLYSTHRTHRchain 'C'CC170 - 183170 - 183
38ALAALAILEILEchain 'C'CC198 - 249198 - 249
39ALAALAVALVALchain 'C'CC254 - 306254 - 306
41GLUGLUASPASPchain 'D'DD3 - 53 - 5
42VALVALSERSERchain 'D'DD7 - 217 - 21
43SERSERLEULEUchain 'D'DD30 - 5030 - 50
44GLYGLYLEULEUchain 'D'DD54 - 6054 - 60
45VALVALLEULEUchain 'D'DD63 - 10063 - 100
46VALVALPHEPHEchain 'D'DD109 - 162109 - 162
47LYSLYSTHRTHRchain 'D'DD170 - 183170 - 183
48ALAALAILEILEchain 'D'DD198 - 249198 - 249
49ALAALAVALVALchain 'D'DD254 - 306254 - 306
51GLUGLUASPASPchain 'E'EE3 - 53 - 5
52VALVALSERSERchain 'E'EE7 - 217 - 21
53SERSERLEULEUchain 'E'EE30 - 5030 - 50
54GLYGLYLEULEUchain 'E'EE54 - 6054 - 60
55VALVALLEULEUchain 'E'EE63 - 10063 - 100
56VALVALPHEPHEchain 'E'EE109 - 162109 - 162
57LYSLYSTHRTHRchain 'E'EE170 - 183170 - 183
58ALAALAILEILEchain 'E'EE198 - 249198 - 249
59ALAALAVALVALchain 'E'EE254 - 306254 - 306
61GLUGLUASPASPchain 'F'FF3 - 53 - 5
62VALVALSERSERchain 'F'FF7 - 217 - 21
63SERSERLEULEUchain 'F'FF30 - 5030 - 50
64GLYGLYLEULEUchain 'F'FF54 - 6054 - 60
65VALVALLEULEUchain 'F'FF63 - 10063 - 100
66VALVALPHEPHEchain 'F'FF109 - 162109 - 162
67LYSLYSTHRTHRchain 'F'FF170 - 183170 - 183
68ALAALAILEILEchain 'F'FF198 - 249198 - 249
69ALAALAVALVALchain 'F'FF254 - 306254 - 306

-
要素

#1: タンパク質
Pseudouridine kinase / Putative pyrimidine kinase


分子量: 33781.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_ ...遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_07470, GQE64_02140, GQM28_02110, HVV70_14180, HVX33_21995, HVZ33_08660, NCTC11022_02147, NCTC13216_04879, NCTC9706_04998, SAMEA3752557_00486, WP4S18E08_16210
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3W5E1, pseudouridine kinase
#2: 化合物
ChemComp-FJF / 5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione / プソイドウリジン


分子量: 244.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1M lithium chloride, 0.1M MES (pH6.0), 18% PEG 6,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 92181 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 52.7690986986 Å2 / CC1/2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.75
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Num. unique obs: 9234 / CC1/2: 0.342

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KZH

3kzh


解像度: 2.75029193467→33.6410688561 Å / SU ML: 0.494678176716 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33632185377 / 位相誤差: 35.8888278332
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324860804975 1993 2.16505708668 %
Rwork0.296140865622 90060 -
obs0.29677572334 92053 98.1856774111 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.0481354329 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75029193467→33.6410688561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15659 0 68 34 15761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034837552439615988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80196130258521764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03260377267082534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00335213814912805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.16571573945588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7503-2.8190.3340974647891100.3265895732615130X-RAY DIFFRACTION78.1389800179
2.819-2.89520.4338383085891470.3521101030496514X-RAY DIFFRACTION99.5814023023
2.8952-2.98040.4003147861981440.3361963672486526X-RAY DIFFRACTION99.8951624981
2.9804-3.07650.3611308688451440.3314220676046476X-RAY DIFFRACTION99.8190591074
3.0765-3.18640.3620809252621430.3353303590196549X-RAY DIFFRACTION99.9104210212
3.1864-3.31380.3337999044281450.3075552918786518X-RAY DIFFRACTION99.910031489
3.3138-3.46450.3364304655451460.2947731017326542X-RAY DIFFRACTION99.8954443615
3.4645-3.6470.3096769486861450.2947030246796539X-RAY DIFFRACTION99.9252504111
3.647-3.87520.3395892148661480.2882401237286539X-RAY DIFFRACTION99.6275327771
3.8752-4.17390.3135478418221450.2961614207266507X-RAY DIFFRACTION99.7750112494
4.1739-4.59290.2944897034181360.2685645969936583X-RAY DIFFRACTION99.673638926
4.5929-5.25540.2875212899561460.2692815579836522X-RAY DIFFRACTION99.9700149925
5.2554-6.6130.3030121827951480.3033367473546578X-RAY DIFFRACTION99.9702734839
6.613-33.6410.3296518871141460.290048189916537X-RAY DIFFRACTION98.5547854299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.7341122869 Å / Origin y: -6.86298359013 Å / Origin z: 124.830700335 Å
111213212223313233
T0.220921450585 Å2-0.0141657873714 Å20.0471083326396 Å2-0.369893974163 Å2-0.00147899648028 Å2--0.206266872391 Å2
L0.493824097822 °2-0.10649695731 °20.172108302052 °2-0.0970561472104 °2-0.0188225904338 °2--0.353431178363 °2
S-0.000267176566091 Å °0.018763647809 Å °-0.0240364740366 Å °-0.0315391109778 Å °0.0425416908076 Å °0.0457396805039 Å °0.0399103429185 Å °0.0547447777063 Å °-0.0351803547499 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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