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万見
- PDB-7vuq: Structure of NF-kB p52 homodimer bound to A/T-centric P-Selectin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vuq
タイトルStructure of NF-kB p52 homodimer bound to A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*G)-3')
  • Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA-protein complex / transcription factor / TRANSCRIPTION / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / IkBA variant leads to EDA-ID / germinal center formation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Interleukin-1 processing / SUMOylation of immune response proteins / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated NF-kB activation ...follicular dendritic cell differentiation / Bcl3/NF-kappaB2 complex / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / IkBA variant leads to EDA-ID / germinal center formation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / Interleukin-1 processing / SUMOylation of immune response proteins / non-canonical NF-kappaB signal transduction / TRAF6 mediated NF-kB activation / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / canonical NF-kappaB signal transduction / spleen development / extracellular matrix organization / response to cytokine / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / PKMTs methylate histone lysines / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / innate immune response / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor NF-kappa-B, p100 subunit / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. ...Nuclear factor NF-kappa-B, p100 subunit / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Meshcheryakov, V.A. / Wang, V.Y.-F.
資金援助Macao, 2件
組織認可番号国
The Science and Technology Development Fund, Macao S.A.R. (FDCT)0104/2019/A2Macao
University of MacauMYRG2018-00093-FHSMacao
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structures of NF-kappa B p52 homodimer-DNA complexes rationalize binding mechanisms and transcription activation.
著者: Pan, W. / Meshcheryakov, V.A. / Li, T. / Wang, Y. / Ghosh, G. / Wang, V.Y.
履歴
登録2021年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*G)-3')
A: Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit
C: DNA (5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4994
ポリマ－98,4994
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area36190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.453, 84.627, 139.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
32D
42C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRVALVALBA34 - 32934 - 329
221THRTHRVALVALAC34 - 32934 - 329
332DGDGDTDTDB1 - 161 - 16
442DCDCDTDTCD1 - 161 - 16

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p52 subunit


分子量: 43732.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFKB2, LYT10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q00653
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*G)-3')


分子量: 5581.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5452.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.48 Å / Num. obs: 18756 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / Num. unique obs: 2690 / CC1/2: 0.934

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1a3q

1a3q


解像度: 3.1→40.003 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.232 / WRfactor Rwork: 0.2 / SU B: 33.276 / SU ML: 0.496 / Average fsc free: 0.7887 / Average fsc work: 0.8027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.433 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2487 983 5.256 %
Rwork0.2243 17720 -
all0.226 --
obs-18703 99.76 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 131.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.769 Å20 Å2-0 Å2
2--12.045 Å2-0 Å2
3----13.814 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 713 0 0 5381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154978
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.0910.016501
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8661.6697656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.371.58511539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3195590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.03121.328256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.80615870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4331540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2220.24903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22490
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.23208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0630.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3140.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.68813.5952366
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.66613.5952365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.80620.3942954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other14.80320.3952955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.18414.1033203
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.18314.1043204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.35320.9334702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.35120.9344703
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it21.025255.77722027
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other21.025255.77622028
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.160.058410
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.2130.051157
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.160410.05008
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.160410.05008
23DX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.21320.05008
24CX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.21320.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.1-3.3940.4282290.40141450.40243870.450.48499.70370.347
3.394-3.7910.3222060.29937550.339680.7740.79299.82360.264
3.791-4.3710.241810.21133450.21235300.9260.92599.88670.186
4.371-5.3370.2551550.16928660.17330230.9320.9599.93380.159
5.337-7.4820.2411440.19622410.19923860.930.94699.95810.192
7.482-40.0030.156680.20413680.20214400.9820.95699.72220.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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