PDB-7vub: Phloem lectin (PP2) complex with Nitrobenzene

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vub

タイトル

Phloem lectin (PP2) complex with Nitrobenzene

要素

Phloem lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Phloem lectin / chitin-binding lectin / Nitrobenzene complex

機能・相同性

: / Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / carbohydrate binding / NITROBENZENE / 17 kDa phloem lectin

機能・相同性情報

生物種

Cucumis sativus (キュウリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and interactions of the phloem lectin (phloem protein 2) Cus17 from Cucumis sativus.
著者: Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A.

履歴

登録	2021年11月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vub.cif.gz	139.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vub.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vub_validation.pdf.gz	738.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vub_full_validation.pdf.gz	739.6 KB	表示
XML形式データ	7vub_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	7vub_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/7vub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vs6SC 7vwbC 7w4bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phloem lectin

B: Phloem lectin

ヘテロ分子

35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.810, 70.470, 101.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phloem lectin / PP2 分子量: 17639.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cucumis sativus (キュウリ) / 遺伝子: Lec17-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LK69
#2: 化合物	ChemComp-NBZ / NITROBENZENE 分子量: 123.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.46 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 1.0 M Ammonium citrate dibasic, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→50.97 Å / Num. obs: 2585878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / B_iso Wilson estimate: 11.7 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 1.2→1.22 Å / R_merge(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 89698 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7VS6

7vs6

解像度: 1.2→50.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1893	4765	4.907 %
R_work	0.1603	92334	-
all	0.162	-	-
obs	-	97099	99.971 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.129 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.676 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.756 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→50.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2413	0	13	362	2788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.026	1.626	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.401	1.572	5093
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.225	5	295
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.484	21.765	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.032	15	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.029	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.037	0.02	600
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.128	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.844	1.423	1189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.841	1.422	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.036	2.137	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.035	2.138	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.008	1.717	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.01	1.718	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.338	2.465	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.336	2.465	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.955	29.198	10436
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.914	29.066	10399
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	29.728	3	4707
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	4609

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.231	0.246	370	0.212	6736	X-RAY DIFFRACTION	99.8595
1.231-1.265	0.259	327	0.199	6565	X-RAY DIFFRACTION	99.913
1.265-1.302	0.224	334	0.186	6407	X-RAY DIFFRACTION	99.9259
1.302-1.342	0.213	345	0.167	6193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.342-1.386	0.205	302	0.167	6036	X-RAY DIFFRACTION	99.9369
1.386-1.434	0.192	314	0.154	5833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.434-1.488	0.186	306	0.145	5631	X-RAY DIFFRACTION	99.9832
1.488-1.549	0.174	281	0.134	5434	X-RAY DIFFRACTION	100
1.549-1.618	0.163	279	0.124	5216	X-RAY DIFFRACTION	100
1.618-1.697	0.185	248	0.133	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.697-1.788	0.175	239	0.139	4786	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.897	0.169	204	0.14	4529	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-2.028	0.163	228	0.146	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.028-2.19	0.174	220	0.156	3965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.398	0.175	199	0.146	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.398-2.681	0.161	149	0.157	3365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.681-3.095	0.223	148	0.17	2974	X-RAY DIFFRACTION	100
3.095-3.787	0.199	114	0.173	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
3.787-5.345	0.16	89	0.165	2021	X-RAY DIFFRACTION	100
5.345-50.9	0.282	69	0.229	1171	X-RAY DIFFRACTION	99.839

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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