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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vub | ||||||
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タイトル | Phloem lectin (PP2) complex with Nitrobenzene | ||||||
![]() | Phloem lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Phloem lectin / chitin-binding lectin / Nitrobenzene complex | ||||||
機能・相同性 | : / Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / carbohydrate binding / NITROBENZENE / 17 kDa phloem lectin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and interactions of the phloem lectin (phloem protein 2) Cus17 from Cucumis sativus. 著者: Sivaji, N. / Bobbili, K.B. / Suguna, K. / Surolia, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 738.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 739.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vs6SC ![]() 7vwbC ![]() 7w4bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17639.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NBZ / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.46 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 1.0 M Ammonium citrate dibasic, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50.97 Å / Num. obs: 2585878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 2.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / Rmerge(I) obs: 1.27 / Num. unique obs: 89698 / CC1/2: 0.85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7VS6 解像度: 1.2→50.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.04 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.129 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→50.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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