PDB-7vte: uridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Esche...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vte

タイトル

uridine bound structure of Pseudouridine kinase (PUKI) from Escherichia coli strain B

要素

Pseudouridine kinase

キーワード

TRANSFERASE / pseudouridine kinase / pseudourdine / pfkb family

機能・相同性

機能・相同性情報

pseudouridine kinase activity / pseudouridine kinase
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15296568597 Å

データ登録者

Kim, S.H. / Rhee, S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Substrate-binding loop interactions with pseudouridine trigger conformational changes that promote catalytic efficiency of pseudouridine kinase PUKI.
著者: Kim, S.H. / Kim, M. / Park, D. / Byun, S. / Rhee, S.

履歴

登録	2021年10月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vte.cif.gz	553.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vte.ent.gz	381.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7vte_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7vte_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7vte_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	7vte_validation.cif.gz	57.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/7vte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vtdC 7vtfC 7vtgC 7vvaC 3kzhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudouridine kinase

B: Pseudouridine kinase

C: Pseudouridine kinase

D: Pseudouridine kinase

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pseudouridine kinase

B: Pseudouridine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Pseudouridine kinase

D: Pseudouridine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.689, 185.689, 50.754
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3
Space group name Hall	P3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	HIS	HIS	chain 'A'	A	A	4 - 22	4 - 22
1	2	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'A'	A	A	25 - 103	25 - 103
1	3	GLU	GLU	ASN	ASN	chain 'A'	A	A	106 - 308	106 - 308
2	1	LYS	LYS	HIS	HIS	chain 'B'	B	B	4 - 22	4 - 22
2	2	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	25 - 103	25 - 103
2	3	GLU	GLU	ASN	ASN	chain 'B'	B	B	106 - 308	106 - 308
3	1	LYS	LYS	HIS	HIS	chain 'C'	C	C	4 - 22	4 - 22
3	2	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'C'	C	C	25 - 103	25 - 103
3	3	GLU	GLU	ASN	ASN	chain 'C'	C	C	106 - 308	106 - 308
4	1	LYS	LYS	HIS	HIS	chain 'D'	D	D	4 - 22	4 - 22
4	2	LEU	LEU	ASN	ASN	chain 'D'	D	D	25 - 103	25 - 103
4	3	GLU	GLU	ASN	ASN	chain 'D'	D	D	106 - 308	106 - 308

#1: タンパク質	Pseudouridine kinase / Putative pyrimidine kinase 分子量: 33781.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_ ...遺伝子: psuK, psuK_1, psuK_2, A8C65_16945, BMT91_00230, BON75_04205, BvCmsHHP019_05067, BvCmsSINP011_02211, D9H68_16155, D9J11_19520, E2127_01880, E2128_04080, E2134_03530, FORC82_1677, G9P50_07470, GQE64_02140, GQM28_02110, HVV70_14180, HVX33_21995, HVZ33_08660, NCTC11022_02147, NCTC13216_04879, NCTC9706_04998, SAMEA3752557_00486, WP4S18E08_16210 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1V3W5E1, pseudouridine kinase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-URI / URIDINE / ウリジン分子量: 244.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate, 20% PEG3350, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 104992 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 52.9446533634 Å² / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique obs: 10537 / CC_1/2: 0.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KZH

3kzh

解像度: 2.15296568597→36.8926633277 Å / SU ML: 0.472919332187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95835313323 / 位相誤差: 42.0782347199

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286592009854	2002	1.92248597987 %
R_work	0.250260285481	102134	-
obs	0.250970146051	104136	98.2035250516 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.3853131003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15296568597→36.8926633277 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9113	0	4	38	9155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00546262518933	9277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0288435451	12637
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0411795631093	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00491648494549	1632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8432574571	3241

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.153-2.2068	0.473829686081	136	0.423215480109	6734	X-RAY DIFFRACTION	89.8274058577
2.2068-2.2665	0.416453232262	145	0.421979818117	7323	X-RAY DIFFRACTION	99.2821058229
2.2665-2.3331	0.408935304078	144	0.407641735253	7303	X-RAY DIFFRACTION	98.531357502
2.3331-2.4084	0.426363341475	148	0.388384080395	7449	X-RAY DIFFRACTION	99.5805479093
2.4084-2.4945	0.470943786169	138	0.375418826553	7351	X-RAY DIFFRACTION	99.4819341126
2.4945-2.5943	0.308407409964	148	0.339996742869	7356	X-RAY DIFFRACTION	99.760701941
2.5943-2.7124	0.459133847306	154	0.320838231431	7444	X-RAY DIFFRACTION	99.476302697
2.7124-2.8553	0.422646547329	144	0.314159972181	7379	X-RAY DIFFRACTION	99.4053911205
2.8553-3.0342	0.355941167714	142	0.305518939984	7350	X-RAY DIFFRACTION	99.1529910005
3.0342-3.2683	0.372164711101	139	0.28494686494	7347	X-RAY DIFFRACTION	99.1129352575
3.2683-3.5969	0.294123195801	144	0.254064957799	7375	X-RAY DIFFRACTION	99.208338831
3.5969-4.1168	0.300279945671	139	0.233316415473	7297	X-RAY DIFFRACTION	98.1002638522
4.1168-5.1845	0.231728767957	143	0.180514853718	7318	X-RAY DIFFRACTION	98.4560570071
5.1845-36.89266	0.182779452771	138	0.195528913478	7108	X-RAY DIFFRACTION	95.5684515959

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 60.7364118129 Å / Origin y: -1.94780530455 Å / Origin z: 13.9111275149 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.556607106485 Å²	0.0400145826023 Å²	-0.0855423311085 Å²	-	0.601080805268 Å²	0.0556895502014 Å²	-	-	0.866496267653 Å²
L	0.285984863275 °²	-0.228306615056 °²	-0.0485723027686 °²	-	0.0704129355434 °²	0.0344397870794 °²	-	-	-0.0480617493383 °²
S	-0.0111373424001 Å °	0.0440415839071 Å °	0.0504308697387 Å °	0.0354296839601 Å °	0.0351814599131 Å °	-0.0317282360504 Å °	-0.0753066012047 Å °	0.0416524609955 Å °	-0.0193846861523 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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